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- EMDB-2362: Electron tomogram through a Gemmata obscuriglobus cell (4) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2362
タイトルElectron tomogram through a Gemmata obscuriglobus cell (4)
マップデータElectron tomogram of a gemmata obscuriglobus cell
試料
  • 試料: Gemmata obscuriglobus cell
  • 細胞器官・細胞要素: Gemmata obscuriglobus
キーワードendomembrane / eukaryogenesis / electron tomography
生物種Gemmata obscuriglobus (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法
データ登録者Santarella-Mellwig R / Pruggnaller S / Roos N / Mattaj IW / Devos DP
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2013
タイトル: Three-dimensional reconstruction of bacteria with a complex endomembrane system.
著者: Rachel Santarella-Mellwig / Sabine Pruggnaller / Norbert Roos / Iain W Mattaj / Damien P Devos /
要旨: The division of cellular space into functionally distinct membrane-defined compartments has been one of the major transitions in the history of life. Such compartmentalization has been claimed to ...The division of cellular space into functionally distinct membrane-defined compartments has been one of the major transitions in the history of life. Such compartmentalization has been claimed to occur in members of the Planctomycetes, Verrucomicrobiae, and Chlamydiae bacterial superphylum. Here we have investigated the three-dimensional organization of the complex endomembrane system in the planctomycete bacteria Gemmata obscuriglobus. We reveal that the G. obscuriglobus cells are neither compartmentalized nor nucleated as none of the spaces created by the membrane invaginations are closed; instead, they are all interconnected. Thus, the membrane organization of G. obscuriglobus, and most likely all PVC members, is not different from, but an extension of, the "classical" Gram-negative bacterial membrane system. Our results have implications for our definition and understanding of bacterial cell organization, the genesis of complex structure, and the origin of the eukaryotic endomembrane system.
履歴
登録2013年4月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年5月1日-
マップ公開2013年6月5日-
更新2013年8月28日-
現状2013年8月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2362-Gem...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2362.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Electron tomogram of a gemmata obscuriglobus cell
ボクセルのサイズX=Y=Z: 15 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)33.60554123 (±38.38032913)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ18301839879
Spacing18301839879
セルA: 27585.0 Å / B: 27450.0 Å / C: 13185.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z151515
M x/y/z18391830879
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z27585.00027450.00013185.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS18391830879
D min/max/mean-128.000127.00033.606

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Gemmata obscuriglobus cell

全体名称: Gemmata obscuriglobus cell
要素
  • 試料: Gemmata obscuriglobus cell
  • 細胞器官・細胞要素: Gemmata obscuriglobus

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超分子 #1000: Gemmata obscuriglobus cell

超分子名称: Gemmata obscuriglobus cell / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Gemmata obscuriglobus

超分子名称: Gemmata obscuriglobus / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Gemmata obscuriglobus (バクテリア) / 株: DSM-5831

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

染色タイプ: NEGATIVE
詳細: High pressure frozen/freeze substituted in 0.5% uranyl acetate
凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: OTHER
手法: high pressure frozen with 100 micrometer deep carriers

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
日付2010年6月30日
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 15500
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 1 °
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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