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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2270 | |||||||||
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タイトル | Average reconstruction of cryoEM poliovirus polymerase tubes with (-32,6) helical symmetry | |||||||||
マップデータ | Helical reconstruction of wild-type poliovirus polymerase tubes n,l (1,0): -32, 5 n,l (0,1): 6, 30 Map has 2-fold symmetry around the helical axis. t= 170, u= 495 (l = 170n + 495m) dphi = 123.636364, dz = 6.071919 | |||||||||
試料 |
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キーワード | poliovirus polymerase / virus replication / helical reconstruction / cryoEM | |||||||||
生物種 | Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang J / Bullitt E | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2013 タイトル: Surface for catalysis by poliovirus RNA-dependent RNA polymerase. 著者: Jing Wang / John M Lyle / Esther Bullitt / 要旨: The poliovirus RNA-dependent RNA polymerase, 3Dpol, replicates the viral genomic RNA on the surface of virus-induced intracellular membranes. Macromolecular assemblies of 3Dpol form linear arrays of ...The poliovirus RNA-dependent RNA polymerase, 3Dpol, replicates the viral genomic RNA on the surface of virus-induced intracellular membranes. Macromolecular assemblies of 3Dpol form linear arrays of subunits that propagate along a strong protein-protein interaction called interface-I, as was observed in the crystal structure of wild-type poliovirus polymerase. These "filaments" recur with slight modifications in planar sheets and, with additional modifications that accommodate curvature, in helical tubes of the polymerase, by packing filaments together via a second set of interactions. Periodic variations of subunit orientations within 3Dpol tubes give rise to "ghost reflections" in diffraction patterns computed from electron cryomicrographs of helical arrays. The ghost reflections reveal that polymerase tubes are formed by bundles of four to five interface-I filaments, which are then connected to the next bundle of filaments with a perturbation of interface interactions between bundles. While enzymatically inactive polymerase is also capable of oligomerization, much thinner tubes that lack interface-I interactions between adjacent subunits are formed, suggesting that long-range allostery produces conformational changes that extend from the active site to the protein-protein interface. Macromolecular assemblies of poliovirus polymerase show repeated use of flexible interface interactions for polymerase lattice formation, suggesting that adaptability of polymerase-polymerase interactions facilitates RNA replication. In addition, the presence of a positively charged groove identified in polymerase arrays may help position and stabilize the RNA template during replication. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2270.map.gz | 80 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2270-v30.xml emd-2270.xml | 8 KB 8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2270.png | 273.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2270 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2270 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2270_validation.pdf.gz | 229.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2270_full_validation.pdf.gz | 228.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2270_validation.xml.gz | 4.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2270 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2270 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2270.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 115.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Helical reconstruction of wild-type poliovirus polymerase tubes n,l (1,0): -32, 5 n,l (0,1): 6, 30 Map has 2-fold symmetry around the helical axis. t= 170, u= 495 (l = 170n + 495m) dphi = 123.636364, dz = 6.071919 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Average reconstruction of poliovirus polymerase tubes
全体 | 名称: Average reconstruction of poliovirus polymerase tubes |
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要素 |
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-超分子 #1000: Average reconstruction of poliovirus polymerase tubes
超分子 | 名称: Average reconstruction of poliovirus polymerase tubes タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 17.4 MDa |
-分子 #1: polymerase
分子 | 名称: polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 331 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス) |
分子量 | 理論値: 52.5 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pT5T-3D |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
グリッド | 詳細: Quantifoil |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2011年1月1日 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダー: LN2 cooled / 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 6.1 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 67.5 ° アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / ソフトウェア - 名称: MRC, EMIP, Chimera |
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-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL |