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- EMDB-2280: Negative stain EM structure of the HOPS tethering complex (confor... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2280
タイトルNegative stain EM structure of the HOPS tethering complex (conformation 1)
マップデータReconstruction of HOPS tethering complex
試料
  • 試料: vacuole protein sorting (HOPS) tethering complex containing Vps11, Vps16, Vps18, Vps33, Vp39, Vps41
  • タンパク質・ペプチド: vacuolar protein sorting-associated protein 41
  • タンパク質・ペプチド: vacuolar protein sorting-associated protein 39
  • タンパク質・ペプチド: vacuolar protein sorting-associated protein 33
  • タンパク質・ペプチド: vacuolar protein sorting-associated protein 18
  • タンパク質・ペプチド: vacuolar protein sorting-associated protein 11
  • タンパク質・ペプチド: vacuolar protein sorting-associated protein 16
キーワードvesicular transport / homotypic fusion / multisubunit tethering complex / Rab binding
機能・相同性
機能・相同性情報


histone catabolic process / organelle fusion / CORVET complex / HOPS complex / endosomal vesicle fusion / vesicle tethering / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / vacuole-mitochondrion membrane contact site / vacuolar protein processing / vacuole fusion, non-autophagic ...histone catabolic process / organelle fusion / CORVET complex / HOPS complex / endosomal vesicle fusion / vesicle tethering / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / vacuole-mitochondrion membrane contact site / vacuolar protein processing / vacuole fusion, non-autophagic / Golgi to vacuole transport / regulation of SNARE complex assembly / Golgi to endosome transport / vesicle fusion with vacuole / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / vesicle docking / vacuole organization / protein targeting to vacuole / endosome organization / late endosome to vacuole transport / fungal-type vacuole / piecemeal microautophagy of the nucleus / fungal-type vacuole membrane / vesicle docking involved in exocytosis / endosomal transport / vesicle-mediated transport / positive regulation of TORC1 signaling / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to starvation / macroautophagy / intracellular protein transport / RING-type E3 ubiquitin transferase / small GTPase binding / autophagy / endocytosis / ubiquitin protein ligase activity / late endosome / protein transport / actin binding / early endosome membrane / protein-macromolecule adaptor activity / endosome / zinc ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein 41 / Vps42 beta-propeller / Vps41 TPR-like region / Vacuolar sorting protein 39/Transforming growth factor beta receptor-associated domain 1 / Vacuolar protein sorting-associated protein Vps41/Vps8 / Vacuolar sorting protein 39 domain 1 / Pep3/Vps18/deep orange / Vacuolar protein sorting-associated protein 11 / Vacuolar protein sorting protein 11, C-terminal / Pep3/Vps18/deep orange beta-propeller domain ...Vacuolar protein sorting-associated protein 41 / Vps42 beta-propeller / Vps41 TPR-like region / Vacuolar sorting protein 39/Transforming growth factor beta receptor-associated domain 1 / Vacuolar protein sorting-associated protein Vps41/Vps8 / Vacuolar sorting protein 39 domain 1 / Pep3/Vps18/deep orange / Vacuolar protein sorting-associated protein 11 / Vacuolar protein sorting protein 11, C-terminal / Pep3/Vps18/deep orange beta-propeller domain / Vacuolar protein sorting protein 11 C terminal / PEP5/VPS11 N-terminal / PEP5/VPS11 Clathrin repeat / Vam6/VPS39/TRAP1 family / Vps16, C-terminal / Vps16, N-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 16 / Vps16, C-terminal domain superfamily / Vps16, C-terminal region / Vps16, N-terminal region / Vacuolar protein sorting-associated protein 33, domain 3b / Sec1-like protein / Sec1-like, domain 2 / Sec1-like superfamily / Sec1-like, domain 3a / Sec1 family / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat / Clathrin heavy-chain (CHCR) repeat profile. / Ring finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase PEP5 / Vacuolar protein sorting-associated protein 33 / Vacuolar membrane protein PEP3 / Vacuolar protein sorting-associated protein 41 / Vacuolar protein sorting-associated protein 16 / Vacuolar morphogenesis protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.4 Å
データ登録者Broecker C / Kuhlee A / Gatsogiannis C / Balderhaar HJ / Hoenscher C / Engelbrecht-Vandre S / Ungermann C / Raunser S
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Molecular architecture of the multisubunit homotypic fusion and vacuole protein sorting (HOPS) tethering complex.
著者: Cornelia Bröcker / Anne Kuhlee / Christos Gatsogiannis / Henning J kleine Balderhaar / Carina Hönscher / Siegfried Engelbrecht-Vandré / Christian Ungermann / Stefan Raunser /
要旨: Membrane fusion within the eukaryotic endomembrane system depends on the initial recognition of Rab GTPase on transport vesicles by multisubunit tethering complexes and subsequent coupling to SNARE- ...Membrane fusion within the eukaryotic endomembrane system depends on the initial recognition of Rab GTPase on transport vesicles by multisubunit tethering complexes and subsequent coupling to SNARE-mediated fusion. The conserved vacuolar/lysosomal homotypic fusion and vacuole protein sorting (HOPS) tethering complex combines both activities. Here we present the overall structure of the fusion-active HOPS complex. Our data reveal a flexible ≈30-nm elongated seahorse-like structure, which can adopt contracted and elongated shapes. Surprisingly, both ends of the HOPS complex contain a Rab-binding subunit: Vps41 and Vps39. The large head contains in addition to Vps41 the SNARE-interacting Vps33, whereas Vps39 is found in the bulky tip of its tail. Vps11 and Vps18 connect head and tail. Our data suggest that HOPS bridges Ypt7-positive membranes and chaperones SNAREs at fusion sites.
履歴
登録2013年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年1月23日-
マップ公開2013年1月23日-
更新2013年1月23日-
現状2013年1月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

