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- EMDB-2434: Cryo-EM reconstruction of empty enterovirus 71 in complex with a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2434
タイトルCryo-EM reconstruction of empty enterovirus 71 in complex with a neutralizing antibody E18
マップデータReconstruction of EV71 virions with bound E18 antibody. The antibody binding induced genome release from EV71 virions.
試料
  • 試料: Reconstruction of empty human enterovirus 71 virions with bound Fab fragment of antibody E18
  • ウイルス: Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Fab EV18/4/D6-1/F1/G9
キーワードEV71 / human / enterovirus 71 / virus / antibody / Fab / E18 / neutralizing / pathogen
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Plevka P / Perera R / Cardosa J / Suksatu A / Kuhn RJ / Rossmann MG
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014
タイトル: Neutralizing antibodies can initiate genome release from human enterovirus 71.
著者: Pavel Plevka / Pei-Yin Lim / Rushika Perera / Jane Cardosa / Ampa Suksatu / Richard J Kuhn / Michael G Rossmann /
要旨: Antibodies were prepared by immunizing mice with empty, immature particles of human enterovirus 71 (EV71), a picornavirus that causes severe neurological disease in young children. The capsid ...Antibodies were prepared by immunizing mice with empty, immature particles of human enterovirus 71 (EV71), a picornavirus that causes severe neurological disease in young children. The capsid structure of these empty particles is different from that of the mature virus and is similar to "A" particles encountered when picornaviruses recognize a potential host cell before genome release. The monoclonal antibody E18, generated by this immunization, induced a conformational change when incubated at temperatures between 4 °C and 37 °C with mature virus, transforming infectious virions into A particles. The resultant loss of genome that was observed by cryo-EM and a fluorescent SYBR Green dye assay inactivated the virus, establishing the mechanism by which the virus is inactivated and demonstrating that the E18 antibody has potential as an anti-EV71 therapy. The antibody-mediated virus neutralization by the induction of genome release has not been previously demonstrated. Furthermore, the present results indicate that antibodies with genome-release activity could also be produced for other picornaviruses by immunization with immature particles.
履歴
登録2013年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年9月4日-
マップ公開2014年2月5日-
更新2014年2月19日-
現状2014年2月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-4c0y
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4c0y
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2434.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2434.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of EV71 virions with bound E18 antibody. The antibody binding induced genome release from EV71 virions.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.48 Å/pix.
x 200 pix.
= 496. Å		2.48 Å/pix.
x 200 pix.
= 496. Å		2.48 Å/pix.
x 200 pix.
= 496. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.48 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-3.54176497 - 3.76193428
平均 (標準偏差)0.02542515 (±0.79370582)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 496.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.482.482.48
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z496.000496.000496.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-3.5423.7620.025

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Reconstruction of empty human enterovirus 71 virions with bound F...

全体名称: Reconstruction of empty human enterovirus 71 virions with bound Fab fragment of antibody E18
要素
  • 試料: Reconstruction of empty human enterovirus 71 virions with bound Fab fragment of antibody E18
  • ウイルス: Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Fab EV18/4/D6-1/F1/G9

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超分子 #1000: Reconstruction of empty human enterovirus 71 virions with bound F...

超分子名称: Reconstruction of empty human enterovirus 71 virions with bound Fab fragment of antibody E18
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Icosahedral virus and 60 copies of bound Fab / Number unique components: 2
分子量理論値: 6.8 MDa

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超分子 #1: Human enterovirus 71

超分子名称: Human enterovirus 71 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 39054 / 生物種: Human enterovirus 71 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Sci species serotype: EV-174
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 3.2 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 280 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Fab EV18/4/D6-1/F1/G9

分子名称: Fab EV18/4/D6-1/F1/G9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: E18 / コピー数: 60 / 集合状態: monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: house mouse
分子量理論値: 4.6 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.5 M NaCl, and 1 mM EDTA
グリッド詳細: Quantifoin R1.2/1.3 Holey carbon 200Mesh
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Blot for 2 second before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度最低: 95 K / 最高: 120 K / 平均: 119 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2013年9月10日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
実像数: 112 / 平均電子線量: 18 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 49500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細Particles were boxed with e2boxer.py
CTF補正詳細: CTF determined for all particles from one film, phase flip
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: eman, eman2 / 使用した粒子像数: 418
最終 2次元分類クラス数: 44

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3zfe


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C
ソフトウェア名称: EMFit
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Rcrit
得られたモデル

PDB-4c0y:
Cryo-EM reconstruction of empty enterovirus 71 in complex with a neutralizing antibody E18

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1qgc


Chain - Chain ID: 5
ソフトウェア名称: EMFit
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Rcrit
得られたモデル

PDB-4c0y:
Cryo-EM reconstruction of empty enterovirus 71 in complex with a neutralizing antibody E18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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