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万見
- EMDB-2328: Structure of the bacterial V-ATPase from Thermus thermophilius -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2328
タイトルStructure of the bacterial V-ATPase from Thermus thermophilius
マップデータReconstruction of the bacterial V-ATPase
試料
  • 試料: Bacterial V-type ATPase
  • タンパク質・ペプチド: V-ATPase
キーワードbacterial V-ATPase / rotary ATPase
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法電子線結晶学 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Tani K / Arthur CP / Tamakoshi M / Yokoyama K / Mitsuoka K / Fujiyoshi Y / Gerle C
引用ジャーナル: Microscopy (Oxf) / 年: 2013
タイトル: Visualization of two distinct states of disassembly in the bacterial V-ATPase from Thermus thermophilus.
著者: Kazutoshi Tani / Christopher P Arthur / Masatada Tamakoshi / Ken Yokoyama / Kaoru Mitsuoka / Yoshinori Fujiyoshi / Christoph Gerle /
要旨: V-ATPases are multisubunit, membrane-bound, energy-converting, cellular machines whose assembly and disassembly is innately connected to their activity in vivo. In vitro V-ATPases show a propensity ...V-ATPases are multisubunit, membrane-bound, energy-converting, cellular machines whose assembly and disassembly is innately connected to their activity in vivo. In vitro V-ATPases show a propensity for disassembly that greatly complicates their functional, and, in particular, structural characterization. Direct structural evidence for early stages of their disassembly has not been reported yet. We analyzed the structure of the V-ATPase from Thermus thermophilus in a single negatively stained two-dimensional (2-D) crystal both by electron tomography and by electron crystallography. Our analysis demonstrated that for 2-D crystals of fragile macromolecular complexes, which are too heterogenous or too few for the merging of image data from many crystals, single-crystal 3-D reconstructions by electron tomography and electron crystallography are expedient tools of analysis. The asymmetric unit in the 2-D crystal lattice contains two different V-ATPase complexes that appear to be in an early stage of disassembly and with either one or both peripheral stalks not being visualized, suggesting the involvement of the peripheral stalks in early stages of disassembly.
履歴
登録2013年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年3月20日-
マップ公開2013年4月17日-
更新2013年8月28日-
現状2013年8月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

2328_emd-232...

emd-2328-VA_...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2328.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.6 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the bacterial V-ATPase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
4.17 Å/pix.
x 73 pix.
= 299.952 Å		4.3 Å/pix.
x 55 pix.
= 231.984 Å		4.4 Å/pix.
x 31 pix.
= 132. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 4.296 Å / Y: 4.4 Å / Z: 4.166 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-3.48900008 - 6.74800014
平均 (標準偏差)-0.00587434 (±0.98739201)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-27-15-36
サイズ553173
Spacing305472
セルA: 231.984 Å / B: 132.0 Å / C: 299.952 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.2964.44.166
M x/y/z543072
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z231.984132.000299.952
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-27-15-36
NX/NY/NZ553173
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-15-27-36
NC/NR/NS315573
D min/max/mean-3.4896.748-0.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacterial V-type ATPase

全体名称: Bacterial V-type ATPase
要素
  • 試料: Bacterial V-type ATPase
  • タンパク質・ペプチド: V-ATPase

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超分子 #1000: Bacterial V-type ATPase

超分子名称: Bacterial V-type ATPase / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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分子 #1: V-ATPase

分子名称: V-ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 細胞中の位置: Plasma membrane

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線結晶学
試料の集合状態2D array

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試料調製

濃度1 mg/mL
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: A 2.5 ul sample was transferred to a glow-discharged carbon coated copper grid. After 1 min, the drop was blotted with a slice of filter paper, and then the grid was washed with 2.5 ul water ...詳細: A 2.5 ul sample was transferred to a glow-discharged carbon coated copper grid. After 1 min, the drop was blotted with a slice of filter paper, and then the grid was washed with 2.5 ul water to avoid the precipitation caused by mixing phosphate buffer with uranyl acetate. Subsequently, the sample was stained with 2.5 ul of 2% uranyl acetate and air-dried.
グリッド詳細: a glow-discharged carbon coated copper grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER
詳細Crystals grown by dialysis
結晶化詳細: Crystals grown by dialysis

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
日付2007年11月28日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 212
詳細: Every image was recorded by 2Kx2K CCD camera (Gatan)
ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.27 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.4 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle min: -55 / Tilt angle max: 55 / Tilt series - Axis1 - Min angle: -55 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 55 °
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Images were processed using MRC package
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: MRC
結晶パラメータ単位格子 - A: 232 Å / 単位格子 - B: 132 Å / 単位格子 - C: 300 Å / 単位格子 - γ: 90.0 ° / 単位格子 - α: 90.0 ° / 単位格子 - β: 90.0 ° / 面群: P 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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