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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | MicroED structure of lysozyme from milled crystals at 1.75A | |||||||||
![]() | 2mFo-Fc map wrapped around protein with 3A carve | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.75 Å | |||||||||
![]() | Martynowycz MW / Gonen T | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Preparing crystalline lamellae by focused ion-beam milling for microcrystal electron diffraction (MicroED) experiments 著者: Martynowycz MW / Gonen T | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 917.4 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 53.7 KB | ||
Filedesc structureFactors | ![]() | 333.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 360.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 360.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7mrpMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | 2mFo-Fc map wrapped around protein with 3A carve | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.43122 Å / Y: 0.43122 Å / Z: 0.39448 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Lysozyme
全体 | 名称: Lysozyme |
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要素 |
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-超分子 #1: Lysozyme
超分子 | 名称: Lysozyme / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 14.3 KDa |
-分子 #1: Lysozyme C
分子 | 名称: Lysozyme C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: lysozyme |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 14.33116 KDa |
配列 | 文字列: KVFGRCELAA AMKRHGLDNY RGYSLGNWVC AAKFESNFNT QATNRNTDGS TDYGILQINS RWWCNDGRTP GSRNLCNIPC SALLSSDIT ASVNCAKKIV SDGNGMNAWV AWRNRCKGTD VQAWIRGCRL |
-分子 #2: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-分子 #3: CHLORIDE ION
分子 | 名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CL |
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分子量 | 理論値: 35.453 Da |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 78 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
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試料調製
濃度 | 20 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 4.7 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS TALOS |
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温度 | 最低: 77.0 K / 最高: 85.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1500 / 回折像の数: 1500 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 0.01 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0 µm / カメラ長: 2100 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN / 傾斜角度: -30.0, 30.0 |
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画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.75 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES |
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結晶パラメータ | 単位格子 - A: 77.33 Å / 単位格子 - B: 77.33 Å / 単位格子 - C: 38.11 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 単位格子 - α: 90 ° / 単位格子 - β: 90 ° / 空間群: P43212 |
Crystallography statistics | Number intensities measured: 305349 / Number structure factors: 12144 / Fourier space coverage: 100 / R merge: 0.23 / Overall phase error: 18 / Overall phase residual: 19 / Phase error rejection criteria: none / High resolution: 1.75 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 1.75 Å / 殻 - Low resolution: 34.18 Å / 殻 - Number structure factors: 12144 / 殻 - Phase residual: 18 / 殻 - Fourier space coverage: 100 / 殻 - Multiplicity: 25 |