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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23372 | |||||||||
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タイトル | The structure of the insect olfactory receptor OR5 from Machilis hrabei. | |||||||||
マップデータ | Olfactory receptor OR5 from the insect species Machilis hrabei, apo state. | |||||||||
試料 |
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キーワード | olfactory receptor / ion channel / membrane protein | |||||||||
生物種 | Machilis hrabei (昆虫) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | del Marmol J / Ruta V | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: The structural basis of odorant recognition in insect olfactory receptors. 著者: Josefina Del Mármol / Mackenzie A Yedlin / Vanessa Ruta / 要旨: Olfactory systems must detect and discriminate amongst an enormous variety of odorants. To contend with this challenge, diverse species have converged on a common strategy in which odorant identity ...Olfactory systems must detect and discriminate amongst an enormous variety of odorants. To contend with this challenge, diverse species have converged on a common strategy in which odorant identity is encoded through the combinatorial activation of large families of olfactory receptors, thus allowing a finite number of receptors to detect a vast chemical world. Here we offer structural and mechanistic insight into how an individual olfactory receptor can flexibly recognize diverse odorants. We show that the olfactory receptor MhOR5 from the jumping bristletail Machilis hrabei assembles as a homotetrameric odorant-gated ion channel with broad chemical tuning. Using cryo-electron microscopy, we elucidated the structure of MhOR5 in multiple gating states, alone and in complex with two of its agonists-the odorant eugenol and the insect repellent DEET. Both ligands are recognized through distributed hydrophobic interactions within the same geometrically simple binding pocket located in the transmembrane region of each subunit, suggesting a structural logic for the promiscuous chemical sensitivity of this receptor. Mutation of individual residues lining the binding pocket predictably altered the sensitivity of MhOR5 to eugenol and DEET and broadly reconfigured the receptor's tuning. Together, our data support a model in which diverse odorants share the same structural determinants for binding, shedding light on the molecular recognition mechanisms that ultimately endow the olfactory system with its immense discriminatory capacity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23372.map.gz | 94.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23372-v30.xml emd-23372.xml | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_23372_fsc.xml | 10.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_23372.png | 101.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-23372.cif.gz | 5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23372 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23372 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23372_validation.pdf.gz | 513.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23372_full_validation.pdf.gz | 512.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23372_validation.xml.gz | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23372_validation.cif.gz | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23372 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23372 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23372.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Olfactory receptor OR5 from the insect species Machilis hrabei, apo state. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Homotetrameric olfactory receptor MhOR5
全体 | 名称: Homotetrameric olfactory receptor MhOR5 |
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要素 |
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-超分子 #1: Homotetrameric olfactory receptor MhOR5
超分子 | 名称: Homotetrameric olfactory receptor MhOR5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Machilis hrabei (昆虫) |
-分子 #1: MhOR5
分子 | 名称: MhOR5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Machilis hrabei (昆虫) |
分子量 | 理論値: 53.736695 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GPGRAKIDVD SVDHTDDYIH LRKWIKRIGI ILRISGHWPF RLPHEKRNQH KSKFRQVYSC LVITLGFITC SCYCIGLCLS ESIAQALNN ITVTSYFLQS CVCYVSFIIN SRKLETLFNY LFENEVVGCP RGYKMSSIKT TLFRCKFVAF SLGILSFFGW L MWTLLPLA ...文字列: GPGRAKIDVD SVDHTDDYIH LRKWIKRIGI ILRISGHWPF RLPHEKRNQH KSKFRQVYSC LVITLGFITC SCYCIGLCLS ESIAQALNN ITVTSYFLQS CVCYVSFIIN SRKLETLFNY LFENEVVGCP RGYKMSSIKT TLFRCKFVAF SLGILSFFGW L MWTLLPLA VLVVDSGATG GGNQTSLRFV EAWYPFDTTT SPMNEVIAIY EAVAMIFLIT APMSSDIMFC VLMIFIVEHL KC LGMAIEC TLKGISTNQH QNIGFDDSVS DVNVQRRIVI GKESPIQSIH VPIKECSRQS SDAVFREKRH GTHHQIIRSH NYT DATSLC NIVDSHVKIY RTMEIVQSVY SSYFATLFFT SCLAVCALAY FLAATSTSFT RVPGMVLYLM YIFLRIFLLC LLAT EVAEQ GLNLCHAGYS SKLVLASDHV RSTIQAIATR AQIPLSITGA RFFTVNLSFL ASMAGVMLTY FIVLLQVNAK PKP |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.51 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |