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万見
- EMDB-24210: The 3D structure and in situ arrangements of CatSper channel from... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24210
タイトルThe 3D structure and in situ arrangements of CatSper channel from the cryo-electron tomography and subtomographic average of mouse wild type sperm flagella
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: sperm flagella
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.8 Å
データ登録者Zhao Y / Wang H / Wiesehoefer C / Shah NB / Reetz E / Hwang J / Huang X / Lishko PV / Davies KM / Wennemuth G ...Zhao Y / Wang H / Wiesehoefer C / Shah NB / Reetz E / Hwang J / Huang X / Lishko PV / Davies KM / Wennemuth G / Nicastro D / Chung JJ
資金援助 米国, ドイツ, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R01HD096745 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM083122 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR140082 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM111802 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-O5CH11231 米国
German Research Foundation (DFG)2344/9-3 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: 3D structure and in situ arrangements of CatSper channel in the sperm flagellum.
著者: Yanhe Zhao / Huafeng Wang / Caroline Wiesehoefer / Naman B Shah / Evan Reetz / Jae Yeon Hwang / Xiaofang Huang / Tse-En Wang / Polina V Lishko / Karen M Davies / Gunther Wennemuth / Daniela ...著者: Yanhe Zhao / Huafeng Wang / Caroline Wiesehoefer / Naman B Shah / Evan Reetz / Jae Yeon Hwang / Xiaofang Huang / Tse-En Wang / Polina V Lishko / Karen M Davies / Gunther Wennemuth / Daniela Nicastro / Jean-Ju Chung /
要旨: The sperm calcium channel CatSper plays a central role in successful fertilization as a primary Ca gateway. Here, we applied cryo-electron tomography to visualize the higher-order organization of the ...The sperm calcium channel CatSper plays a central role in successful fertilization as a primary Ca gateway. Here, we applied cryo-electron tomography to visualize the higher-order organization of the native CatSper complex in intact mammalian sperm. The repeating CatSper units form long zigzag-rows along mouse and human sperm flagella. Above each tetrameric channel pore, most of the extracellular domains form a canopy that interconnects to a zigzag-shaped roof. Murine CatSper contains an additional wing-structure connected to the tetrameric channel. The intracellular domains link two neighboring channels to a diagonal array, suggesting a dimer formation. Fitting of an atomic model of isolated monomeric CatSper to the in situ map reveals supramolecular interactions and assembly of the CatSper complex. Loss of EFCAB9-CATSPERζ alters the architecture and interactions of the channels, resulting in fragmentation and misalignment of the zigzag-rows and disruption of flagellar movement in Efcab9 sperm. This work offers unique insights into the structural basis for understanding CatSper regulation of sperm motility.
履歴
登録2021年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月15日-
マップ公開2022年6月15日-
更新2022年7月6日-
現状2022年7月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24210.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24210.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.15 Å/pix.
x 180 pix.
= 567.18 Å		3.15 Å/pix.
x 130 pix.
= 409.63 Å		3.15 Å/pix.
x 90 pix.
= 283.59 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.151 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 129.0
最小 - 最大123.1638 - 134.1806
平均 (標準偏差)127.67083 (±2.0341547)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ13090180
Spacing90130180
セルA: 283.59 Å / B: 409.63 Å / C: 567.18 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : sperm flagella

全体名称: sperm flagella
要素
  • 細胞器官・細胞要素: sperm flagella

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超分子 #1: sperm flagella

超分子名称: sperm flagella / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞: sperm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.75 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.8 Å / 解像度の算出法: OTHER
詳細: Gold standard, but resolution was reported at two cut-offs: 16.8 (0.143) and 25.8 (0.5).
使用したサブトモグラム数: 2542
抽出トモグラム数: 11 / 使用した粒子像数: 1271
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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