2280-image1....

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2280.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of HOPS tethering complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.2 Å/pix.
x 128 pix.
= 537.6 Å		4.2 Å/pix.
x 128 pix.
= 537.6 Å		4.2 Å/pix.
x 128 pix.
= 537.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.02741734 - 0.07474332
平均 (標準偏差)0.0003598 (±0.00357346)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 537.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.24.24.2
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z537.600537.600537.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-30-80
NX/NY/NZ7361161
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0270.0750.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : vacuole protein sorting (HOPS) tethering complex containing Vps11...

全体名称: vacuole protein sorting (HOPS) tethering complex containing Vps11, Vps16, Vps18, Vps33, Vp39, Vps41
要素
  • 試料: vacuole protein sorting (HOPS) tethering complex containing Vps11, Vps16, Vps18, Vps33, Vp39, Vps41
  • タンパク質・ペプチド: vacuolar protein sorting-associated protein 41
  • タンパク質・ペプチド: vacuolar protein sorting-associated protein 39
  • タンパク質・ペプチド: vacuolar protein sorting-associated protein 33
  • タンパク質・ペプチド: vacuolar protein sorting-associated protein 18
  • タンパク質・ペプチド: vacuolar protein sorting-associated protein 11
  • タンパク質・ペプチド: vacuolar protein sorting-associated protein 16

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超分子 #1000: vacuole protein sorting (HOPS) tethering complex containing Vps11...

超分子名称: vacuole protein sorting (HOPS) tethering complex containing Vps11, Vps16, Vps18, Vps33, Vp39, Vps41
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Vps39 is fused to GFP, Vps41 is fused to TAP-tag / 集合状態: Monomer / Number unique components: 6
分子量理論値: 700 KDa

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分子 #1: vacuolar protein sorting-associated protein 41

分子名称: vacuolar protein sorting-associated protein 41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: FET2, VAM2, vps41 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast
配列UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 41 / GO: HOPS complex

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分子 #2: vacuolar protein sorting-associated protein 39

分子名称: vacuolar protein sorting-associated protein 39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: VAM6,CVT4, VPL18, VPL22, vps39 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast
配列UniProtKB: Vacuolar morphogenesis protein 6 / GO: HOPS complex

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分子 #3: vacuolar protein sorting-associated protein 33

分子名称: vacuolar protein sorting-associated protein 33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
Name.synonym: Protein SLP1, Vacuolar morphogenesis protein 5, vps33
コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast
配列UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 33 / GO: HOPS complex

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分子 #4: vacuolar protein sorting-associated protein 18

分子名称: vacuolar protein sorting-associated protein 18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: PEP3, VAM8, VPT18, vps18 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast
配列UniProtKB: Vacuolar membrane protein PEP3 / GO: HOPS complex

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分子 #5: vacuolar protein sorting-associated protein 11

分子名称: vacuolar protein sorting-associated protein 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: END1, VAM1, VPL9, VPS11, VPT11, YMR231W / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast
配列UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase PEP5 / GO: HOPS complex

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分子 #6: vacuolar protein sorting-associated protein 16

分子名称: vacuolar protein sorting-associated protein 16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: VAM9, VPT16 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast
配列UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 16 / GO: HOPS complex

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 1 M NaCl, 50 mM Hepes/NaOH, 10% glycerol
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed Protein floated on 0.07% Uranyl Formate for 1-3h at 4C.
グリッド詳細: glow discharged 400 mesh copper grids with thin carbon support
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1400
日付2011年2月7日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10.5 µm / 実像数: 920 / 平均電子線量: 4.5 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 3.4 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0017 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0013 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPARX / 使用した粒子像数: 2979

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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