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万見
- EMDB-23762: Tomogram of preformed liposomes incubated with polyQ40 oligomers ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23762
タイトルTomogram of preformed liposomes incubated with polyQ40 oligomers at 2uM concentration
マップデータSynthetic polyQ40 oligomers
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Synthetic polyQ40 oligomers
    • Other: Synthetic polyQ peptide
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Nunn K / Jiang J / Dai W
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)MB-2046180 米国
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2021
タイトル: Structural insight into transmissive mutant huntingtin species by correlative light and electron microscopy and cryo-electron tomography.
著者: Xuyuan Kuang / Kyle Nunn / Jennifer Jiang / Paul Castellano / Uttara Hardikar / Arianna Horgan / Joyce Kong / Zhiqun Tan / Wei Dai /
要旨: Aggregates of mutant huntingtin (mHTT) containing an expanded polyglutamine (polyQ) tract are hallmarks of Huntington's Disease (HD). Studies have shown that mHTT can spread between cells, leading to ...Aggregates of mutant huntingtin (mHTT) containing an expanded polyglutamine (polyQ) tract are hallmarks of Huntington's Disease (HD). Studies have shown that mHTT can spread between cells, leading to the propagation of misfolded protein pathology. However, the structure of transmissive mHTT species, and the molecular mechanisms underlying their transmission remain unknown. Using correlative light and electron microscopy (CLEM) and cryo-electron tomography (cryo-ET), we identified two types of aggregation-prone granules in conditioned medium from PC12 cells expressing a mHTT N-terminal fragment: densities enclosed by extracellular vesicles (EVs), and uncoated, amorphous meshworks of heterogeneous oligomers that co-localize with clusters of EVs. In vitro assays confirmed that liposomes induce condensation of polyQ oligomers into higher-order assemblies, resembling the uncoated meshworks observed in PC12 conditioned medium. Our findings provide novel insights into formation and architecture of transmissive mHTT proteins, and highlight the potential role of EVs as both carriers and modulators of transmissive mHTT proteins.
履歴
登録2021年4月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月20日-
マップ公開2022年4月20日-
更新2022年11月9日-
現状2022年11月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_23762.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23762.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 433.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Synthetic polyQ40 oligomers
ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.986 Å
密度
最小 - 最大-38.133167 - 64.12031
平均 (標準偏差)-1.4097287e-07 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-222-36070
サイズ841845160
Spacing845841160
セルA: 5903.17 Å / B: 5875.226 Å / C: 1117.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Synthetic polyQ40 oligomers

全体名称: Synthetic polyQ40 oligomers
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Synthetic polyQ40 oligomers
    • Other: Synthetic polyQ peptide

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超分子 #1: Synthetic polyQ40 oligomers

超分子名称: Synthetic polyQ40 oligomers / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Synthetic polyQ peptide

分子名称: Synthetic polyQ peptide / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
KKQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQKK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: LEICA EM GP
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: EMS / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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