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万見
- EMDB-22411: Cryo-electron tomography of HIV-1 integrase mutant, W235E -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22411
タイトルCryo-electron tomography of HIV-1 integrase mutant, W235E
マップデータCryo-electron tomography of HIV-1 integrase mutant, W235E
試料
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Adams LJ / Steven AC
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: INI1/SMARCB1 Rpt1 domain mimics TAR RNA in binding to integrase to facilitate HIV-1 replication.
著者: Updesh Dixit / Savita Bhutoria / Xuhong Wu / Liming Qiu / Menachem Spira / Sheeba Mathew / Richard Harris / Lucas J Adams / Sean Cahill / Rajiv Pathak / P Rajesh Kumar / Minh Nguyen / ...著者: Updesh Dixit / Savita Bhutoria / Xuhong Wu / Liming Qiu / Menachem Spira / Sheeba Mathew / Richard Harris / Lucas J Adams / Sean Cahill / Rajiv Pathak / P Rajesh Kumar / Minh Nguyen / Seetharama A Acharya / Michael Brenowitz / Steven C Almo / Xiaoqin Zou / Alasdair C Steven / David Cowburn / Mark Girvin / Ganjam V Kalpana /
要旨: INI1/SMARCB1 binds to HIV-1 integrase (IN) through its Rpt1 domain and exhibits multifaceted role in HIV-1 replication. Determining the NMR structure of INI1-Rpt1 and modeling its interaction with ...INI1/SMARCB1 binds to HIV-1 integrase (IN) through its Rpt1 domain and exhibits multifaceted role in HIV-1 replication. Determining the NMR structure of INI1-Rpt1 and modeling its interaction with the IN-C-terminal domain (IN-CTD) reveal that INI1-Rpt1/IN-CTD interface residues overlap with those required for IN/RNA interaction. Mutational analyses validate our model and indicate that the same IN residues are involved in both INI1 and RNA binding. INI1-Rpt1 and TAR RNA compete with each other for IN binding with similar IC values. INI1-interaction-defective IN mutant viruses are impaired for incorporation of INI1 into virions and for particle morphogenesis. Computational modeling of IN-CTD/TAR complex indicates that the TAR interface phosphates overlap with negatively charged surface residues of INI1-Rpt1 in three-dimensional space, suggesting that INI1-Rpt1 domain structurally mimics TAR. This possible mimicry between INI1-Rpt1 and TAR explains the mechanism by which INI1/SMARCB1 influences HIV-1 late events and suggests additional strategies to inhibit HIV-1 replication.
履歴
登録2020年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月10日-
マップ公開2021年3月10日-
更新2021年5月26日-
現状2021年5月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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ムービー
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添付画像

emd_22411.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22411.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-electron tomography of HIV-1 integrase mutant, W235E
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.32 Å/pix.
x 600 pix.
= 4392. Å		7.32 Å/pix.
x 1919 pix.
= 14047.08 Å		7.32 Å/pix.
x 1855 pix.
= 13578.601 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-41.23356 - 25.024109
平均 (標準偏差)1.03825585e-13 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-959-926-299
サイズ19191855600
Spacing18551919600
セルA: 13578.601 Å / B: 14047.08 Å / C: 4392.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.32000053908367.327.32
M x/y/z18551919600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z13578.60114047.0804392.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-926-959-299
NC/NR/NS18551919600
D min/max/mean-41.23425.0240.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human immunodeficiency virus 1

全体名称: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #1: Human immunodeficiency virus 1

超分子名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: HIV-1 virions were generated via transient transfection of 293T cells.
NCBI-ID: 11676 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / Sci species strain: NL4-3 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
Host system生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Electron Microscopy Sciences / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.3 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: Bsoft / 使用した粒子像数: 56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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