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- EMDB-23623: Caulobacter crescentus expressing PopZ with IDR-156 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23623
タイトルCaulobacter crescentus expressing PopZ with IDR-156
マップデータCaulobacter crescentus expressing PopZ with IDR-156
試料
  • 細胞: Caulobacter crescentus cells expressing PopZ with IDR-156
生物種Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Lasker K / Boeynaems S / Lam V / Scholl D / Stainton E / Briner A / Jacquemyn M / Daelemans D / Deniz A / Villa E ...Lasker K / Boeynaems S / Lam V / Scholl D / Stainton E / Briner A / Jacquemyn M / Daelemans D / Deniz A / Villa E / Holehouse AS / Gitler AD / Shapiro L
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM7240-40 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1DP2GM123494-01 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1920374 米国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: The material properties of a bacterial-derived biomolecular condensate tune biological function in natural and synthetic systems
著者: Lasker K / Boeynaems S / Lam V / Scholl D / Stainton E / Briner A / Jacquemyn M / Daelemans D / Deniz A / Villa E / Holehouse AS / Gitler AD / Shapiro L
#1: ジャーナル: biorxiv / 年: 2021
タイトル: A modular platform for engineering function of natural and synthetic biomolecular condensates
著者: Lasker K / Boeynaems S / Lam V / Stainton E / Jacquemyn M / Daelemans D / Villa E / Holehouse AS / Gitler AD / Shapiro L
履歴
登録2021年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月28日-
マップ公開2022年9月28日-
更新2022年10月5日-
現状2022年10月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_23623.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23623.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 377.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Caulobacter crescentus expressing PopZ with IDR-156
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
17.06 Å/pix.
x 111 pix.
= 1893.66 Å		17.06 Å/pix.
x 928 pix.
= 15831.68 Å		17.06 Å/pix.
x 960 pix.
= 16377.6 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 17.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-19.504175 - 15.703563
平均 (標準偏差)0.118015766 (±0.23792008)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin20-2351
サイズ928960111
Spacing960928111
セルA: 16377.6 Å / B: 15831.68 Å / C: 1893.6599 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Caulobacter crescentus cells expressing PopZ with IDR-156

全体名称: Caulobacter crescentus cells expressing PopZ with IDR-156
要素
  • 細胞: Caulobacter crescentus cells expressing PopZ with IDR-156

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超分子 #1: Caulobacter crescentus cells expressing PopZ with IDR-156

超分子名称: Caulobacter crescentus cells expressing PopZ with IDR-156
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: M2 minimal media, supplemented with glucose.
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.019 kPa / 詳細: current 20 mA Instrument: PELCO easiGlow
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細Protein expression was induced 4-5 hours prior to plunge freezing. Cells were concentrated to an OD600 ~3.0 by centrifugation.
Cryo protectantTrehalose
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.01 nA / 集束イオンビーム - 時間: 2700 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 77 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 500 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150 nm
集束イオンビーム - 詳細: milling current varies from 0.5 nA to 10 pA during milling.. The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Aquilos Cryo-FIB. This is not in ...集束イオンビーム - 詳細: milling current varies from 0.5 nA to 10 pA during milling.. The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Aquilos Cryo-FIB. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 77.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-15 / 実像数: 47 / 平均露光時間: 2.39 sec. / 平均電子線量: 3.13 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.10.29) / 使用した粒子像数: 47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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