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- EMDB-23933: Cryo-EM structure of Prefusion-stabilized RSV F (DS-Cav1) in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23933
タイトルCryo-EM structure of Prefusion-stabilized RSV F (DS-Cav1) in complex with Fab AM14
マップデータCryo-EM structure of RSV DS-Cav1 in complex with FabAM14.
試料
  • 複合体: Homo sapiens respiratory syncytial virus A
    • 複合体: Fusion glycoprotein F1 and F2 fused with Fibritin trimerization domain.
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein
    • 複合体: Fab AM14 heavy and light chain
      • タンパク質・ペプチド: AM14 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: AM14 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / membrane => GO:0016020 / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0 / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Abeyrathne PD / Malito E / Harshbarger WD
引用ジャーナル: MAbs / 年: 2021
タイトル: Improved epitope resolution of the prefusion trimer-specific antibody AM14 bound to the RSV F glycoprotein.
著者: Wayne Harshbarger / Priyanka D Abeyrathne / Sai Tian / Ying Huang / Sumana Chandramouli / Matthew James Bottomley / Enrico Malito /
要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is the most common cause of acute lower respiratory tract infections resulting in medical intervention and hospitalizations during infancy and early childhood, and ...Respiratory syncytial virus (RSV) is the most common cause of acute lower respiratory tract infections resulting in medical intervention and hospitalizations during infancy and early childhood, and vaccination against RSV remains a public health priority. The RSV F glycoprotein is a major target of neutralizing antibodies, and the prefusion stabilized form of F (DS-Cav1) is under investigation as a vaccine antigen. AM14 is a human monoclonal antibody with the exclusive capacity of binding an epitope on prefusion F (PreF), which spans two F protomers. The quality of recognizing a trimer-specific epitope makes AM14 valuable for probing PreF-based immunogen conformation and functionality during vaccine production. Currently, only a low-resolution (5.5 Å) X-ray structure is available of the PreF-AM14 complex, revealing few reliable details of the interface. Here, we perform complementary structural studies using X-ray crystallography and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to provide improved resolution structures at 3.6 Å and 3.4 Å resolutions, respectively. Both X-ray and cryo-EM structures provide clear side-chain densities, which allow for accurate mapping of the AM14 epitope on DS-Cav1. The structures help rationalize the molecular basis for AM14 loss of binding to RSV F monoclonal antibody-resistant mutants and reveal flexibility for the side chain of a key antigenic residue on PreF. This work provides the basis for a comprehensive understanding of RSV F trimer specificity with implications in vaccine design and quality assessment of PreF-based immunogens.
履歴
登録2021年5月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月8日-
マップ公開2021年9月8日-
更新2021年9月8日-
現状2021年9月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5.9
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mpg
  • 表面レベル: 5.9
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23933.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23933.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of RSV DS-Cav1 in complex with FabAM14.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 5.94 / ムービー #1: 5.9
最小 - 最大-19.019707 - 30.022686
平均 (標準偏差)3.5705594e-12 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 428.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z428.000428.000428.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-19.02030.0230.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Homo sapiens respiratory syncytial virus A

全体名称: Homo sapiens respiratory syncytial virus A
要素
  • 複合体: Homo sapiens respiratory syncytial virus A
    • 複合体: Fusion glycoprotein F1 and F2 fused with Fibritin trimerization domain.
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein
    • 複合体: Fab AM14 heavy and light chain
      • タンパク質・ペプチド: AM14 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: AM14 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Homo sapiens respiratory syncytial virus A

超分子名称: Homo sapiens respiratory syncytial virus A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 285 KDa

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超分子 #2: Fusion glycoprotein F1 and F2 fused with Fibritin trimerization d...

超分子名称: Fusion glycoprotein F1 and F2 fused with Fibritin trimerization domain.
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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超分子 #3: Fab AM14 heavy and light chain

超分子名称: Fab AM14 heavy and light chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein

分子名称: Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 54.806496 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QNITEEFYQS TCSAVSKGYL SALRTGWYTS VITIELSNIK ENKCNGTDAK VKLIKQELDK YKNAVTELQL LMQSTPATNN RAFLGFLLG VGSAIASGVA VCKVLHLEGE VNKIKSALLS TNKAVVSLSN GVSVLTFKVL DLKNYIDKQL LPILNKQSCS I SNIETVIE ...文字列:
QNITEEFYQS TCSAVSKGYL SALRTGWYTS VITIELSNIK ENKCNGTDAK VKLIKQELDK YKNAVTELQL LMQSTPATNN RAFLGFLLG VGSAIASGVA VCKVLHLEGE VNKIKSALLS TNKAVVSLSN GVSVLTFKVL DLKNYIDKQL LPILNKQSCS I SNIETVIE FQQKNNRLLE ITREFSVNAG VTTPVSTYML TNSELLSLIN DMPITNDQKK LMSNNVQIVR QQSYSIMCII KE EVLAYVV QLPLYGVIDT PCWKLHTSPL CTTNTKEGSN ICLTRTDRGW YCDNAGSVSF FPQAETCKVQ SNRVFCDTMN SLT LPSEVN LCNVDIFNPK YDCKIMTSKT DVSSSVITSL GAIVSCYGKT KCTASNKNRG IIKTFSNGCD YVSNKGVDTV SVGN TLYYV NKQEGKSLYV KGEPIINFYD PLVFPSDEFD ASISQVNEKI NQSLAFIRKS DELLSAIGGY IPEAPRDGQA YVRKD GEWV LLSTFLGGLV PR

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分子 #2: AM14 Fab Heavy Chain

分子名称: AM14 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.380352 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: CVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFSFS HYAMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGENTYY ADSVKGRFSI SRDNSKNTVS LQMNSLRPE DTALYYCARD RIVDDYYYYG MDVWGQGATV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
CVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFSFS HYAMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGENTYY ADSVKGRFSI SRDNSKNTVS LQMNSLRPE DTALYYCARD RIVDDYYYYG MDVWGQGATV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCDK GSENLYFQGS HH HHHH

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分子 #3: AM14 Fab Light Chain

分子名称: AM14 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.870906 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METPAELLFL LLLWLPDTTG DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDIK KYLNWYHQKP GKVPELLMHD ASNLETGVPS RFSGRGSGT DFTLTISSLQ PEDIGTYYCQ QYDNLPPLTF GGGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ ...文字列:
METPAELLFL LLLWLPDTTG DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDIK KYLNWYHQKP GKVPELLMHD ASNLETGVPS RFSGRGSGT DFTLTISSLQ PEDIGTYYCQ QYDNLPPLTF GGGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMHEPES(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)
150.0 mMNaClSodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細DS-Cav1-FabAM14.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1078 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 26.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0) / ソフトウェア - 詳細: CTFFIND4
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: cisTEM Ab-initio 3D reconstruction.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0) / 使用した粒子像数: 23737
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0)
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0)
最終 3次元分類クラス数: 250 / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7mpg:
Cryo-EM structure of Prefusion-stabilized RSV F (DS-Cav1) in complex with Fab AM14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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