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万見
- EMDB-23210: Clostridioides difficile RNAP with fidaxomicin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23210
タイトルClostridioides difficile RNAP with fidaxomicin
マップデータ
試料
  • 複合体: Clostridioides difficile RNA polymerase in complex with fidaxomicin
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: Fidaxomicin
  • リガンド: water
キーワードfidaxomicin / Clostridioides difficile RNA polymerase / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated transcription initiation => GO:0006352 / : / : / : / : / : / : / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding ...DNA-templated transcription initiation => GO:0006352 / : / : / : / : / : / : / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 ...RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridia bacterium (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Boyaci H / Campbell EA
資金援助1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Basis of narrow-spectrum activity of fidaxomicin on Clostridioides difficile.
著者: Xinyun Cao / Hande Boyaci / James Chen / Yu Bao / Robert Landick / Elizabeth A Campbell /
要旨: Fidaxomicin (Fdx) is widely used to treat Clostridioides difficile (Cdiff) infections, but the molecular basis of its narrow-spectrum activity in the human gut microbiome remains unknown. Cdiff ...Fidaxomicin (Fdx) is widely used to treat Clostridioides difficile (Cdiff) infections, but the molecular basis of its narrow-spectrum activity in the human gut microbiome remains unknown. Cdiff infections are a leading cause of nosocomial deaths. Fidaxomicin, which inhibits RNA polymerase, targets Cdiff with minimal effects on gut commensals, reducing recurrence of Cdiff infection. Here we present the cryo-electron microscopy structure of Cdiff RNA polymerase in complex with fidaxomicin and identify a crucial fidaxomicin-binding determinant of Cdiff RNA polymerase that is absent in most gut microbiota such as Proteobacteria and Bacteroidetes. By combining structural, biochemical, genetic and bioinformatic analyses, we establish that a single residue in Cdiff RNA polymerase is a sensitizing element for fidaxomicin narrow-spectrum activity. Our results provide a blueprint for targeted drug design against an important human pathogen.
履歴
登録2020年12月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月2日-
マップ公開2022年2月2日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7l7b
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7l7b
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23210.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23210.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 277.248 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 277.248 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 277.248 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.083 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-2.2985058 - 4.1156583
平均 (標準偏差)0.020491466 (±0.12041223)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 277.248 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0831.0831.083
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z277.248277.248277.248
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-2.2994.1160.020

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Clostridioides difficile RNA polymerase in complex with fidaxomicin

全体名称: Clostridioides difficile RNA polymerase in complex with fidaxomicin
要素
  • 複合体: Clostridioides difficile RNA polymerase in complex with fidaxomicin
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: Fidaxomicin
  • リガンド: water

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超分子 #1: Clostridioides difficile RNA polymerase in complex with fidaxomicin

超分子名称: Clostridioides difficile RNA polymerase in complex with fidaxomicin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Clostridia bacterium (バクテリア)

