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万見
- EMDB-22931: The capsid of Myoviridae Phage XM1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22931
タイトルThe capsid of Myoviridae Phage XM1
マップデータ
試料
  • ウイルス: Vibrio phage XM1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Minor capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
キーワードMyoviridae / Vibrio phage / Capsid / HK97 fold / VIRUS
生物種Vibrio phage XM1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wang Z / Klose T
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Structure of Vibrio phage XM1, a simple contractile DNA injection machine
著者: Wang Z / Fokine A / Guo X / Jiang W / Rossmann MG / Kuhn RJ / Luo ZH / Klose T
履歴
登録2020年11月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月10日-
マップ公開2021年11月10日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5.37
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5.37
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kmx
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7kmx
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22931.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22931.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 960 pix.
= 777.6 Å		0.81 Å/pix.
x 960 pix.
= 777.6 Å		0.81 Å/pix.
x 960 pix.
= 777.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.81 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.37 / ムービー #1: 5.37
最小 - 最大-13.564842000000001 - 19.538278999999999
平均 (標準偏差)0.009352921 (±1.2176452)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-480-480-480
サイズ960960960
Spacing960960960
セルA=B=C: 777.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.810.810.81
M x/y/z960960960
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z777.600777.600777.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ640640640
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-480-480-480
NC/NR/NS960960960
D min/max/mean-13.56519.5380.009

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Vibrio phage XM1

全体名称: Vibrio phage XM1 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Vibrio phage XM1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Minor capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein

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超分子 #1: Vibrio phage XM1

超分子名称: Vibrio phage XM1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2748688 / 生物種: Vibrio phage XM1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Vibrio rotiferianus (バクテリア)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 640.0 Å / T番号(三角分割数): 7

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分子 #1: Minor capsid protein

分子名称: Minor capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio phage XM1 (ファージ)
分子量理論値: 16.823863 KDa
配列文字列:
MAFNNAVLQE VSDLPAGEVI KASPHNVSAF EVFQNGLIEG RFVKFDAGSI DILDASATPT IAGIAKRKVT GEIGPGVYST SGIEIDQVA EVINFGFATV TVQDAAAPSK YDPVYAINLD SAEAGKATEN SGATGALAVA DCVFWEQKAA NVWLVRMNKF L

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分子 #2: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio phage XM1 (ファージ)
分子量理論値: 35.512773 KDa
配列文字列: MKKDLKFIKS VYDLKSFSDK AAFAKKTFKD EGGIILARNL EHVSSEIFTQ EFAGLTFLQG GIVVNNEGGY ATSVTKLKLK AEGGFRESG NDTNTTGKIT LSGESDSIPV FTLEGESDWS EIELKQAELQ NVNLPSRYFE AHAELYNRKI DELGYLGQTR T DGTQKTLG ...文字列:
MKKDLKFIKS VYDLKSFSDK AAFAKKTFKD EGGIILARNL EHVSSEIFTQ EFAGLTFLQG GIVVNNEGGY ATSVTKLKLK AEGGFRESG NDTNTTGKIT LSGESDSIPV FTLEGESDWS EIELKQAELQ NVNLPSRYFE AHAELYNRKI DELGYLGQTR T DGTQKTLG LLNYGFVASG AGDTAANLSG DNLYQAIADL ITDQWAGVFN VETYKADRVV MPDTVYNICA KKILNSNGSE MS VLRALMT NFPTVTFGLT TKARDVGGTS RTTAYSSNRR AMQMRIPTPL NVSSVDQRGF KYYVESYFGV AGLDVIEDTA GRH LTGL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris, pH 7.5, 100 mM NaCl, 8 mM MgSO4
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: jspr / 使用した粒子像数: 19625
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: jspr
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7kmx:
The capsid of Myoviridae Phage XM1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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