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万見
- EMDB-24378: 5-HT2AR bound to a novel agonist in complex with a mini-Gq protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24378
タイトル5-HT2AR bound to a novel agonist in complex with a mini-Gq protein and an active-state stabilizing single-chain variable fragment (scFv16) obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
マップデータPost-processed map
試料
  • 複合体: 5-HT2AR bound to a tetrahydropyridine agonist (R-69) in complex with heterotrimeric mini-Gq protein and single-chain variable fragment (scFv16)
    • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor 2A
    • タンパク質・ペプチド: G protein subunit q (Gi2-mini-Gq chimera)
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: single-chain variable fragment 16 (scFv16)
  • リガンド: (3R)-3-methyl-5-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)-1,2,3,6-tetrahydropyridin-1-ium
キーワード5-HT2A receptor / serotonin receptor / G protein / GPCR / novel agonist / cryoEM / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cytoskeleton / positive regulation of heat generation / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / neurofilament / cell body fiber / artery smooth muscle contraction ...protein localization to cytoskeleton / positive regulation of heat generation / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / neurofilament / cell body fiber / artery smooth muscle contraction / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in immune response / serotonin receptor activity / Serotonin receptors / G protein-coupled serotonin receptor activity / serotonin receptor signaling pathway / sensitization / neurotransmitter receptor activity / urinary bladder smooth muscle contraction / serotonin binding / positive regulation of platelet aggregation / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of DNA biosynthetic process / temperature homeostasis / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / regulation of dopamine secretion / negative regulation of potassium ion transport / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of execution phase of apoptosis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of fat cell differentiation / behavioral response to cocaine / release of sequestered calcium ion into cytosol / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of glycolytic process / dendritic shaft / glycolytic process / caveola / memory / intracellular calcium ion homeostasis / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / positive regulation of inflammatory response / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of neuron apoptotic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / heterotrimeric G-protein complex / G-protein beta-subunit binding / G alpha (12/13) signalling events / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / extracellular vesicle / sensory perception of taste / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / signaling receptor complex adaptor activity / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / retina development in camera-type eye / GTPase binding / presynaptic membrane / fibroblast proliferation / cytoplasmic vesicle / Ca2+ pathway / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / Ras protein signal transduction / postsynaptic membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell population proliferation
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 2A receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain ...5-Hydroxytryptamine 2A receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
5-hydroxytryptamine receptor 2A / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Barros-Alvarez X / Kim K / Panova O
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Defense Advanced Research Projects Agency (DARPA) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Bespoke library docking for 5-HT receptor agonists with antidepressant activity.
著者: Anat Levit Kaplan / Danielle N Confair / Kuglae Kim / Ximena Barros-Álvarez / Ramona M Rodriguiz / Ying Yang / Oh Sang Kweon / Tao Che / John D McCorvy / David N Kamber / James P Phelan / ...著者: Anat Levit Kaplan / Danielle N Confair / Kuglae Kim / Ximena Barros-Álvarez / Ramona M Rodriguiz / Ying Yang / Oh Sang Kweon / Tao Che / John D McCorvy / David N Kamber / James P Phelan / Luan Carvalho Martins / Vladimir M Pogorelov / Jeffrey F DiBerto / Samuel T Slocum / Xi-Ping Huang / Jain Manish Kumar / Michael J Robertson / Ouliana Panova / Alpay B Seven / Autumn Q Wetsel / William C Wetsel / John J Irwin / Georgios Skiniotis / Brian K Shoichet / Bryan L Roth / Jonathan A Ellman /
要旨: There is considerable interest in screening ultralarge chemical libraries for ligand discovery, both empirically and computationally. Efforts have focused on readily synthesizable molecules, ...There is considerable interest in screening ultralarge chemical libraries for ligand discovery, both empirically and computationally. Efforts have focused on readily synthesizable molecules, inevitably leaving many chemotypes unexplored. Here we investigate structure-based docking of a bespoke virtual library of tetrahydropyridines-a scaffold that is poorly sampled by a general billion-molecule virtual library but is well suited to many aminergic G-protein-coupled receptors. Using three inputs, each with diverse available derivatives, a one pot C-H alkenylation, electrocyclization and reduction provides the tetrahydropyridine core with up to six sites of derivatization. Docking a virtual library of 75 million tetrahydropyridines against a model of the serotonin 5-HT receptor (5-HTR) led to the synthesis and testing of 17 initial molecules. Four of these molecules had low-micromolar activities against either the 5-HT or the 5-HT receptors. Structure-based optimization led to the 5-HTR agonists (R)-69 and (R)-70, with half-maximal effective concentration values of 41 nM and 110 nM, respectively, and unusual signalling kinetics that differ from psychedelic 5-HTR agonists. Cryo-electron microscopy structural analysis confirmed the predicted binding mode to 5-HTR. The favourable physical properties of these new agonists conferred high brain permeability, enabling mouse behavioural assays. Notably, neither had psychedelic activity, in contrast to classic 5-HTR agonists, whereas both had potent antidepressant activity in mouse models and had the same efficacy as antidepressants such as fluoxetine at as low as 1/40th of the dose. Prospects for using bespoke virtual libraries to sample pharmacologically relevant chemical space will be considered.
履歴
登録2021年7月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月6日-
マップ公開2022年7月6日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24378.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24378.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Post-processed map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 324 pix.
= 276.08 Å		0.85 Å/pix.
x 324 pix.
= 276.08 Å		0.85 Å/pix.
x 324 pix.
= 276.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8521 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0165
最小 - 最大-0.067463875 - 0.11725463
平均 (標準偏差)0.00006984212 (±0.0019176813)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ324324324
Spacing324324324
セルA=B=C: 276.0804 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 5-HT2AR bound to a tetrahydropyridine agonist (R-69) in complex w...

