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万見
- EMDB-24065: CryoEM map of monoclonal antibody Fab DH1025.1 bound to bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24065
タイトルCryoEM map of monoclonal antibody Fab DH1025.1 bound to bound to CH505.M5 SOSIP trimer
マップデータCryoEM map of DH1025.1 bound to CH505.M5 SOSIP trimer
試料
  • 複合体: DH1025.1 Fab bound to CH505.M5 SOSIP trimer
    • タンパク質・ペプチド: CH505.M5 gp120
    • タンパク質・ペプチド: CH505.M5 gp41
    • タンパク質・ペプチド: DH1025.1 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: DH1025.1 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Manne K / Acharya P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI44371 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HIV-1 vaccine induction of protective tier 2 neutralizing antibodies in nonhuman primates is augmented by TLR7/8 agonism
著者: Tilahun K / Haynes BF
履歴
登録2021年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月17日-
マップ公開2022年8月17日-
更新2022年8月17日-
現状2022年8月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24065.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24065.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of DH1025.1 bound to CH505.M5 SOSIP trimer
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.966
最小 - 最大-0.3122257 - 1.981716
平均 (標準偏差)0.0040104007 (±0.11686821)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DH1025.1 Fab bound to CH505.M5 SOSIP trimer

全体名称: DH1025.1 Fab bound to CH505.M5 SOSIP trimer
要素
  • 複合体: DH1025.1 Fab bound to CH505.M5 SOSIP trimer
    • タンパク質・ペプチド: CH505.M5 gp120
    • タンパク質・ペプチド: CH505.M5 gp41
    • タンパク質・ペプチド: DH1025.1 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: DH1025.1 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: DH1025.1 Fab bound to CH505.M5 SOSIP trimer

超分子名称: DH1025.1 Fab bound to CH505.M5 SOSIP trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293F

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分子 #1: CH505.M5 gp120

分子名称: CH505.M5 gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 50.965219 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ENLWVTVYYG VPVWKEAKTT LFCASDAKAY EKEVHNVWAT HACVPTDPNP QEMVLKNVTE NFNMWKNDMV DQMHEDVISL WDQSLKPCV KLTPLCVTLN CTNATASNSS IIEGMKNCSF NITTELRDKR EKKNALFYKL DIVQLDGNSS QYRLINCNTS V ITQACPKV ...文字列:
ENLWVTVYYG VPVWKEAKTT LFCASDAKAY EKEVHNVWAT HACVPTDPNP QEMVLKNVTE NFNMWKNDMV DQMHEDVISL WDQSLKPCV KLTPLCVTLN CTNATASNSS IIEGMKNCSF NITTELRDKR EKKNALFYKL DIVQLDGNSS QYRLINCNTS V ITQACPKV SFDPIPIHYC APAGYAILKC NNKTFTGTGP CNNVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEG EIIIRSENIT KN VKTIIVH LNESVKIECT RPNNKTRTSI RIGPGQAFYA TGQVIGDIRE AYCNINESKW NETLQRVSKK LKEYFPHKNI TFQ PSSGGD LEITTHSFNC GGEFFYCNTS SLFNRTYMAN NSTRTITIHC RIKQIINMWQ EVGRAMYAPP IAGNITCISN ITGL LLTRD YGKNNTETFR PGGGNMKDNW RSELYKYKVV KIEPLGVAPT RCKRRVV

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分子 #2: CH505.M5 gp41

分子名称: CH505.M5 gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 11.238608 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VWGIKQLQAR VLAVERYLRD QQLLGIWGCS GKLICCTNVP WNSSWSNRNL SEIWDNMTWL QWDKEISNYT QIIYGLLEES QNQQEKNEQ DLLALD

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分子 #3: DH1025.1 Fab Heavy Chain

分子名称: DH1025.1 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.238191 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVHLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGGSVS YYNWWSWIRQ PPGKGLEWIG YISGSSGNTY YSPSLKSRVT ISTDTSKNQF SLRLSSVTA ADTAVYYCAS VLQYLDWVLP DRVGEVHWFD VWGPGVLVSV SSASTKGPSV FPLAPSSRST SESTAALGCL V KDYFPEPV ...文字列:
QVHLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGGSVS YYNWWSWIRQ PPGKGLEWIG YISGSSGNTY YSPSLKSRVT ISTDTSKNQF SLRLSSVTA ADTAVYYCAS VLQYLDWVLP DRVGEVHWFD VWGPGVLVSV SSASTKGPSV FPLAPSSRST SESTAALGCL V KDYFPEPV TVSWNSGSLT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYVCNVNH KPSNTKVDKR VEIKTCGG

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分子 #4: DH1025.1 Fab Light Chain

分子名称: DH1025.1 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.12957 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ISCQASQGIS SRLAWYQQRP GKAPKLLIHT ASSLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP EDFATYYCQ QHHSHPLTFG GGTKVEIKRA VAAPSVFIFP PSEDQVKSGT VSVVCLLNNF YPREASVKWK VDGVLKTGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ISCQASQGIS SRLAWYQQRP GKAPKLLIHT ASSLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP EDFATYYCQ QHHSHPLTFG GGTKVEIKRA VAAPSVFIFP PSEDQVKSGT VSVVCLLNNF YPREASVKWK VDGVLKTGNS Q ESVTEQDS KDNTYSLSST LTLSNTDYQS HNVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Blot for 2.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 93.15 K / 最高: 93.15 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3056 / 平均電子線量: 62.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 200000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル


PDB 未公開エントリ

PDB-7mw9:
CryoEM structure of monoclonal antibody Fab DH1025.1 bound to bound to CH505.M5 SOSIP trimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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