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万見
- EMDB-2424: Sub-tomogram average of the glycoprotein spike of Boid Inclusion ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2424
タイトルSub-tomogram average of the glycoprotein spike of Boid Inclusion Body Disease associated ArenaVirus
マップデータSub-tomogram reconstruction of the glycoprotein spike from Boid Inclusion Body Disease-associated arenavirus
試料
  • 試料: Boid inclusion body disease associated arenavirus
  • タンパク質・ペプチド: glycoprotein C
キーワードGlycoprotein Trimer
生物種Arenavirus (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 32.0 Å
データ登録者Hetzel U / Sironen T / Laurinmaki P / Liljeroos L / Patjas A / Henttonen H / Vaheri A / Artelt A / Kipar A / Butcher SJ ...Hetzel U / Sironen T / Laurinmaki P / Liljeroos L / Patjas A / Henttonen H / Vaheri A / Artelt A / Kipar A / Butcher SJ / Vapalahti O / Hepojoki J
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: Isolation, identification, and characterization of novel arenaviruses, the etiological agents of boid inclusion body disease.
著者: Udo Hetzel / Tarja Sironen / Pasi Laurinmäki / Lassi Liljeroos / Aino Patjas / Heikki Henttonen / Antti Vaheri / Annette Artelt / Anja Kipar / Sarah J Butcher / Olli Vapalahti / Jussi Hepojoki /
要旨: Boid inclusion body disease (BIBD) is a progressive, usually fatal disease of constrictor snakes, characterized by cytoplasmic inclusion bodies (IB) in a wide range of cell types. To identify the ...Boid inclusion body disease (BIBD) is a progressive, usually fatal disease of constrictor snakes, characterized by cytoplasmic inclusion bodies (IB) in a wide range of cell types. To identify the causative agent of the disease, we established cell cultures from BIBD-positive and -negative boa constrictors. The IB phenotype was maintained in cultured cells of affected animals, and supernatants from these cultures caused the phenotype in cultures originating from BIBD-negative snakes. Viruses were purified from the supernatants by ultracentrifugation and subsequently identified as arenaviruses. Purified virus also induced the IB phenotype in naive cells, which fulfilled Koch's postulates in vitro. One isolate, tentatively designated University of Helsinki virus (UHV), was studied in depth. Sequencing confirmed that UHV is a novel arenavirus species that is distinct from other known arenaviruses including those recently identified in snakes with BIBD. The morphology of UHV was established by cryoelectron tomography and subtomographic averaging, revealing the trimeric arenavirus spike structure at 3.2-nm resolution. Immunofluorescence, immunohistochemistry, and immunoblotting with a polyclonal rabbit antiserum against UHV and reverse transcription-PCR (RT-PCR) revealed the presence of genetically diverse arenaviruses in a large cohort of snakes with BIBD, confirming the causative role of arenaviruses. Some snakes were also found to carry arenavirus antibodies. Furthermore, mammalian cells (Vero E6) were productively infected with UHV, demonstrating the potential of arenaviruses to cross species barriers. In conclusion, we propose the newly identified lineage of arenaviruses associated with BIBD as a novel taxonomic entity, boid inclusion body disease-associated arenaviruses (BIBDAV), in the family Arenaviridae.
履歴
登録2013年7月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年8月28日-
マップ公開2013年8月28日-
更新2013年10月9日-
現状2013年10月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2424.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2424.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sub-tomogram reconstruction of the glycoprotein spike from Boid Inclusion Body Disease-associated arenavirus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.6 Å/pix.
x 64 pix.
= 486.4 Å		7.6 Å/pix.
x 64 pix.
= 486.4 Å		7.6 Å/pix.
x 64 pix.
= 486.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-229.364013669999991 - 282.838928220000014
平均 (標準偏差)-28.35873604 (±27.214328770000002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 486.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.67.67.6
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z486.400486.400486.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-229.364282.839-28.359

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Boid inclusion body disease associated arenavirus

全体名称: Boid inclusion body disease associated arenavirus
要素
  • 試料: Boid inclusion body disease associated arenavirus
  • タンパク質・ペプチド: glycoprotein C

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超分子 #1000: Boid inclusion body disease associated arenavirus

超分子名称: Boid inclusion body disease associated arenavirus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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分子 #1: glycoprotein C

分子名称: glycoprotein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: GPC
詳細: The GPC monomer has a predicted weight of 45 after cleavage of the signal sequence. In most arenaviruses, GPC is cleaved into GP1 (24.1 kDa) and GP2 (20.9 kDa).
集合状態: Trimer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Arenavirus (ウイルス) / 株: University of Helsinki virus 1
分子量理論値: 45 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 0.2M phosphate-buffered saline
グリッド詳細: C-flat 2/2-4C holey carbon copper grid, glow discharged in air
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2012年10月28日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
詳細: Data collected with serialEM
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 39400 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 39400
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Subtomograms were manually selected from the tomograms by visual inspection
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD, PEET, Bsoft
詳細: Final maps were calculated from viruses present in 11 different tilt series. Data were split into two halves at the start of the project and refined separately with independent models. The ...詳細: Final maps were calculated from viruses present in 11 different tilt series. Data were split into two halves at the start of the project and refined separately with independent models. The FSC was calculated from the comparison of these two independent models.
使用したサブトモグラム数: 2463

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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