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- EMDB-22886: Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter co... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22886
タイトルMycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 transcription factor
マップデータ
試料
  • 複合体: Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 transcription factor
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 3種
キーワードRNA polymerase / Transcription factor / Mycobacterium tuberculosis / Iron cluster / TRANSCRIPTION / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dinitrosyl-iron complex binding / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / response to fatty acid / sigma factor activity / rRNA transcription / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / DNA-directed RNA polymerase complex / cell redox homeostasis / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding ...dinitrosyl-iron complex binding / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / response to fatty acid / sigma factor activity / rRNA transcription / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / DNA-directed RNA polymerase complex / cell redox homeostasis / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AT hook motif / Transcription factor WhiB / WhiB-like iron-sulfur binding domain / Transcription factor WhiB / 4Fe-4S WhiB-like (Wbl)-type iron-sulfur binding domain profile. / CarD-like, C-terminal domain / : / : / CarD, C-terminal domain / RNA polymerase-binding protein RbpA ...AT hook motif / Transcription factor WhiB / WhiB-like iron-sulfur binding domain / Transcription factor WhiB / 4Fe-4S WhiB-like (Wbl)-type iron-sulfur binding domain profile. / CarD-like, C-terminal domain / : / : / CarD, C-terminal domain / RNA polymerase-binding protein RbpA / RbpA superfamily / RNA polymerase-binding protein / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / AT hook, DNA-binding motif / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase-binding protein RbpA / RNA polymerase-binding transcription factor CarD / Probable transcriptional regulator WhiB7
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Lilic M / Darst SA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Structural basis of transcriptional activation by the Mycobacterium tuberculosis intrinsic antibiotic-resistance transcription factor WhiB7.
著者: Mirjana Lilic / Seth A Darst / Elizabeth A Campbell /
要旨: In pathogenic mycobacteria, transcriptional responses to antibiotics result in induced antibiotic resistance. WhiB7 belongs to the Actinobacteria-specific family of Fe-S-containing transcription ...In pathogenic mycobacteria, transcriptional responses to antibiotics result in induced antibiotic resistance. WhiB7 belongs to the Actinobacteria-specific family of Fe-S-containing transcription factors and plays a crucial role in inducible antibiotic resistance in mycobacteria. Here, we present cryoelectron microscopy structures of Mycobacterium tuberculosis transcriptional regulatory complexes comprising RNA polymerase σ-holoenzyme, global regulators CarD and RbpA, and WhiB7, bound to a WhiB7-regulated promoter. The structures reveal how WhiB7 interacts with σ-holoenzyme while simultaneously interacting with an AT-rich sequence element via its AT-hook. Evidently, AT-hooks, rare elements in bacteria yet prevalent in eukaryotes, bind to target AT-rich DNA sequences similarly to the nuclear chromosome binding proteins. Unexpectedly, a subset of particles contained a WhiB7-stabilized closed promoter complex, revealing this intermediate's structure, and we apply kinetic modeling and biochemical assays to rationalize how WhiB7 activates transcription. Altogether, our work presents a comprehensive view of how WhiB7 serves to activate gene expression leading to antibiotic resistance.
履歴
登録2020年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月21日-
マップ公開2021年4月21日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22886.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22886.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.6 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-19.150749999999999 - 44.35031
平均 (標準偏差)0.0012538907 (±1.0080861)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z330.000330.000330.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-19.15144.3500.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter co...

全体名称: Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 transcription factor
要素
  • 複合体: Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 transcription factor
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigA
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase-binding protein RbpA
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase-binding transcription factor CarD
    • DNA: DNA (63-MER)
    • DNA: DNA (55-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Probable transcriptional regulator WhiB7
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter co...

