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- EMDB-24071: Cryo-EM structure of broadly neutralizing V2-apex-targeting antib... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24071
タイトルCryo-EM structure of broadly neutralizing V2-apex-targeting antibody J038 in complex with HIV-1 Env
マップデータ
試料
  • 複合体: A complex of HIV-1 Env with antibodies 3BNC117 and J038
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: 3BNC117 antibody heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 3BNC117 antibody light chain
    • タンパク質・ペプチド: J038 antibody heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: J038 antibody light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: PHOSPHATE ION
キーワードHIV-1 / SIV-1 / V2-apex / envelope glycoprotein / neutralizing antibody / glycan-dependent / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Zhou T / Gao F
引用ジャーナル: Adv Sci (Weinh) / 年: 2022
タイトル: Development of Neutralization Breadth against Diverse HIV-1 by Increasing Ab-Ag Interface on V2.
著者: Nan Gao / Yanxin Gai / Lina Meng / Chu Wang / Wei Wang / Xiaojun Li / Tiejun Gu / Mark K Louder / Nicole A Doria-Rose / Kevin Wiehe / Alexandra F Nazzari / Adam S Olia / Jason Gorman / Reda ...著者: Nan Gao / Yanxin Gai / Lina Meng / Chu Wang / Wei Wang / Xiaojun Li / Tiejun Gu / Mark K Louder / Nicole A Doria-Rose / Kevin Wiehe / Alexandra F Nazzari / Adam S Olia / Jason Gorman / Reda Rawi / Wenmin Wu / Clayton Smith / Htet Khant / Natalia de Val / Bin Yu / Junhong Luo / Haitao Niu / Yaroslav Tsybovsky / Huaxin Liao / Thomas B Kepler / Peter D Kwong / John R Mascola / Chuan Qin / Tongqing Zhou / Xianghui Yu / Feng Gao /
要旨: Understanding maturation pathways of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against HIV-1 can be highly informative for HIV-1 vaccine development. A lineage of J038 bnAbs is now obtained from a long- ...Understanding maturation pathways of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against HIV-1 can be highly informative for HIV-1 vaccine development. A lineage of J038 bnAbs is now obtained from a long-term SHIV-infected macaque. J038 neutralizes 54% of global circulating HIV-1 strains. Its binding induces a unique "up" conformation for one of the V2 loops in the trimeric envelope glycoprotein and is heavily dependent on glycan, which provides nearly half of the binding surface. Their unmutated common ancestor neutralizes the autologous virus. Continuous maturation enhances neutralization potency and breadth of J038 lineage antibodies via expanding antibody-Env contact areas surrounding the core region contacted by germline-encoded residues. Developmental details and recognition features of J038 lineage antibodies revealed here provide a new pathway for elicitation and maturation of V2-targeting bnAbs.
履歴
登録2021年5月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月30日-
マップ公開2022年3月30日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24071.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24071.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 256 pix.
= 348.16 Å		1.36 Å/pix.
x 256 pix.
= 348.16 Å		1.36 Å/pix.
x 256 pix.
= 348.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.009
最小 - 最大-0.09069457 - 0.16946732
平均 (標準偏差)0.0002584932 (±0.003550362)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 348.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_24071_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_24071_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A complex of HIV-1 Env with antibodies 3BNC117 and J038

全体名称: A complex of HIV-1 Env with antibodies 3BNC117 and J038
要素
  • 複合体: A complex of HIV-1 Env with antibodies 3BNC117 and J038
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: 3BNC117 antibody heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 3BNC117 antibody light chain
    • タンパク質・ペプチド: J038 antibody heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: J038 antibody light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: PHOSPHATE ION

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超分子 #1: A complex of HIV-1 Env with antibodies 3BNC117 and J038

