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- EMDB-2409: The architecture of yeast DNA polymerase 'zeta'. Electron microsc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2409
タイトルThe architecture of yeast DNA polymerase 'zeta'. Electron microscopy reconstruction of the heterotetrameric complex Rev3-Rev7-Pol31-Pol32.
マップデータMap of Pol-zeta-d heterotetramer by negative stain
試料
  • 試料: Polymerase Zeta heterotetramer of Saccharomyces cerevisiae
  • タンパク質・ペプチド: DNA Polymerase 'Zeta' processivity subunit
  • タンパク質・ペプチド: DNA Polymerase 'Delta' small subunit
  • タンパク質・ペプチド: DNA Polymerase 'Delta' subunit 3
  • タンパク質・ペプチド: DNA Polymerase 'Zeta' catalytic subunit
キーワードTranslesion DNA synthesis / DNA repair / DNA replication / DNA polymerase zeta / genome integrity / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


delta DNA polymerase complex / DNA amplification / zeta DNA polymerase complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / DNA replication, removal of RNA primer / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI ...delta DNA polymerase complex / DNA amplification / zeta DNA polymerase complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / DNA replication, removal of RNA primer / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / lagging strand elongation / double-strand break repair via break-induced replication / postreplication repair / DNA metabolic process / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-free translesion synthesis / leading strand elongation / error-prone translesion synthesis / mismatch repair / nucleotide-excision repair / double-strand break repair via homologous recombination / base-excision repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / chromatin / mitochondrion / DNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase delta subunit, OB-fold domain / DNA polymerase delta subunit 2, C-terminal domain / DNA polymerase delta subunit OB-fold domain / DNA polymerase zeta catalytic subunit / DNA polymerase delta/II small subunit family / DNA polymerase delta/II small subunit family / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / Mad2-like ...DNA polymerase delta subunit, OB-fold domain / DNA polymerase delta subunit 2, C-terminal domain / DNA polymerase delta subunit OB-fold domain / DNA polymerase zeta catalytic subunit / DNA polymerase delta/II small subunit family / DNA polymerase delta/II small subunit family / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / Mad2-like / HORMA domain / HORMA domain / HORMA domain / HORMA domain profile. / HORMA domain superfamily / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase zeta catalytic subunit / DNA polymerase zeta processivity subunit / DNA polymerase delta small subunit / DNA polymerase delta subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Gomez-Llorente Y / Malik R / Jain R / Roy Choudhury J / Johnson RE / Prakash L / Prakash S / Ubarretxena-Belandia I / Aggarwal AK
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2013
タイトル: The architecture of yeast DNA polymerase ζ.
著者: Yacob Gómez-Llorente / Radhika Malik / Rinku Jain / Jayati Roy Choudhury / Robert E Johnson / Louise Prakash / Satya Prakash / Iban Ubarretxena-Belandia / Aneel K Aggarwal /
要旨: DNA polymerase ζ (Polζ) is specialized for the extension step of translesion DNA synthesis (TLS). Despite its central role in maintaining genome integrity, little is known about its overall ...DNA polymerase ζ (Polζ) is specialized for the extension step of translesion DNA synthesis (TLS). Despite its central role in maintaining genome integrity, little is known about its overall architecture. Initially identified as a heterodimer of the catalytic subunit Rev3 and the accessory subunit Rev7, yeast Polζ has recently been shown to form a stable four-subunit enzyme (Polζ-d) upon the incorporation of Pol31 and Pol32, the accessory subunits of yeast Polδ. To understand the 3D architecture and assembly of Polζ and Polζ-d, we employed electron microscopy. We show here how the catalytic and accessory subunits of Polζ and Polζ-d are organized relative to each other. In particular, we show that Polζ-d has a bilobal architecture resembling the replicative polymerases and that Pol32 lies in proximity to Rev7. Collectively, our study provides views of Polζ and Polζ-d and a structural framework for understanding their roles in DNA damage bypass.
履歴
登録2013年7月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月31日-
マップ公開2013年10月30日-
更新2014年10月22日-
現状2014年10月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0938
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.0938
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2409.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2409.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of Pol-zeta-d heterotetramer by negative stain
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.78 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0938 / ムービー #1: 0.0938
最小 - 最大-0.07746604 - 0.19041532
平均 (標準偏差)0.00239383 (±0.02202785)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 302.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.783.783.78
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z302.400302.400302.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.0770.1900.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Polymerase Zeta heterotetramer of Saccharomyces cerevisiae