超分子名称: Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 transcription factor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 37.745328 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLISQRPTLS EDVLTDNRSQ FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTEIILNL KSLVVSSEE DEPVTMYLRK QGPGEVTAGD IVPPAGVTVH NPGMHIATLN DKGKLEVELV VERGRGYVPA VQNRASGAEI G RIPVDSIY ...文字列:
MLISQRPTLS EDVLTDNRSQ FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTEIILNL KSLVVSSEE DEPVTMYLRK QGPGEVTAGD IVPPAGVTVH NPGMHIATLN DKGKLEVELV VERGRGYVPA VQNRASGAEI G RIPVDSIY SPVLKVTYKV DATRVEQRTD FDKLILDVET KNSISPRDAL ASAGKTLVEL FGLARELNVE AEGIEIGPSP AE ADHIASF ALPIDDLDLT VRSYNCLKRE GVHTVGELVA RTESDLLDIR NFGQKSIDEV KIKLHQLGLS LKDSPPSFDP SEV AGYDVA TGTWSTEGAY DEQDYAETEQ L

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 129.372031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: LADSRQSKTA ASPSPSRPQS SSNNSVPGAP NRVSFAKLRE PLEVPGLLDV QTDSFEWLIG SPRWRESAAE RGDVNPVGGL EEVLYELSP IEDFSGSMSL SFSDPRFDDV KAPVDECKDK DMTYAAPLFV TAEFINNNTG EIKSQTVFMG DFPMMTEKGT F IINGTERV ...文字列:
LADSRQSKTA ASPSPSRPQS SSNNSVPGAP NRVSFAKLRE PLEVPGLLDV QTDSFEWLIG SPRWRESAAE RGDVNPVGGL EEVLYELSP IEDFSGSMSL SFSDPRFDDV KAPVDECKDK DMTYAAPLFV TAEFINNNTG EIKSQTVFMG DFPMMTEKGT F IINGTERV VVSQLVRSPG VYFDETIDKS TDKTLHSVKV IPSRGAWLEF DVDKRDTVGV RIDRKRRQPV TVLLKALGWT SE QIVERFG FSEIMRSTLE KDNTVGTDEA LLDIYRKLRP GEPPTKESAQ TLLENLFFKE KRYDLARVGR YKVNKKLGLH VGE PITSST LTEEDVVATI EYLVRLHEGQ TTMTVPGGVE VPVETDDIDH FGNRRLRTVG ELIQNQIRVG MSRMERVVRE RMTT QDVEA ITPQTLINIR PVVAAIKEFF GTSQLSQFMD QNNPLSGLTH KRRLSALGPG GLSRERAGLE VRDVHPSHYG RMCPI ETPE GPNIGLIGSL SVYARVNPFG FIETPYRKVV DGVVSDEIVY LTADEEDRHV VAQANSPIDA DGRFVEPRVL VRRKAG EVE YVPSSEVDYM DVSPRQMVSV ATAMIPFLEH DDANRALMGA NMQRQAVPLV RSEAPLVGTG MELRAAIDAG DVVVAEE SG VIEEVSADYI TVMHDNGTRR TYRMRKFARS NHGTCANQCP IVDAGDRVEA GQVIADGPCT DDGEMALGKN LLVAIMPW E GHNYEDAIIL SNRLVEEDVL TSIHIEEHEI DARDTKLGAE EITRDIPNIS DEVLADLDER GIVRIGAEVR DGDILVGKV TPKGETELTP EERLLRAIFG EKAREVRDTS LKVPHGESGK VIGIRVFSRE DEDELPAGVN ELVRVYVAQK RKISDGDKLA GRHGNKGVI GKILPVEDMP FLADGTPVDI ILNTHGVPRR MNIGQILETH LGWCAHSGWK VDAAKGVPDW AARLPDELLE A QPNAIVST PVFDGAQEAE LQGLLSCTLP NRDGDVLVDA DGKAMLFDGR