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- EMDB-2320: CryoEM Structure of keyhole limpet hemocyanin isoform 2 (KLH2) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2320
タイトルCryoEM Structure of keyhole limpet hemocyanin isoform 2 (KLH2)
マップデータReconstruction of keyhole limpet hemocyanin isoform 2
試料
  • 試料: Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 2 (KLH2)
  • タンパク質・ペプチド: keyhole limpet hemocyanin2
キーワードhemocyanin / respiratory protein / quaternary structure / Mollusca / keyhole limpet hemocyanin
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haemocyanin beta-sandwich domain / Haemocyanin C-terminal domain superfamily / Haemocyanin beta-sandwich / Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / Di-copper centre-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Keyhole limpet hemocyanin2
類似検索 - 構成要素
生物種Megathura crenulata (無脊椎動物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.4 Å
データ登録者Gatsogiannis C / Schnittger E / Markl SJ / Depoix F / Markl J
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM Structure of keyhole limpet hemocyanin isoform 2 (KLH2)
著者: Gatsogiannis C / Schnittger E / Markl SJ / Depoix F / Markl J
履歴
登録2013年2月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年4月3日-
マップ公開2014年3月12日-
更新2014年3月12日-
現状2014年3月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2320.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2320.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 141.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of keyhole limpet hemocyanin isoform 2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.5 Å/pix.
x 336 pix.
= 504. Å		1.5 Å/pix.
x 336 pix.
= 504. Å		1.5 Å/pix.
x 336 pix.
= 504. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.24 / ムービー #1: 0.24
最小 - 最大-1.11162174 - 1.21687198
平均 (標準偏差)0.01244435 (±0.18030365)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-170-170-170
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 504.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.51.51.5
M x/y/z336336336
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z504.000504.000504.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-12-40
NX/NY/NZ732581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-170-170-170
NC/NR/NS336336336
D min/max/mean-1.1121.2170.012

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 2 (KLH2)

全体名称: Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 2 (KLH2)
要素
  • 試料: Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 2 (KLH2)
  • タンパク質・ペプチド: keyhole limpet hemocyanin2

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超分子 #1000: Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 2 (KLH2)

超分子名称: Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 2 (KLH2) / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: KLH2 is a dodecamer of a 400 kDa subunit. Each subunit is composed by 8 paralogous O2 binding functional units
Number unique components: 1
分子量実験値: 8 MDa / 理論値: 8 MDa / 手法: Predicted from the primary structure of the subunit

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分子 #1: keyhole limpet hemocyanin2

分子名称: keyhole limpet hemocyanin2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: KLH2 / コピー数: 20 / 集合状態: dodecamer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Megathura crenulata (無脊椎動物) / 別称: Giant keyhole limpet / 組織: hemolymph
分子量実験値: 8 MDa / 理論値: 8 MDa
配列UniProtKB: Keyhole limpet hemocyanin2
InterPro: Tyrosinase copper-binding domain, Di-copper centre-containing domain superfamily

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 0,05 M Tris, 0,15 M NaCl, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
日付2008年8月20日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / 実像数: 210
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0034 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0013 µm / 倍率（公称値）: 49000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each Particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC-5 / 使用した粒子像数: 11379

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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