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- EMDB-24080: MicroED Structure of Acetaminophen -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24080
タイトルMicroED Structure of Acetaminophen
マップデータ
試料
  • 複合体: Acetaminophen
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子線結晶学
データ登録者Powell SM / Novikova IV / Evans JE
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)FWP 74915 米国
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: MicroED Structure of Acetaminophen
著者: Powell SM / Novikova IV / Evans JE
履歴
登録2021年5月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月7日-
マップ公開2022年12月7日-
更新2022年12月7日-
現状2022年12月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24080.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24080.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.19528 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.5
最小 - 最大-2.875063 - 12.226006
平均 (標準偏差)0.0017416013 (±1.0538799)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-20-30-21
サイズ105107101
Spacing105107101
セルA: 20.504168 Å / B: 20.894722 Å / C: 19.723055 Å
α: 90.0 ° / β: 97.903 ° / γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Acetaminophen

全体名称: Acetaminophen
要素
  • 複合体: Acetaminophen

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超分子 #1: Acetaminophen

超分子名称: Acetaminophen / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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構造解析

解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 0.01 / 構成要素 - 名称: Powder / 詳細: Powder

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均露光時間: 0.6 sec. / 平均電子線量: 0.008 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / カメラ長: 751 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 12102 / Number structure factors: 2348 / Fourier space coverage: 80.3 / R merge: 0.2738 / Overall phase residual: 0 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 0.65 Å

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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