SGEPFPYPVT VGYMYIMKLH HLVDDKIHAR ST GPYSMIT QQPLGGKAQF GGQRFGEMEC WAMQAYGAAY TLQELLTIKS DDTVGRVKVY EAIVKGENIP EPGIPESFKV LLK ELQSLC LNVEVLSSDG AAIELREGED EDLERAAANL GINLSRNESA SVEDLA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 147.097094 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GAMLDVNFFD ELRIGLATAE DIRQWSYGEV KKPETINYRT LKPEKDGLFC EKIFGPTRDW ECYCGKYKRV RFKGIICERC GVEVTRAKV RRERMGHIEL AAPVTHIWYF KGVPSRLGYL LDLAPKDLEK IIYFAAYVIT SVDEEMRHNE LSTLEAEMAV E RKAVEDQR ...文字列:
GAMLDVNFFD ELRIGLATAE DIRQWSYGEV KKPETINYRT LKPEKDGLFC EKIFGPTRDW ECYCGKYKRV RFKGIICERC GVEVTRAKV RRERMGHIEL AAPVTHIWYF KGVPSRLGYL LDLAPKDLEK IIYFAAYVIT SVDEEMRHNE LSTLEAEMAV E RKAVEDQR DGELEARAQK LEADLAELEA EGAKADARRK VRDGGEREMR QIRDRAQREL DRLEDIWSTF TKLAPKQLIV DE NLYRELV DRYGEYFTGA MGAESIQKLI ENFDIDAEAE SLRDVIRNGK GQKKLRALKR LKVVAAFQQS GNSPMGMVLD AVP VIPPEL RPMVQLDGGR FATSDLNDLY RRVINRNNRL KRLIDLGAPE IIVNNEKRML QESVDALFDN GRRGRPVTGP GNRP LKSLS DLLKGKQGRF RQNLLGKRVD YSGRSVIVVG PQLKLHQCGL PKLMALELFK PFVMKRLVDL NHAQNIKSAK RMVER QRPQ VWDVLEEVIA EHPVLLNRAP TLHRLGIQAF EPMLVEGKAI QLHPLVCEAF NADFDGDQMA VHLPLSAEAQ AEARIL MLS SNNILSPASG RPLAMPRLDM VTGLYYLTTE VPGDTGEYQP ASGDHPETGV YSSPAEAIMA ADRGVLSVRA KIKVRLT QL RPPVEIEAEL FGHSGWQPGD AWMAETTLGR VMFNELLPLG YPFVNKQMHK KVQAAIINDL AERYPMIVVA QTVDKLKD A GFYWATRSGV TVSMADVLVP PRKKEILDHY EERADKVEKQ FQRGALNHDE RNEALVEIWK EATDEVGQAL REHYPDDNP IITIVDSGAT GNFTQTRTLA GMKGLVTNPK GEFIPRPVKS SFREGLTVLE YFINTHGARK GLADTALRTA DSGYLTRRLV DVSQDVIVR EHDCQTERGI VVELAERAPD GTLIRDPYIE TSAYARTLGT DAVDEAGNVI VERGQDLGDP EIDALLAAGI T QVKVRSVL TCATSTGVCA TCYGRSMATG KLVDIGEAVG IVAAQSIGEP GTQLTMRTFH QGGVGEDITG GLPRVQELFE AR VPRGKAP IADVTGRVRL EDGERFYKIT IVPDDGGEEV VYDKISKRQR LRVFKHEDGS ERVLSDGDHV EVGQQLMEGS ADP HEVLRV QGPREVQIHL VREVQEVYRA QGVSIHDKHI EVIVRQMLRR VTIIDSGSTE FLPGSLIDRA EFEAENRRVV AEGG EPAAG RPVLMGITKA SLATDSWLSA ASFQETTRVL TDAAINCRSD KLNGLKENVI IGKLIPAGTG INRYRNIAVQ PTEEA RAAA YTIPSYEDQY YSPDFGAATG AAVPLDDYGY SDYR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 11.819075 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
VSISQSDASL AAVPAVDQFD PSSGASGGYD TPLGITNPPI DELLDRVSSK YALVIYAAKR ARQINDYYNQ LGEGILEYVG PLVEPGLQE KPLSIALREI HADLLEHTEG E