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Clostridia bacterium (バクテリア)
分子量理論値: 34.958883 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIEIEKPKVD IVELSEDYRY GKFVIEPLER GYGITIGNAL RRILLSSLPG VAVNAIKIDG VLHEFSTIPG VKEDVTEIIL TLKELSATI DGEGSRTLKI EAQGPCSITG ADIICPPDVE ILSKDLAIAT LDDNAKLNME IFVDKGRGYV SAEENKTENV P IGVLPVDS ...文字列:
MIEIEKPKVD IVELSEDYRY GKFVIEPLER GYGITIGNAL RRILLSSLPG VAVNAIKIDG VLHEFSTIPG VKEDVTEIIL TLKELSATI DGEGSRTLKI EAQGPCSITG ADIICPPDVE ILSKDLAIAT LDDNAKLNME IFVDKGRGYV SAEENKTENV P IGVLPVDS IYTPVEKVSY HVENTRVGQK TDYDKLVLEV WTNGSINPQE GISLAAKVLV EHLNLFIDLT EHVSSVEIMV EK EEDQKEK VLEMTIEELD LSVRSYNCLK RAGINTVEEL ANKSEDDMMK VRNLGKKSLE EVIQKLEELG LGLKPSEE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Clostridia bacterium (バクテリア)
分子量理論値: 142.367359 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEKP HPVTIGKRTR MSFSKIKEIA DVPNLIEIQV DSYEWFLKEG LKEVFDDISP IEDYTGNLI LEFVDYSLDD KPKYDIEECK ERDATYCAPL KVKVRLINKE TGEIKEQEVF MGDFPLMTER GTFVINGAER V IVSQLVRS ...文字列:
MWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEKP HPVTIGKRTR MSFSKIKEIA DVPNLIEIQV DSYEWFLKEG LKEVFDDISP IEDYTGNLI LEFVDYSLDD KPKYDIEECK ERDATYCAPL KVKVRLINKE TGEIKEQEVF MGDFPLMTER GTFVINGAER V IVSQLVRS PGVYYAEERD KTGKRLISST VIPNRGAWLE YETDSNDVIS VRVDRTRKQP VTVLLRALGI GTDAEIIDLL GE DERLSAT LEKDNTKTVE EGLVEIYKKL RPGEPPTVES ASSLLNALFF DPKRYDLAKV GRYKFNKKLA LCYRIMNKIS AED IINPET GEVFVKAGEK ISYDLAKAIQ NAGINVVNLL MDDDKKVRVI GNNFVDIKSH IDFDIDDLNI KEKVHYPTLK EILD GYSDE EEIKEAIKSR IKELIPKHIL LDDIIASISY EFNIFYNIGN IDDIDHLGNR RIRSVGELLQ NQVRIGLSRM ERVIK ERMT VQDMEAITPQ ALVNIRPVSA AIKEFFGSSQ LSQFMDQTNP LSELTHKRRL SALGPGGLSR ERAGFEVRDV HHSHYG RMC PIETPEGPNI GLINSLGTYA KINEFGFIES PYRKFDKETS TVTDEIHYLT ADEEDLFVRA QANEPLTEDG KFVNHRV VC RTVNGAVEMV PESRVDYMDI SPKQVVSVAT AMIPFLENDD ANRALMGANM QRQAVPLVRR EAPIIGTGIE YRAAKDSG A VVVARNSGIA ERVTADEIII KREDGNRDRY NLLKFKRSNS GTCINQTPII NKGDQIIKGD VIADGPATDL GEVALGRNC LIAFMTWEGY NYEDAILINE RLVKEDRLST IHIEEYECEA RDTKLGPEEI TRDIPNVGDS AIKNLDDRGI IRIGAEVDSG DILVGKVTP KGETELTAEE RLLRAIFGEK AREVRDTSLK VPHGESGIIV DVKVFTRENG DDLSPGVNEL VRCYIAKKRK I KVGDKMAG RHGNKGVISR VLPEEDMPFM ENGTPLDIIL NPQGIPSRMN IGQVLEVHLG LAAKTLGWYV ATSVFDGANE YD IMDALEE AGYPRDGKLT LYDGRTGESF DNRITVGYMY YLKLHHLVDE KLHARSTGPY SLVTQQPLGG KAQFGGQRFG EME VWALEA YGAAHILQEI LTVKSDDVVG RVRTYEAIVK GENIPEPGIP ESFKVLIKEL QSLCLDVKVL TDEDQEIEVR ESVD EDDTI GEFELDVVNH MGEVEESNII EEIEDDFAEN AEDEDIENLE EFTEDDLFEE EIDFDSDDFD M