全体名称: Polymerase Zeta heterotetramer of Saccharomyces cerevisiae
要素
  • 試料: Polymerase Zeta heterotetramer of Saccharomyces cerevisiae
  • タンパク質・ペプチド: DNA Polymerase 'Zeta' processivity subunit
  • タンパク質・ペプチド: DNA Polymerase 'Delta' small subunit
  • タンパク質・ペプチド: DNA Polymerase 'Delta' subunit 3
  • タンパク質・ペプチド: DNA Polymerase 'Zeta' catalytic subunit

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超分子 #1000: Polymerase Zeta heterotetramer of Saccharomyces cerevisiae

超分子名称: Polymerase Zeta heterotetramer of Saccharomyces cerevisiae
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Rev3:Rev7:Pol31:Pol32N 1:1:1:1 / 集合状態: Heterotetramer / Number unique components: 4
分子量実験値: 300 KDa / 理論値: 298 KDa

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分子 #1: DNA Polymerase 'Zeta' processivity subunit

分子名称: DNA Polymerase 'Zeta' processivity subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Rev7 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 28 KDa / 理論値: 28 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換プラスミド: PETDuet
配列UniProtKB: DNA polymerase zeta processivity subunit
GO: error-free translesion synthesis, error-prone translesion synthesis
InterPro: HORMA domain

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分子 #2: DNA Polymerase 'Delta' small subunit

分子名称: DNA Polymerase 'Delta' small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Pol31 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 55 KDa / 理論値: 55 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換プラスミド: PETDuet
配列UniProtKB: DNA polymerase delta small subunit
GO: DNA replication, removal of RNA primer, mismatch repair, base-excision repair
InterPro: DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B, DNA polymerase delta/II small subunit family

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分子 #3: DNA Polymerase 'Delta' subunit 3

分子名称: DNA Polymerase 'Delta' subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Pol32
詳細: We are using the N-terminal part of this protein. For further details, check the associated publication.
コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 40 KDa / 理論値: 40 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換プラスミド: PETDuet
配列UniProtKB: DNA polymerase delta subunit 3
GO: DNA replication, removal of RNA primer, mismatch repair, base-excision repair

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分子 #4: DNA Polymerase 'Zeta' catalytic subunit

分子名称: DNA Polymerase 'Zeta' catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: Rev3 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 173 KDa / 理論値: 173 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換プラスミド: PETDuet
配列UniProtKB: DNA polymerase zeta catalytic subunit
GO: error-free translesion synthesis, error-prone translesion synthesis, DNA replication
InterPro: DNA-directed DNA polymerase, family B, DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site, DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain, DNA-directed DNA polymerase, family ...InterPro: DNA-directed DNA polymerase, family B, DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site, DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain, DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain, DNA polymerase, palm domain superfamily, Ribonuclease H-like superfamily, C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 25mM Tris pH 8.0, 250mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: 2 ul aliquots were adsorbed onto glow-discharged carbon coated copper grids, and negatively stained with 2% uranyl acetate.
グリッド詳細: Glow discharged carbon coated copper grids.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
温度最低: 80 K / 最高: 298 K / 平均: 293 K
日付2011年1月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS / 平均電子線量: 10 e/Å2
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 63450 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Xmipp, EMAN2, Spider / 使用した粒子像数: 14844

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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