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万見
- EMDB-2413: cryo-electron tomography of poliovirus-PVR-liposome complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2413
タイトルcryo-electron tomography of poliovirus-PVR-liposome complex
マップデータSubtomogram asymmetric average of 206 selected virus particles attached to membrane.
試料
  • 試料: selected "best" average 135S poliovirus - membrane complex
  • ウイルス: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
キーワードpoliovirus PVR poliovirus receptor liposome 135S
生物種Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Strauss M / Levy HC / Bostina M / Filman DJ / Hogle JM
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: RNA transfer from poliovirus 135S particles across membranes is mediated by long umbilical connectors.
著者: Mike Strauss / Hazel C Levy / Mihnea Bostina / David J Filman / James M Hogle /
要旨: During infection, the binding of poliovirus to its cell surface receptor at 37°C triggers an expansion of the virus in which internal polypeptides that bind to membranes are externalized. ...During infection, the binding of poliovirus to its cell surface receptor at 37°C triggers an expansion of the virus in which internal polypeptides that bind to membranes are externalized. Subsequently, in a poorly understood process, the viral RNA genome is transferred directly across an endosomal membrane, and into the host cell cytoplasm, to initiate infection. Here, cryoelectron tomography demonstrates the results of 37°C warming of a poliovirus-receptor-liposome model complex that was produced using Ni-nitrilotriacetic acid lipids and His-tagged receptor ectodomains. In total, 651 subtomographic volumes were aligned, classified, and averaged to obtain detailed pictures, showing both the conversion of virus into its expanded form and the passage of RNA into intact liposomes. Unexpectedly, the virus and membrane surfaces were located ∼50 Å apart, with the 5-fold axis tilted away from the perpendicular, and the solvent spaces between them were spanned by either one or two long "umbilical" density features that lie at an angle to the virus and membrane. The thinner connector, which sometimes appears alone, is 28 to 30 Å in diameter and has a footprint on the virus surface located close to either a 5-fold or a 3-fold axis. The broader connector has a footprint near the quasi-3-fold hole that opens upon virus expansion and is hypothesized to include RNA, shielded from enzymatic degradation by polypeptides that include the N-terminal extension of VP1 and capsid protein VP4. The implications of these observations for the mechanism of RNase-protected RNA transfer in picornaviruses are discussed.
履歴
登録2013年7月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月17日-
マップ公開2013年7月17日-
更新2013年7月24日-
現状2013年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 500
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 500
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2413.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2413.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram asymmetric average of 206 selected virus particles attached to membrane.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.25 Å/pix.
x 128 pix.
= 800. Å		6.25 Å/pix.
x 128 pix.
= 800. Å		6.25 Å/pix.
x 128 pix.
= 800. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.25 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 500.0 / ムービー #1: 500
最小 - 最大-0.08743927 - 949.828125
平均 (標準偏差)148.817459109999987 (±204.102935790000004)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 800.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.256.256.25
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z800.000800.000800.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.087949.828148.817

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : selected "best" average 135S poliovirus - membrane complex

全体名称: selected "best" average 135S poliovirus - membrane complex
要素
  • 試料: selected "best" average 135S poliovirus - membrane complex
  • ウイルス: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)

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超分子 #1000: selected "best" average 135S poliovirus - membrane complex

超分子名称: selected "best" average 135S poliovirus - membrane complex
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: one particle connects to one membrane at 2 sites
Number unique components: 1

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超分子 #1: Human poliovirus 1 Mahoney

超分子名称: Human poliovirus 1 Mahoney / タイプ: virus / ID: 1
詳細: The particle is in the expanded (135S) state, and connected to the membrane.
NCBI-ID: 12081 / 生物種: Human poliovirus 1 Mahoney / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Sci species serotype: PV-1
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量実験値: 8.5 MDa / 理論値: 8.5 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 330 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.3 / 詳細: 50mM Hepes, 50mM NaCl
グリッド詳細: 200 mesh copper Quantifoil grids (R2/2) with 3 nm carbon support on top.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: 2 second blot

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - Electron beam tilt params: 0
日付2010年10月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
平均電子線量: 60 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 45454 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細all particles close to a membrane were averaged
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称)
ソフトウェア - 名称: IMOD, PEET, BSOFT, EMAN2, SPARX
使用したサブトモグラム数: 206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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