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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | NorA in complex with Fab36 | |||||||||||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Brawley DN / Sauer DB / Song JM / Koide A / Koide S / Traaseth NJ / Wang DN | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for inhibition of the drug efflux pump NorA from Staphylococcus aureus. 著者: Douglas N Brawley / David B Sauer / Jianping Li / Xuhui Zheng / Akiko Koide / Ganesh S Jedhe / Tiffany Suwatthee / Jinmei Song / Zheng Liu / Paramjit S Arora / Shohei Koide / Victor J Torres ...著者: Douglas N Brawley / David B Sauer / Jianping Li / Xuhui Zheng / Akiko Koide / Ganesh S Jedhe / Tiffany Suwatthee / Jinmei Song / Zheng Liu / Paramjit S Arora / Shohei Koide / Victor J Torres / Da-Neng Wang / Nathaniel J Traaseth / ![]() ![]() ![]() 要旨: Membrane protein efflux pumps confer antibiotic resistance by extruding structurally distinct compounds and lowering their intracellular concentration. Yet, there are no clinically approved drugs to ...Membrane protein efflux pumps confer antibiotic resistance by extruding structurally distinct compounds and lowering their intracellular concentration. Yet, there are no clinically approved drugs to inhibit efflux pumps, which would potentiate the efficacy of existing antibiotics rendered ineffective by drug efflux. Here we identified synthetic antigen-binding fragments (Fabs) that inhibit the quinolone transporter NorA from methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Structures of two NorA-Fab complexes determined using cryo-electron microscopy reveal a Fab loop deeply inserted in the substrate-binding pocket of NorA. An arginine residue on this loop interacts with two neighboring aspartate and glutamate residues essential for NorA-mediated antibiotic resistance in MRSA. Peptide mimics of the Fab loop inhibit NorA with submicromolar potency and ablate MRSA growth in combination with the antibiotic norfloxacin. These findings establish a class of peptide inhibitors that block antibiotic efflux in MRSA by targeting indispensable residues in NorA without the need for membrane permeability. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 99 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7lo8MC ![]() 7lo7C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.079 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : NorA:Fab36 complex
全体 | 名称: NorA:Fab36 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: NorA:Fab36 complex
超分子 | 名称: NorA:Fab36 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Quinolone resistance protein NorA
分子 | 名称: Quinolone resistance protein NorA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 42.353238 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNKQIFVLYF NIFLIFLGIG LVIPVLPVYL KDLGLTGSDL GLLVAAFALS QMIISPFGGT LADKLGKKLI ICIGLILFSV SEFMFAVGH NFSVLMLSRV IGGMSAGMVM PGVTGLIADI SPSHQKAKNF GYMSAIINSG FILGPGIGGF MAEVSHRMPF Y FAGALGIL ...文字列: MNKQIFVLYF NIFLIFLGIG LVIPVLPVYL KDLGLTGSDL GLLVAAFALS QMIISPFGGT LADKLGKKLI ICIGLILFSV SEFMFAVGH NFSVLMLSRV IGGMSAGMVM PGVTGLIADI SPSHQKAKNF GYMSAIINSG FILGPGIGGF MAEVSHRMPF Y FAGALGIL AFIMSIVLIH DPKKSTTSGF QKLEPQLLTK INWKVFITPV ILTLVLSFGL SAFETLYSLY TADKVNYSPK DI SIAITGG GIFGALFQIY FFDKFMKYFS ELTFIAWSLL YSVVVLILLV FANDYWSIML ISFVVFIGFD MIRPAITNYF SNI AGERQG FAGGLNSTFT SMGNFIGPLI AGALFDVHIE APIYMAIGVS LAGVVIVLIE KQHRAKLKEQ NM |
-分子 #2: Fab36 Heavy Chain
分子 | 名称: Fab36 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 28.044465 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAEISEVQL VESGGGLVQP GGSLRLSCAA SGFTFSSSSI HWVRQAPGKG LEWVASISSS SGSTSYADS VKGRFTISAD TSKNTAYLQM NSLRAEDTAV YYCARYSRYY YYAWRVGGYW GGLDYWGQGT LVTVFNQIKG P SVFPLAPS ...文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAEISEVQL VESGGGLVQP GGSLRLSCAA SGFTFSSSSI HWVRQAPGKG LEWVASISSS SGSTSYADS VKGRFTISAD TSKNTAYLQM NSLRAEDTAV YYCARYSRYY YYAWRVGGYW GGLDYWGQGT LVTVFNQIKG P SVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP EPVTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VN HKPSNTK VDKKVEPKSC DKTHT |
-分子 #3: Fab36 Light Chain
分子 | 名称: Fab36 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.794859 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYASDIQMTQ SPSSLSASVG DRVTITCRAS QSVSSAVAWY QQKPGKAPKL LIYSASSLYS GVPSRFSGS RSGTDFTLTI SSLQPEDFAT YYCQQSSSSL ITFGQGTKVE IKRTVAAPSV FIFPPSDSQL KSGTASVVCL L NNFYPREA ...文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYASDIQMTQ SPSSLSASVG DRVTITCRAS QSVSSAVAWY QQKPGKAPKL LIYSASSLYS GVPSRFSGS RSGTDFTLTI SSLQPEDFAT YYCQQSSSSL ITFGQGTKVE IKRTVAAPSV FIFPPSDSQL KSGTASVVCL L NNFYPREA KVQWKVDNAL QSGNSQESVT EQDSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRGEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 55.54 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 311335 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |