[日本語] English
万見
- EMDB-24177: Low conductance mechanosensitive channel YnaI -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24177
タイトルLow conductance mechanosensitive channel YnaI
マップデータ
試料
  • 細胞: Low conductance mechanosensitive channel YnaI
    • タンパク質・ペプチド: Low conductance mechanosensitive channel YnaI
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
キーワードLow conductance mechanosensitive channel YnaI / NCMN / ion channel / membrane protein / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mechanosensitive monoatomic ion channel activity / cellular response to osmotic stress / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mechanosensitive ion channel protein YnaI-like / : / : / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel, transmembrane helices 2/3 / Mechanosensitive ion channel MscS, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0003 signature. / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel MscS, transmembrane-2 / Mechanosensitive ion channel MscS ...Mechanosensitive ion channel protein YnaI-like / : / : / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel, transmembrane helices 2/3 / Mechanosensitive ion channel MscS, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0003 signature. / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel MscS, transmembrane-2 / Mechanosensitive ion channel MscS / Mechanosensitive ion channel, beta-domain / Mechanosensitive ion channel MscS, beta-domain superfamily / LSM domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Low conductance mechanosensitive channel YnaI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Catalano C / Ben-Hail D
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM132329 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM133598 米国
引用ジャーナル: Membranes (Basel) / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM Structure of Mechanosensitive Channel YnaI Using SMA2000: Challenges and Opportunities.
著者: Claudio Catalano / Danya Ben-Hail / Weihua Qiu / Paul Blount / Amedee des Georges / Youzhong Guo /
要旨: Mechanosensitive channels respond to mechanical forces exerted on the cell membrane and play vital roles in regulating the chemical equilibrium within cells and their environment. High-resolution ...Mechanosensitive channels respond to mechanical forces exerted on the cell membrane and play vital roles in regulating the chemical equilibrium within cells and their environment. High-resolution structural information is required to understand the gating mechanisms of mechanosensitive channels. Protein-lipid interactions are essential for the structural and functional integrity of mechanosensitive channels, but detergents cannot maintain the crucial native lipid environment for purified mechanosensitive channels. Recently, detergent-free systems have emerged as alternatives for membrane protein structural biology. This report shows that while membrane-active polymer, SMA2000, could retain some native cell membrane lipids on the transmembrane domain of the mechanosensitive-like YnaI channel, the complete structure of the transmembrane domain of YnaI was not resolved. This reveals a significant limitation of SMA2000 or similar membrane-active copolymers. This limitation may come from the heterogeneity of the polymers and nonspecific interactions between the polymers and the relatively large hydrophobic pockets within the transmembrane domain of YnaI. However, this limitation offers development opportunities for detergent-free technology for challenging membrane proteins.
履歴
登録2021年6月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月20日-
マップ公開2022年4月20日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_24177.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24177.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.006
最小 - 最大-0.026699543 - 0.08194447
平均 (標準偏差)-0.00008625844 (±0.0022871043)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_24177_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_24177_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Low conductance mechanosensitive channel YnaI

全体名称: Low conductance mechanosensitive channel YnaI
要素
  • 細胞: Low conductance mechanosensitive channel YnaI
    • タンパク質・ペプチド: Low conductance mechanosensitive channel YnaI
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

-
超分子 #1: Low conductance mechanosensitive channel YnaI

超分子名称: Low conductance mechanosensitive channel YnaI / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

-
分子 #1: Low conductance mechanosensitive channel YnaI

分子名称: Low conductance mechanosensitive channel YnaI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株: K12
分子量理論値: 38.792344 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MIAELFTNNA LNLVIIFGSC AALILMSFWF RRGNRKRKGF LFHAVQFLIY TIIISAVGSI INYVIENYKL KFITPGVIDF ICTSLIAVI LTIKLFLLIN QFEKQQIKKG RDITSARIMS RIIKITIIVV LVLLYGEHFG MSLSGLLTFG GIGGLAVGMA G KDILSNFF ...文字列:
MIAELFTNNA LNLVIIFGSC AALILMSFWF RRGNRKRKGF LFHAVQFLIY TIIISAVGSI INYVIENYKL KFITPGVIDF ICTSLIAVI LTIKLFLLIN QFEKQQIKKG RDITSARIMS RIIKITIIVV LVLLYGEHFG MSLSGLLTFG GIGGLAVGMA G KDILSNFF SGIMLYFDRP FSIGDWIRSP DRNIEGTVAE IGWRITKITT FDNRPLYVPN SLFSSISVEN PGRMTNRRIT TT IGLRYED AAKVGVIVEA VREMLKNHPA IDQRQTLLVY FNQFADSSLN IMVYCFTKTT VWAEWLAAQQ DVYLKIIDIV QSH GADFAF PSQTLYMDNI TPPEQGR

UniProtKB: Low conductance mechanosensitive channel YnaI

-
分子 #2: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 7 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.8
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: 2 % uranil acetate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2155 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 56.18 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 330000
初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 142000
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5y4o


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7n4t:
Low conductance mechanosensitive channel YnaI

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る