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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23098 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the VRC316 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 316-310-1B11 in complex with an H2 CAN05 HA trimer | |||||||||
マップデータ | Sharpened map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A/Canada/720/2005(H2N2)) (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Gorman J / Kwong PD | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Med / 年: 2022 タイトル: A single residue in influenza virus H2 hemagglutinin enhances the breadth of the B cell response elicited by H2 vaccination. 著者: Sarah F Andrews / Julie E Raab / Jason Gorman / Rebecca A Gillespie / Crystal S F Cheung / Reda Rawi / Lauren Y Cominsky / Jeffrey C Boyington / Adrian Creanga / Chen-Hsiang Shen / Darcy R ...著者: Sarah F Andrews / Julie E Raab / Jason Gorman / Rebecca A Gillespie / Crystal S F Cheung / Reda Rawi / Lauren Y Cominsky / Jeffrey C Boyington / Adrian Creanga / Chen-Hsiang Shen / Darcy R Harris / Adam S Olia / Alexandra F Nazzari / Tongqing Zhou / Katherine V Houser / Grace L Chen / John R Mascola / Barney S Graham / Masaru Kanekiyo / Julie E Ledgerwood / Peter D Kwong / Adrian B McDermott / 要旨: Conserved epitopes on the influenza hemagglutinin (HA) stem are an attractive target for universal vaccine strategies as they elicit broadly neutralizing antibodies. Such antibody responses to stem- ...Conserved epitopes on the influenza hemagglutinin (HA) stem are an attractive target for universal vaccine strategies as they elicit broadly neutralizing antibodies. Such antibody responses to stem-specific epitopes have been extensively characterized for HA subtypes H1 and H5 in humans. H2N2 influenza virus circulated 50 years ago and represents a pandemic threat due to the lack of widespread immunity, but, unlike H1 and H5, the H2 HA stem contains Phe45 predicted to sterically clash with HA stem-binding antibodies characterized to date. To understand the effect of Phe45, we compared the HA stem-specific B cell response in post hoc analyses of two phase 1 clinical trials, one testing vaccination with an H2 ferritin nanoparticle immunogen ( NCT03186781 ) and one with an inactivated H5N1 vaccine ( NCT01086657 ). In H2-naive individuals, the magnitude of the B cell response was equivalent, but H2-elicited HA stem-binding B cells displayed greater cross-reactivity than those elicited by H5. However, in individuals with childhood H2 exposure, H5-elicited HA stem-binding B cells also displayed high cross-reactivity, suggesting recall of memory B cells formed 50 years ago. Overall, we propose that a one-residue difference on an HA immunogen can alter establishment and expansion of broadly neutralizing memory B cells. These data have implications for stem-based universal influenza vaccination strategies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23098.map.gz | 116.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23098-v30.xml emd-23098.xml | 25.9 KB 25.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23098.png | 119.3 KB | ||
マスクデータ | emd_23098_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_23098_additional_1.map.gz emd_23098_additional_2.map.gz emd_23098_half_map_1.map.gz emd_23098_half_map_2.map.gz | 31.3 MB 16.8 MB 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23098 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23098 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23098_validation.pdf.gz | 790.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23098_full_validation.pdf.gz | 789.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23098_validation.xml.gz | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23098_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23098 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23098 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23098.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.083 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_23098_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_23098_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: density modified map with resolve
ファイル | emd_23098_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | density modified map with resolve | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_23098_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_23098_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 316-310-1B11 Fab in complex with an H2 CAN05 HA trimer
全体 | 名称: 316-310-1B11 Fab in complex with an H2 CAN05 HA trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: 316-310-1B11 Fab in complex with an H2 CAN05 HA trimer
超分子 | 名称: 316-310-1B11 Fab in complex with an H2 CAN05 HA trimer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: 316-310-1B11 Light Chain
分子 | 名称: 316-310-1B11 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.460025 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGDRAT LSCRASQSVP SSYLAWYRHK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFSLTISRVE PEDFAVYYC QQYGSSPYTF GRGTKLDIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGDRAT LSCRASQSVP SSYLAWYRHK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFSLTISRVE PEDFAVYYC QQYGSSPYTF GRGTKLDIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #2: Hemagglutinin HA1 chain
分子 | 名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Canada/720/2005(H2N2)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Canada/720/2005(H2N2) |
分子量 | 理論値: 38.802152 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAIIYLILLF TAVRGDQICI GYHANNSTEK VDTICERNVT VTHAKDILEK THNGKLCKLN GIPPLELGDC SIAGWLLGNP ECDRLLSVP EWSYIMEKEN PRDGLCYPGS FNDYEELKHL LSSVKHFEKV KILPKDRWTQ HTTTGGSRAC AVSGNPSFFR N MVWLTKKG ...文字列: MAIIYLILLF TAVRGDQICI GYHANNSTEK VDTICERNVT VTHAKDILEK THNGKLCKLN GIPPLELGDC SIAGWLLGNP ECDRLLSVP EWSYIMEKEN PRDGLCYPGS FNDYEELKHL LSSVKHFEKV KILPKDRWTQ HTTTGGSRAC AVSGNPSFFR N MVWLTKKG SNYPVAQGSY NNTSGEQMLI IWGVHHPNDE TEQRTLYQNV GTYVSVGTST LNKRSTPEIA TRPKVNGQGG RM EFSWTLL DMWDTINFES TGNLIAPEYG FKISKRGSSG IMKTEGTLEN CETKCQTPLG AINTTLPFHN VHPLTIGECP KYV KSEKLV LATGLRNVPQ IESRRRRRR |
-分子 #3: Hemagglutinin HA2 chain
分子 | 名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Canada/720/2005(H2N2)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Canada/720/2005(H2N2) |
分子量 | 理論値: 25.489357 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GLFGAIAGFI EGGWQGMVDG WYGYHHSNDQ GSGYAADKES TQKAFDCITN KVNSVIEKMN TQFEAVGKEF SNLERRLENL NKKMEDGFL DVWTYNAELL VLMENERTLD FHDSNVKNLY DKVRMQLRDN VKELGNGCFE FYHKCDDECM NSVKNGTYDY P KYEEESKL ...文字列: GLFGAIAGFI EGGWQGMVDG WYGYHHSNDQ GSGYAADKES TQKAFDCITN KVNSVIEKMN TQFEAVGKEF SNLERRLENL NKKMEDGFL DVWTYNAELL VLMENERTLD FHDSNVKNLY DKVRMQLRDN VKELGNGCFE FYHKCDDECM NSVKNGTYDY P KYEEESKL NRNEIKGVKG RLVPRGSPGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGHH HHHH |
-分子 #4: 316-310-1B11 Heavy Chain
分子 | 名称: 316-310-1B11 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.065092 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKTSGGIFR SNAISWVRQA PGQGLEWMGG VVAIFGTTNY AQNFQGRVTI TADESSSTVY MELSRLRSE DTAVYYCARH SGYHITNTFF DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKTSGGIFR SNAISWVRQA PGQGLEWMGG VVAIFGTTNY AQNFQGRVTI TADESSSTVY MELSRLRSE DTAVYYCARH SGYHITNTFF DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDKG LEVLFQGP |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 15 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Cryo-EM structure of the VRC316 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 316-310-1B11 in complex with an H2 CAN05 HA trimer |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2439 / 平均電子線量: 51.16 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |