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万見
- EMDB-23076: Mycobacterium smegmatis 70S-MPY complex at high resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23076
タイトルMycobacterium smegmatis 70S-MPY complex at high resolution
マップデータMycobacterium smegmatis 70S-MPY complex at high resolution
試料
  • 複合体: Human mitochondrial ribosome-EF-G1 complex
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Sharma MR / Koripella RK / Agrawal RK
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R01 GM61576 米国
引用ジャーナル: Microbiology (Reading) / 年: 2021
タイトル: Ribosome hibernation: a new molecular framework for targeting nonreplicating persisters of mycobacteria.
著者: Yunlong Li / Manjuli R Sharma / Ravi K Koripella / Nilesh K Banavali / Rajendra K Agrawal / Anil K Ojha /
要旨: Treatment of tuberculosis requires a multi-drug regimen administered for at least 6 months. The long-term chemotherapy is attributed in part to a minor subpopulation of nonreplicating cells that ...Treatment of tuberculosis requires a multi-drug regimen administered for at least 6 months. The long-term chemotherapy is attributed in part to a minor subpopulation of nonreplicating cells that exhibit phenotypic tolerance to antibiotics. The origins of these cells in infected hosts remain unclear. Here we discuss some recent evidence supporting the hypothesis that hibernation of ribosomes in induced by zinc starvation, could be one of the primary mechanisms driving the development of nonreplicating persisters in hosts. We further analyse inconsistencies in previously reported studies to clarify the molecular principles underlying mycobacterial ribosome hibernation.
履歴
登録2020年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2023年3月15日-
現状2023年3月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23076.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23076.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 357 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mycobacterium smegmatis 70S-MPY complex at high resolution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 454 pix.
= 485.78 Å		1.07 Å/pix.
x 454 pix.
= 485.78 Å		1.07 Å/pix.
x 454 pix.
= 485.78 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45 / ムービー #1: 0.45
最小 - 最大-1.6641397 - 3.4974866
平均 (標準偏差)0.0027263619 (±0.13195492)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ454454454
Spacing454454454
セルA=B=C: 485.78003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z454454454
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z485.780485.780485.780
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ500500500
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS454454454
D min/max/mean-1.6643.4970.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human mitochondrial ribosome-EF-G1 complex

全体名称: Human mitochondrial ribosome-EF-G1 complex
要素
  • 複合体: Human mitochondrial ribosome-EF-G1 complex

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超分子 #1: Human mitochondrial ribosome-EF-G1 complex

超分子名称: Human mitochondrial ribosome-EF-G1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#88
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 69.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 66840
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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