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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2423
タイトル3-dimensional structure of the toxin-delivery particle antifeeding prophage of Serratia entomophila
マップデータReconstruction of the Afp tube-baseplate complex
試料
  • 試料: Tube-baseplate complex of the antifeeding prophage of Serratia entomophila
  • タンパク質・ペプチド: Antifeeding prophage tube-baseplate complex
キーワードtube-baseplate complex / tailocin / type VI secretion system / helical sheath / phage tail-like
生物種Serratia entomophila (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Heymann JB / Bartho JD / Rybakova D / Venugopal HP / Winkler DC / Sen A / Hurst MRH / Mitra AK
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2013
タイトル: Three-dimensional structure of the toxin-delivery particle antifeeding prophage of Serratia entomophila.
著者: J Bernard Heymann / Joseph D Bartho / Daria Rybakova / Hari P Venugopal / Dennis C Winkler / Anindito Sen / Mark R H Hurst / Alok K Mitra /
要旨: The Serratia entomophila antifeeding prophage (Afp) is a bullet-shaped toxin-delivery apparatus similar to the R-pyocins of Pseudomonas aeruginosa. Morphologically it resembles the sheathed tail of ...The Serratia entomophila antifeeding prophage (Afp) is a bullet-shaped toxin-delivery apparatus similar to the R-pyocins of Pseudomonas aeruginosa. Morphologically it resembles the sheathed tail of bacteriophages such as T4, including a baseplate at one end. It also shares features with the type VI secretion systems. Cryo-electron micrographs of tilted Afp specimens (up to 60 degrees) were analyzed to determine the correct cyclic symmetry to overcome the limitation imposed by exclusively side views in nominally untilted specimens. An asymmetric reconstruction shows clear 6-fold cyclic symmetry contrary to a previous conclusion of 4-fold symmetry based on analysis of only the preferred side views (Sen, A., Rybakova, D., Hurst, M. R., and Mitra, A. K. (2010) J. Bacteriol. 192, 4522-4525). Electron tomography of negatively stained Afp revealed right-handed helical striations in many of the particles, establishing the correct hand. Higher quality micrographs of untilted specimens were processed to produce a reconstruction at 2.0-nm resolution with imposed 6-fold symmetry. The helical parameters of the sheath were determined to be 8.14 nm for the subunit rise along and 40.5° for the rotation angle around the helix. The sheath is similar to that of the T4 phage tail but with a different arrangement of the subdomain of the polymerizing sheath protein(s). The central tube is similar to the diameter and axial width of the Hcp1 hexamer of P. aeruginosa type VI secretion system. The tube extends through the baseplate into a needle resembling the "puncture device" of the T4 tail. The tube contains density that may be the toxin and/or a length-determining protein.
履歴
登録2013年7月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月31日-
マップ公開2013年8月7日-
更新2013年9月18日-
現状2013年9月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2423.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2423.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 16.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the Afp tube-baseplate complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.25 / ムービー #1: 1.6
最小 - 最大-20.79102516 - 11.49039936
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-70-70-200
サイズ140140220
Spacing140140220
セルA: 429.8 Å / B: 429.8 Å / C: 675.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.073.073.07
M x/y/z140140220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z429.800429.800675.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-70-70-200
NC/NR/NS140140220
D min/max/mean-20.79111.4900.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tube-baseplate complex of the antifeeding prophage of Serratia en...

全体名称: Tube-baseplate complex of the antifeeding prophage of Serratia entomophila
要素
  • 試料: Tube-baseplate complex of the antifeeding prophage of Serratia entomophila
  • タンパク質・ペプチド: Antifeeding prophage tube-baseplate complex

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超分子 #1000: Tube-baseplate complex of the antifeeding prophage of Serratia en...

超分子名称: Tube-baseplate complex of the antifeeding prophage of Serratia entomophila
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Tube-baseplate complex produced from 15 ORF products
Number unique components: 1

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分子 #1: Antifeeding prophage tube-baseplate complex

分子名称: Antifeeding prophage tube-baseplate complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TBC
詳細: Product of the expression of 15 ORF's of the pADAP plasmid of Serratia entomophila
コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Serratia entomophila (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B (大腸菌)
組換プラスミド: pAF1-15

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25 mM TBS, 130 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% Uranyl acetate
グリッド詳細: Carbon film
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
日付2013年2月11日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 12.7 µm / 実像数: 75 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 50364 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle, phase flipping, baseline correction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Bsoft / 詳細: Final map filtered by FSC curve / 使用した粒子像数: 1146
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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