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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of broadly neutralizing V2-apex-targeting antibody J033 in complex with HIV-1 Env | |||||||||
![]() | J33 full map | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() : / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
![]() | Zhou T / Gao F | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Development of Neutralization Breadth against Diverse HIV-1 by Increasing Ab-Ag Interface on V2. 著者: Nan Gao / Yanxin Gai / Lina Meng / Chu Wang / Wei Wang / Xiaojun Li / Tiejun Gu / Mark K Louder / Nicole A Doria-Rose / Kevin Wiehe / Alexandra F Nazzari / Adam S Olia / Jason Gorman / Reda ...著者: Nan Gao / Yanxin Gai / Lina Meng / Chu Wang / Wei Wang / Xiaojun Li / Tiejun Gu / Mark K Louder / Nicole A Doria-Rose / Kevin Wiehe / Alexandra F Nazzari / Adam S Olia / Jason Gorman / Reda Rawi / Wenmin Wu / Clayton Smith / Htet Khant / Natalia de Val / Bin Yu / Junhong Luo / Haitao Niu / Yaroslav Tsybovsky / Huaxin Liao / Thomas B Kepler / Peter D Kwong / John R Mascola / Chuan Qin / Tongqing Zhou / Xianghui Yu / Feng Gao / ![]() ![]() 要旨: Understanding maturation pathways of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against HIV-1 can be highly informative for HIV-1 vaccine development. A lineage of J038 bnAbs is now obtained from a long- ...Understanding maturation pathways of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against HIV-1 can be highly informative for HIV-1 vaccine development. A lineage of J038 bnAbs is now obtained from a long-term SHIV-infected macaque. J038 neutralizes 54% of global circulating HIV-1 strains. Its binding induces a unique "up" conformation for one of the V2 loops in the trimeric envelope glycoprotein and is heavily dependent on glycan, which provides nearly half of the binding surface. Their unmutated common ancestor neutralizes the autologous virus. Continuous maturation enhances neutralization potency and breadth of J038 lineage antibodies via expanding antibody-Env contact areas surrounding the core region contacted by germline-encoded residues. Developmental details and recognition features of J038 lineage antibodies revealed here provide a new pathway for elicitation and maturation of V2-targeting bnAbs. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 21.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.9 KB 23.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 17.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 90.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 340.1 MB 340 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 592.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 592.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7n28MC ![]() 7mxdC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | J33 full map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.02 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: J33 half map
ファイル | emd_24128_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | J33 half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: J33 half map
ファイル | emd_24128_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | J33 half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : A complex of HIV-1 Env with antibodies 3BNC117 and J033
+超分子 #1: A complex of HIV-1 Env with antibodies 3BNC117 and J033
+分子 #1: Envelope glycoprotein gp120
+分子 #2: 3BNC117 antibody heavy chain
+分子 #3: 3BNC117 antibody light chain
+分子 #4: J033 antibody heavy chain
+分子 #5: J033 antibody light chain
+分子 #6: Envelope glycoprotein gp41
+分子 #15: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #16: PHOSPHATE ION
+分子 #17: alpha-D-mannopyranose
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 18000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-7n28: |