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万見
- EMDB-2386: Cryo electron microscopy of yeast INO80 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2386
タイトルCryo electron microscopy of yeast INO80
マップデータReconstruction of chromatin remodeler INO80
試料
  • 試料: S. cerevisiae INO80 chromatin remodeler
  • タンパク質・ペプチド: INO80
キーワードchromatin remodeler
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.5 Å
データ登録者Tosi A / Haas C / Herzog F / Gilmozzi A / Berninghausen O / Ungewickell C / Gerhold CB / Lakomek K / Aebersold R / Beckmann R / Hopfner KP
引用ジャーナル: Cell / 年: 2013
タイトル: Structure and subunit topology of the INO80 chromatin remodeler and its nucleosome complex.
著者: Alessandro Tosi / Caroline Haas / Franz Herzog / Andrea Gilmozzi / Otto Berninghausen / Charlotte Ungewickell / Christian B Gerhold / Kristina Lakomek / Ruedi Aebersold / Roland Beckmann / Karl-Peter Hopfner /
要旨: INO80/SWR1 family chromatin remodelers are complexes composed of >15 subunits and molecular masses exceeding 1 MDa. Their important role in transcription and genome maintenance is exchanging the ...INO80/SWR1 family chromatin remodelers are complexes composed of >15 subunits and molecular masses exceeding 1 MDa. Their important role in transcription and genome maintenance is exchanging the histone variants H2A and H2A.Z. We report the architecture of S. cerevisiae INO80 using an integrative approach of electron microscopy, crosslinking and mass spectrometry. INO80 has an embryo-shaped head-neck-body-foot architecture and shows dynamic open and closed conformations. We can assign an Rvb1/Rvb2 heterododecamer to the head in close contact with the Ino80 Snf2 domain, Ies2, and the Arp5 module at the neck. The high-affinity nucleosome-binding Nhp10 module localizes to the body, whereas the module that contains actin, Arp4, and Arp8 maps to the foot. Structural and biochemical analyses indicate that the nucleosome is bound at the concave surface near the neck, flanked by the Rvb1/2 and Arp8 modules. Our analysis establishes a structural and functional framework for this family of large remodelers.
履歴
登録2013年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年6月19日-
マップ公開2013年10月2日-
更新2013年10月2日-
現状2013年10月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2386.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2386.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 24.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of chromatin remodeler INO80
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.144 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.0002 / ムービー #1: 0.00028
最小 - 最大-0.00132055 - 0.00202791
平均 (標準偏差)-0.0000044 (±0.00008899)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ188188188
Spacing188188188
セルA=B=C: 591.072 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.1443.1443.144
M x/y/z188188188
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z591.072591.072591.072
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS188188188
D min/max/mean-0.0010.002-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : S. cerevisiae INO80 chromatin remodeler

全体名称: S. cerevisiae INO80 chromatin remodeler
要素
  • 試料: S. cerevisiae INO80 chromatin remodeler
  • タンパク質・ペプチド: INO80

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超分子 #1000: S. cerevisiae INO80 chromatin remodeler

超分子名称: S. cerevisiae INO80 chromatin remodeler / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse (size exclusion) / 集合状態: Dodecameric Rvb1/2 / Number unique components: 15
分子量理論値: 1.3 MDa

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分子 #1: INO80

分子名称: INO80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: Dodecamer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: baker's yeast
分子量理論値: 1.3 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2012年7月24日
撮影平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider, EMAN2, Sparx / 使用した粒子像数: 386988

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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