超分子名称: A complex of HIV-1 Env with antibodies 3BNC117 and J038
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 54.23475 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDADT TLFCASDAKA HETEAHNIWA THACVPTDPN PQEIYMENVT ENFNMWKNNM VEQMQEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL SCTNVTLTNV NYTNNFPNIG NITDEVRNCS FNVTTEIRDK KQKVYALFYK LDIVQMENKN S YRLINCNT ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKDADT TLFCASDAKA HETEAHNIWA THACVPTDPN PQEIYMENVT ENFNMWKNNM VEQMQEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL SCTNVTLTNV NYTNNFPNIG NITDEVRNCS FNVTTEIRDK KQKVYALFYK LDIVQMENKN S YRLINCNT SVCKQACPKI SFDPIPIHYC TPAGYAILKC NEKNFNGTGP CKNVSSVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEG EI IIRSENL TNNAKTIIVH LNKSVEINCT RPSNNTRTSV TIGPGQVFYR TGDIIGDIRK AYCEINGTKW NETLKQVVGK LKE HFPNKT ISFQPPSGGD LEITMHHFNC RGEFFYCNTT QLFNSTWINS TTIKEYNDTI IYLPCKIKQI INMWQGVGQC MYAP PIRGK INCVSNITGI LLTRDGGDAN ATNDTETFRP GGGNIKDNWR SELYKYKVVQ IEPLGIAPTK CKRRVVERRR RRR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: 3BNC117 antibody heavy chain

分子名称: 3BNC117 antibody heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.656484 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLLQSGAA VTKPGASVRV SCEASGYNIR DYFIHWWRQA PGQGLQWVGW INPKTGQPNN PRQFQGRVSL TRHASWDFDT YSFYMDLKA LRSDDTAVYF CARQRSDYWD FDVWGSGTQV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
QVQLLQSGAA VTKPGASVRV SCEASGYNIR DYFIHWWRQA PGQGLQWVGW INPKTGQPNN PRQFQGRVSL TRHASWDFDT YSFYMDLKA LRSDDTAVYF CARQRSDYWD FDVWGSGTQV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSC

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分子 #3: 3BNC117 antibody light chain

分子名称: 3BNC117 antibody light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.022658 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDTVT ITCQANGYLN WYQQRRGKAP KLLIYDGSKL ERGVPSRFSG RRWGQEYNLT INNLQPEDIA TYFCQVYEF VVPGTRLDLK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD S KDSTYSLS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDTVT ITCQANGYLN WYQQRRGKAP KLLIYDGSKL ERGVPSRFSG RRWGQEYNLT INNLQPEDIA TYFCQVYEF VVPGTRLDLK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD S KDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

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分子 #4: J038 antibody heavy chain

分子名称: J038 antibody heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 24.413338 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QLHLQESGPG LVRPSETLSL TCDVSGGAFN DAYCSWIRRF PGGGLEWIGR ISGRDGYVES NPALTGRVTM SIDATWKKIV LRLTSMTAS DTATYFCAGE TPEDDFGYYQ PYFKTWGQGL GVTVSSASTK GPSVFPLAPC SRSTSESTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列:
QLHLQESGPG LVRPSETLSL TCDVSGGAFN DAYCSWIRRF PGGGLEWIGR ISGRDGYVES NPALTGRVTM SIDATWKKIV LRLTSMTAS DTATYFCAGE TPEDDFGYYQ PYFKTWGQGL GVTVSSASTK GPSVFPLAPC SRSTSESTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GSLTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYVC NVNHKPSNTK VDKRVEIKTC

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分子 #5: J038 antibody light chain

分子名称: J038 antibody light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 23.187713 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQLIQSPSS VSASLGDRVT ITCRSTQGIG SDLAWYQATP GTAPKLLIYN SFALHKGVPS RFSGSGSGTE FSLTITGLQP EDFATYYCQ HYRRLPLTFG GGTNIEVKRA VAAPSVFIFP PSEDQVKSGT VSVVCLLNNF YPREASVKWK VDGVLKTGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQLIQSPSS VSASLGDRVT ITCRSTQGIG SDLAWYQATP GTAPKLLIYN SFALHKGVPS RFSGSGSGTE FSLTITGLQP EDFATYYCQ HYRRLPLTFG GGTNIEVKRA VAAPSVFIFP PSEDQVKSGT VSVVCLLNNF YPREASVKWK VDGVLKTGNS Q ESVTEQDS KDNTYSLSST LTLSNTDYQS HNVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #6: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.2185 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAMIFG FLGAAGSTMG AASNTLTVQA RQLLSGIVQQ QSNLPRAPEA QQHLLQLTVW GIKQLQARVL AVERYLEVQK FLGLWGCSG KIICCTAVPW NSTWSNKSFE QIWNNMTWIE WEREISNYTS QIYDILTESQ FQQDINEVDL LELD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #12: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 38 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #13: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 3 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 18000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08) / 使用した粒子像数: 312379
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7mxd:
Cryo-EM structure of broadly neutralizing V2-apex-targeting antibody J038 in complex with HIV-1 Env

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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