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #5: RNA polymerase sigma factor SigA

分子名称: RNA polymerase sigma factor SigA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 57.845098 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: VAATKASTAT DEPVKRTATK SPAASASGAK TGAKRTAAKS ASGSPPAKRA TKPAARSVKP ASAPQDTTTS TIPKRKTRAA AKSAAAKAP SARGHATKPR APKDAQHEAA TDPEDALDSV EELDAEPDLD VEPGEDLDLD AADLNLDDLE DDVAPDADDD L DSGDDEDH ...文字列:
VAATKASTAT DEPVKRTATK SPAASASGAK TGAKRTAAKS ASGSPPAKRA TKPAARSVKP ASAPQDTTTS TIPKRKTRAA AKSAAAKAP SARGHATKPR APKDAQHEAA TDPEDALDSV EELDAEPDLD VEPGEDLDLD AADLNLDDLE DDVAPDADDD L DSGDDEDH EDLEAEAAVA PGQTADDDEE IAEPTEKDKA SGDFVWDEDE SEALRQARKD AELTASADSV RAYLKQIGKV AL LNAEEEV ELAKRIEAGL YATQLMTELS ERGEKLPAAQ RRDMMWICRD GDRAKNHLLE ANLRLVVSLA KRYTGRGMAF LDL IQEGNL GLIRAVEKFD YTKGYKFSTY ATWWIRQAIT RAMADQARTI RIPVHMVEVI NKLGRIQREL LQDLGREPTP EELA KEMDI TPEKVLEIQQ YAREPISLDQ TIGDEGDSQL GDFIEDSEAV VAVDAVSFTL LQDQLQSVLD TLSEREAGVV RLRFG LTDG QPRTLDEIGQ VYGVTRERIR QIESKTMSKL RHPSRSQVLR DYLD

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor SigA

+
分子 #6: RNA polymerase-binding protein RbpA

分子名称: RNA polymerase-binding protein RbpA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 12.993695 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MADRVLRGSR LGAVSYETDR NHDLAPRQIA RYRTDNGEEF EVPFADDAEI PGTWLCRNGM EGTLIEGDLP EPKKVKPPRT HWDMLLERR SIEELEELLK ERLELIRSRR RG

UniProtKB: RNA polymerase-binding protein RbpA

+
分子 #7: RNA polymerase-binding transcription factor CarD

分子名称: RNA polymerase-binding transcription factor CarD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 17.933361 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MIFKVGDTVV YPHHGAALVE AIETRTIKGE QKEYLVLKVA QGDLTVRVPA ENAEYVGVRD VVGQEGLDKV FQVLRAPHTE EPTNWSRRY KANLEKLASG DVNKVAEVVR DLWRRDQERG LSAGEKRMLA KARQILVGEL ALAESTDDAK AETILDEVLA A AS

UniProtKB: RNA polymerase-binding transcription factor CarD

+
分子 #10: Probable transcriptional regulator WhiB7

分子名称: Probable transcriptional regulator WhiB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 10.153804 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSVLTVPRQT PRQRLPVLPC HVGDPDLWFA DTPAGLEVAK TLCVSCPIRR QCLAAALQRA EPWGVWGGEI FDQGSIVSHK RPRGRPRKD AVA

UniProtKB: Probable transcriptional regulator WhiB7

+
分子 #8: DNA (63-MER)

分子名称: DNA (63-MER) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 30.844654 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC) (DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG) (DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA) (DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG) (DT) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC) (DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG) (DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA) (DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG) (DT) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT) (DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT) (DG)(DC)(DT) (DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG) (DC)(DA)(DT)(DT)

+
分子 #9: DNA (55-MER)

分子名称: DNA (55-MER) / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 30.862684 KDa
配列文字列: (DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC) (DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG) (DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DG) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC) ...文字列:
(DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC) (DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG) (DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DG) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG) (DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA) (DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC) (DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT) (DA)(DC)(DA)(DG)

+
分子 #11: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #12: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #13: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 87743
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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