全体名称: 5-HT2AR bound to a tetrahydropyridine agonist (R-69) in complex with heterotrimeric mini-Gq protein and single-chain variable fragment (scFv16)
要素
  • 複合体: 5-HT2AR bound to a tetrahydropyridine agonist (R-69) in complex with heterotrimeric mini-Gq protein and single-chain variable fragment (scFv16)
    • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor 2A
    • タンパク質・ペプチド: G protein subunit q (Gi2-mini-Gq chimera)
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: single-chain variable fragment 16 (scFv16)
  • リガンド: (3R)-3-methyl-5-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)-1,2,3,6-tetrahydropyridin-1-ium

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超分子 #1: 5-HT2AR bound to a tetrahydropyridine agonist (R-69) in complex w...

超分子名称: 5-HT2AR bound to a tetrahydropyridine agonist (R-69) in complex with heterotrimeric mini-Gq protein and single-chain variable fragment (scFv16)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 5-hydroxytryptamine receptor 2A

分子名称: 5-hydroxytryptamine receptor 2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.274285 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: LSLLHLQEKN WSALLTAVVI ILTIAGNILV IMAVSLEKKL QNATNYFLMS LAIADMLLGF LVMPVSMLTI LYGYRWPLPS KLCAVWIYL DVLFSTASIM HLCAISLDRY VAIQNPIHHS RFNSRTKAFL KIIAVWTISV GISMPIPVFG LQDDSKVFKE G SCLLADDN ...文字列:
LSLLHLQEKN WSALLTAVVI ILTIAGNILV IMAVSLEKKL QNATNYFLMS LAIADMLLGF LVMPVSMLTI LYGYRWPLPS KLCAVWIYL DVLFSTASIM HLCAISLDRY VAIQNPIHHS RFNSRTKAFL KIIAVWTISV GISMPIPVFG LQDDSKVFKE G SCLLADDN FVLIGSFVSF FIPLTIMVIT YFLTIKSLQK EATLCVSDLG TRAKLASFSF LPQSSLSSEK LFQRSIHREP GS YTGRRTM QSISNEQKAC KVLGIVFFLF VVMWCPFFIT NIMAVICKES CNEDVIGALL NVFVWIGYLS SAVNPLVYTL FNK TYRSAF SRYIQCQYKE NKK

UniProtKB: 5-hydroxytryptamine receptor 2A

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分子 #2: G protein subunit q (Gi2-mini-Gq chimera)

分子名称: G protein subunit q (Gi2-mini-Gq chimera) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.084832 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSTVSAEDK AAAERSKMID KNLREDGEKA RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRILHGGS GGSGGTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGGQ RDERRKWIQC FNDVTAIIFV VDSSDYNRLQ EALNDFKSIW NNRWLRTISV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK I EDYFPEFA ...文字列:
MGSTVSAEDK AAAERSKMID KNLREDGEKA RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRILHGGS GGSGGTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGGQ RDERRKWIQC FNDVTAIIFV VDSSDYNRLQ EALNDFKSIW NNRWLRTISV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK I EDYFPEFA RYTTPEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRKEFV DISTASGDGR HICYPHFTCA VDTENARRIF NDCKDIILQM NL REYNLV

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.41693 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列:
MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #5: single-chain variable fragment 16 (scFv16)

分子名称: single-chain variable fragment 16 (scFv16) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.552234 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFADV QLVESGGGLV QPGGSRKLSC SASGFAFSSF GMHWVRQAPE KGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSEDT AMYYCVRSIY YYGSSPFDFW GQGTTLTVSS G GGGSGGGG ...文字列:
MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFADV QLVESGGGLV QPGGSRKLSC SASGFAFSSF GMHWVRQAPE KGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSEDT AMYYCVRSIY YYGSSPFDFW GQGTTLTVSS G GGGSGGGG SGGGGSDIVM TQATSSVPVT PGESVSISCR SSKSLLHSNG NTYLYWFLQR PGQSPQLLIY RMSNLASGVP DR FSGSGSG TAFTLTISRL EAEDVGVYYC MQHLEYPLTF GAGTKLELK

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分子 #6: (3R)-3-methyl-5-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)-1,2,3,6-tetrahydr...

分子名称: (3R)-3-methyl-5-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)-1,2,3,6-tetrahydropyridin-1-ium
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: 3IQ
分子量理論値: 214.286 Da
Chemical component information

ChemComp-3IQ:
(3R)-3-methyl-5-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)-1,2,3,6-tetrahydropyridin-1-ium

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度17.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.01 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 57050 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6wha

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: 3.1 / 使用した粒子像数: 88393
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: 3.1
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: 3.1
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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