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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24119 | |||||||||
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タイトル | Continuous motion of SARS-COV-2 spike protein receptor binding domain. Movement model 2. | |||||||||
マップデータ | Continuous motion of SARS-COV-2 spike protein receptor binding domain. Movement model 2. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen M / Ludtke SJ | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2021 タイトル: Deep learning-based mixed-dimensional Gaussian mixture model for characterizing variability in cryo-EM. 著者: Muyuan Chen / Steven J Ludtke / 要旨: Structural flexibility and/or dynamic interactions with other molecules is a critical aspect of protein function. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) provides direct visualization of individual ...Structural flexibility and/or dynamic interactions with other molecules is a critical aspect of protein function. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) provides direct visualization of individual macromolecules sampling different conformational and compositional states. While numerous methods are available for computational classification of discrete states, characterization of continuous conformational changes or large numbers of discrete state without human supervision remains challenging. Here we present e2gmm, a machine learning algorithm to determine a conformational landscape for proteins or complexes using a three-dimensional Gaussian mixture model mapped onto two-dimensional particle images in known orientations. Using a deep neural network architecture, e2gmm can automatically resolve the structural heterogeneity within the protein complex and map particles onto a small latent space describing conformational and compositional changes. This system presents a more intuitive and flexible representation than other manifold methods currently in use. We demonstrate this method on both simulated data and three biological systems to explore compositional and conformational changes at a range of scales. The software is distributed as part of EMAN2. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24119.map.gz | 7.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24119-v30.xml emd-24119.xml | 18.5 KB 18.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24119.png | 47.5 KB | ||
その他 | emd_24119_additional_1.map.gz emd_24119_additional_2.map.gz emd_24119_additional_3.map.gz emd_24119_additional_4.map.gz emd_24119_additional_5.map.gz | 7.4 MB 7.4 MB 7.4 MB 7.4 MB 7.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24119 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24119 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24119_validation.pdf.gz | 367.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24119_full_validation.pdf.gz | 367.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24119_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24119_validation.cif.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24119 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24119 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24119.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Continuous motion of SARS-COV-2 spike protein receptor binding domain. Movement model 2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.196 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Continuous motion of SARS-COV-2 spike protein receptor binding...
ファイル | emd_24119_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Continuous motion of SARS-COV-2 spike protein receptor binding domain. Movement model 2. Movie frame 1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Continuous motion of SARS-COV-2 spike protein receptor binding...
ファイル | emd_24119_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Continuous motion of SARS-COV-2 spike protein receptor binding domain. Movement model 2. Movie frame 2. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Continuous motion of SARS-COV-2 spike protein receptor binding...
ファイル | emd_24119_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Continuous motion of SARS-COV-2 spike protein receptor binding domain. Movement model 2. Movie frame 3. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Continuous motion of SARS-COV-2 spike protein receptor binding...
ファイル | emd_24119_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | Continuous motion of SARS-COV-2 spike protein receptor binding domain. Movement model 2. Movie frame 4. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Continuous motion of SARS-COV-2 spike protein receptor binding...
ファイル | emd_24119_additional_5.map | ||||||||||||
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注釈 | Continuous motion of SARS-COV-2 spike protein receptor binding domain. Movement model 2. Movie frame 5. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-COV-2 spike protein.
全体 | 名称: SARS-COV-2 spike protein. |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-COV-2 spike protein.
超分子 | 名称: SARS-COV-2 spike protein. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: OTHER 詳細: 10000 particles are used to reconstruct each frame of the movie. The maps are filtered to 5A for display 使用した粒子像数: 10000 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.91) |