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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24145 | |||||||||
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タイトル | Structure of commercially purchased Apoferritin | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of Apoferritin purchased commercially | |||||||||
試料 |
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生物種 | Equus ferus (プシバルスキーウマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.91 Å | |||||||||
データ登録者 | Moser TJ / Parvate AD / Evans JE | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of the diapause chaperone artemin. 著者: Amar D Parvate / Samantha M Powell / Jory T Brookreson / Trevor H Moser / Irina V Novikova / Mowei Zhou / James E Evans / 要旨: The protein artemin acts as both an RNA and protein chaperone and constitutes over 10% of all protein in cysts during diapause. However, its mechanistic details remain elusive since no high- ...The protein artemin acts as both an RNA and protein chaperone and constitutes over 10% of all protein in cysts during diapause. However, its mechanistic details remain elusive since no high-resolution structure of artemin exists. Here we report the full-length structure of artemin at 2.04 Å resolution. The cryo-EM map contains density for an intramolecular disulfide bond between Cys22-Cys61 and resolves the entire C-terminus extending into the core of the assembled protein cage but in a different configuration than previously hypothesized with molecular modeling. We also provide data supporting the role of C-terminal helix F towards stabilizing the dimer form that is believed to be important for its chaperoning activity. We were able to destabilize this effect by placing a tag at the C-terminus to fully pack the internal cavity and cause limited steric hindrance. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24145.map.gz | 97.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24145-v30.xml emd-24145.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24145.png | 53.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24145 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24145 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24145_validation.pdf.gz | 524.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24145_full_validation.pdf.gz | 524 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24145_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24145_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24145 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24145 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24145.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of Apoferritin purchased commercially | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.4108 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Apoferritin
全体 | 名称: Apoferritin |
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要素 |
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-超分子 #1: Apoferritin
超分子 | 名称: Apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Commercially purchased fully assembled protein complex |
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由来(天然) | 生物種: Equus ferus (プシバルスキーウマ) |
分子量 | 理論値: 444 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 詳細: Solutions made fresh and filtered with 0.22 micron filter for sterility. |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: 2 s blot. |
詳細 | Sample was monodisperse and suspended in TBS |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: OTHER / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 11028 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -1.3 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -0.3 µm / 倍率(公称値): 215000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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