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- EMDB-2374: cryo-electron microscopy of Sindbis-liposome complex at pH 6.4 (t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2374
タイトルcryo-electron microscopy of Sindbis-liposome complex at pH 6.4 (the group of 5-fold reconstruction)
マップデータreconstruction of Sindbis virus when a liposome associates to its 50-fold axis. 5-fold symmetry was applied to the reconstruction map.
試料
  • 試料: Sindbis virus - liposome complex at pH 6.4
  • ウイルス: Sindbis virus (シンドビスウイルス)
キーワードcryo-electron microscopy / 3D reconstruction / Sindbis virus / membrane fusion / low pH
生物種Sindbis virus (シンドビスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.5 Å
データ登録者Cao S / Zhang W
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2013
タイトル: Characterization of an early-stage fusion intermediate of Sindbis virus using cryoelectron microscopy.
著者: Sheng Cao / Wei Zhang /
要旨: The sequential steps in the alphavirus membrane fusion pathway have been postulated based on the prefusion and postfusion crystal structures of the viral fusion protein E1 in conjunction with ...The sequential steps in the alphavirus membrane fusion pathway have been postulated based on the prefusion and postfusion crystal structures of the viral fusion protein E1 in conjunction with biochemical studies. However, the molecular structures of the hypothesized fusion intermediates have remained obscure due to difficulties inherent in the dynamic nature of the process. We developed an experimental system that uses liposomes as the target membrane to capture Sindbis virus, a prototypical alphavirus, in its membrane-binding form at pH 6.4. Cryoelectron micrograph analyses and 3D reconstructions showed that the virus retains its overall icosahedral structure at this mildly acidic pH, except in the membrane-binding region, where monomeric E1 associates with the target membrane and the E2 glycoprotein retains its original trimeric organization. The remaining E2 trimers may hinder E1 homotrimerization and are a potential target for antiviral drugs.
履歴
登録2013年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年5月29日-
マップ公開2013年8月7日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 14.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 14.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2374.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2374.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 61.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈reconstruction of Sindbis virus when a liposome associates to its 50-fold axis. 5-fold symmetry was applied to the reconstruction map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.95 Å/pix.
x 255 pix.
= 1007.505 Å		3.95 Å/pix.
x 255 pix.
= 1007.505 Å		3.95 Å/pix.
x 255 pix.
= 1007.505 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.951 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 14.9 / ムービー #1: 14.9
最小 - 最大-41.457096100000001 - 59.282108309999998
平均 (標準偏差)1.07148087 (±6.93235254)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-127-127-127
サイズ255255255
Spacing255255255
セルA=B=C: 1007.505 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.9513.9513.951
M x/y/z255255255
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1007.5051007.5051007.505
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-127-127-127
NC/NR/NS255255255
D min/max/mean-41.45759.2821.071

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Sindbis virus - liposome complex at pH 6.4

全体名称: Sindbis virus - liposome complex at pH 6.4
要素
  • 試料: Sindbis virus - liposome complex at pH 6.4
  • ウイルス: Sindbis virus (シンドビスウイルス)

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超分子 #1000: Sindbis virus - liposome complex at pH 6.4

超分子名称: Sindbis virus - liposome complex at pH 6.4 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Sindbis virus

超分子名称: Sindbis virus / タイプ: virus / ID: 1
詳細: The virus was mixed with liposome and was acidified to pH 6.4 at 37C for 2 min
NCBI-ID: 11034 / 生物種: Sindbis virus / Sci species strain: TE12 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 組換細胞: BHK-21
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: glycoprotein / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.4
詳細: Virus and liposome were suspended in TNE (10mM Tris, 200mM NaCl, 1mM EDTA, pH 7.4). The low pH buffer is (50mM MES, 200mM NaCl, pH.6.4)
グリッド詳細: Ultra-thin carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III
Timed resolved state: Vitrified 2 min after waiting in the chamber (37C)

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度平均: 95 K
日付2012年2月4日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 75930 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt angle min: 0 / Tilt angle max: 0
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: auto3dem / 使用した粒子像数: 196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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