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Clostridia bacterium (バクテリア)
分子量理論値: 129.916414 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MFELNNFESI KIALASPEKI RQWSRGEVKK PETINYRTLK PEKDGLFCER IFGPQKDWEC HCGKYRRVRY KGVVCDRCGV EVTKSKVRR ERMGHIELAA PMSHIWYFKG IPSRMGLLLD MSPRSLEKIL YFASYVVVDP GETGLNEKQL LTEKEYRTAL E KYGYTFTV ...文字列:
MFELNNFESI KIALASPEKI RQWSRGEVKK PETINYRTLK PEKDGLFCER IFGPQKDWEC HCGKYRRVRY KGVVCDRCGV EVTKSKVRR ERMGHIELAA PMSHIWYFKG IPSRMGLLLD MSPRSLEKIL YFASYVVVDP GETGLNEKQL LTEKEYRTAL E KYGYTFTV GMGAEAVKTL LQNIDLEQQS KDLRAELKDS TGQKKVRTIR RLEVVEAFKK SGNKPEWMIL DAIPVIPPDL RP MVQLDGG RFATSDLNDL YRRVINRNNR LKRLLELGAP DIIVRNEKRM LQEAVDALID NGRRGRPVTG PGNRPLKSLS DML KGKQGR FRQNLLGKRV DYSGRSVIVV GPELKFYQCG LPKKMALELF KPFVMDKLVK EGYAHNIKSA KSIVEKVKPE VWDV LEDVI KSHPVLLNRA PTLHRLGIQA FEPILVEGKA IKLHPLVCTA YNADFDGDQM AVHVPLSVEA QAEARFLMLS VNNIL APKD GSPITTPSQD MVLGCYYLTI EAQDGAKGTG MVFKDFNELL LAYYNKSVHL HALVKLKVTL EDGRSSLVES TVGRFI FNE NIPQDLGFVD RKENPFALEV DFLADKKSLG KIIDKCFRKH GNTETAELLD YIKALGFKYS TLGGITVAVD DMSVPEE KK VFIAEAEAKV DKYEKAYRRG LISDEERYEK VIETWTETTD KVTDALMGGL DRLNNIYIMA HSGARGSKNQ IRQLAGMR G LMANASGKTV EIPVKSNFRE GLSVLEYFTS SHGARKGLAD TAIRTAESGY LTRRLVDVSQ DVIVREIDCG TEDTTEIYA IKEGNEVIEE IYDRIVGRYT IDPILNPETG EVIVEADSMI QEDEAETIVA LGIEKIRIRT VLNCKTNHGV CSKCYGRNLA TGKEVNIGE AVGIIAAQSI GEPGTQLTMR TFHTGGVAGA DITQGLPRVE ELFEARKPKG LAVITEVSGR VEIDETGKRK E VNVIPEEG ETQTYVIPYG SRLKVKQGQM LEAGDPLTQG FINPHDIVRV NGVKGVQEYI VKEVQRVYRL QGVDVNDKHI EV IVRQMLS KVKVEDPGDT DLLPGGYEDV LTFNECNKDA IDKGLRPAVA KRVLLGITKA SLATDSFLSA ASFQETTRVL TEA AIKGKE DHLIGLKENV ILGKLIPAGT GMKKYRNIAV EKIED

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

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分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Clostridia bacterium (バクテリア)
分子量理論値: 10.214526 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLKPSINEVL EKIDNRYYLV GTVSKRARKL IDGEEPYVSN KTKEKPVCVA TKEVASGKIT YRLLTEEEIE IEEARHHAEQ HQQISEEE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #5: RNA polymerase sigma factor SigA

分子名称: RNA polymerase sigma factor SigA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridia bacterium (バクテリア)
分子量理論値: 44.476625 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: LSVENKSNKK ELKKVTAKTL IEKGKKQGSL TLAEIMEAFS ETELDKDQVE NLYETLGNLG IEITETKNYK ADIDFSVADD DLSIGHLDE DAEAISHDDS SAIEIETVDL SLPKGISIDD PVRMYLKEIG KIPLLKPHEE VEFARRMHEG DEIAKQRLVE A NLRLVVSI ...文字列:
LSVENKSNKK ELKKVTAKTL IEKGKKQGSL TLAEIMEAFS ETELDKDQVE NLYETLGNLG IEITETKNYK ADIDFSVADD DLSIGHLDE DAEAISHDDS SAIEIETVDL SLPKGISIDD PVRMYLKEIG KIPLLKPHEE VEFARRMHEG DEIAKQRLVE A NLRLVVSI AKRYVGRGML FLDLIQEGNL GLIKAVEKFD YTKGYKFSTY ATWWIRQAIT RAIADQARTI RIPVHMVETI NK LIRVSRQ LLQELGRDPK PEEIAKEMEM TEDKVREIMK IAQDPVSLET PIGEEEDSHL GDFIPDDDAP APAEAAAYSL LKE QIEDVL GSLNDREQKV LKLRFGLEDG RARTLEEVGK EFDVTRERIR QIEAKALRKL RHPSRSKKLR DYLD

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor SigA

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #8: Fidaxomicin

分子名称: Fidaxomicin / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: FI8
分子量理論値: 1.058039 KDa
Chemical component information

ChemComp-FI8:
Fidaxomicin / 抗生剤*YM

+
分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 31 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 182390
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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