+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2415 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Helical reconstruction of HMPV matrix protein-lipid filaments | |||||||||
マップデータ | Helical reconstruction of human metapneumovirus matrix protein M bound to DOPC | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | human metapneumovirus / HMPV / matrix | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virion assembly / viral envelope / host cell plasma membrane / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human metapneumovirus (ウイルス) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Leyrat C / Renner M / Harlos K / Huiskonen JT / Grimes JM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2014 タイトル: Structure and self-assembly of the calcium binding matrix protein of human metapneumovirus. 著者: Cedric Leyrat / Max Renner / Karl Harlos / Juha T Huiskonen / Jonathan M Grimes / 要旨: The matrix protein (M) of paramyxoviruses plays a key role in determining virion morphology by directing viral assembly and budding. Here, we report the crystal structure of the human metapneumovirus ...The matrix protein (M) of paramyxoviruses plays a key role in determining virion morphology by directing viral assembly and budding. Here, we report the crystal structure of the human metapneumovirus M at 2.8 Å resolution in its native dimeric state. The structure reveals the presence of a high-affinity Ca²⁺ binding site. Molecular dynamics simulations (MDS) predict a secondary lower-affinity site that correlates well with data from fluorescence-based thermal shift assays. By combining small-angle X-ray scattering with MDS and ensemble analysis, we captured the structure and dynamics of M in solution. Our analysis reveals a large positively charged patch on the protein surface that is involved in membrane interaction. Structural analysis of DOPC-induced polymerization of M into helical filaments using electron microscopy leads to a model of M self-assembly. The conservation of the Ca²⁺ binding sites suggests a role for calcium in the replication and morphogenesis of pneumoviruses. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2415.map.gz | 55.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-2415-v30.xml emd-2415.xml | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2415.tif | 148.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2415 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2415 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2415_validation.pdf.gz | 221.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_2415_full_validation.pdf.gz | 220.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2415_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2415 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2415 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2415.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Helical reconstruction of human metapneumovirus matrix protein M bound to DOPC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human metapneumovirus matrix protein M bound to DOPC
全体 | 名称: Human metapneumovirus matrix protein M bound to DOPC |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Human metapneumovirus matrix protein M bound to DOPC
超分子 | 名称: Human metapneumovirus matrix protein M bound to DOPC タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: helical / Number unique components: 2 |
---|
-分子 #1: human metapneumovirus matrix protein
分子 | 名称: human metapneumovirus matrix protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: matrix protein was mixed with DOPC at a final concentration of 0.4 mM 集合状態: dimer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human metapneumovirus (ウイルス) / 株: NL1-00 / 別称: Human metapneumovirus |
分子量 | 理論値: 55 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 Rosetta2 / 組換プラスミド: pOPINS3C |
配列 | UniProtKB: Matrix protein / GO: virion assembly, viral envelope / InterPro: Pneumovirus matrix protein |
-分子 #2: 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
分子 | 名称: 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / タイプ: ligand / ID: 2 / Name.synonym: DOPC / 組換発現: No / データベース: NCBI |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
Chemical component information | ChemComp-PCW: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, 650 mM NaCl, 1M NDSB-201 |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed protein-lipid mixtures floated on 2% w/v uranyl acetate for 30 seconds |
グリッド | 詳細: 300 mesh copper grid with formvar carbon film |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
---|---|
温度 | 平均: 295 K |
日付 | 2013年7月16日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 1 / ビット/ピクセル: 12 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 48387 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 0.82 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.72 µm / 倍率(公称値): 39000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The reconstruction was calculated using Burnham-Brandeis Helical Package |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.16 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 56.5 ° アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: OTHER ソフトウェア - 名称: Burnham-Brandeis, Helical, Package 詳細: Final map was filtered to 28 angstrom resolution |
CTF補正 | 詳細: Each micrograph |