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万見
- EMDB-2241: Negative stain reconstruction of PG9 Fab in complex with HIV-1 SO... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2241
タイトルNegative stain reconstruction of PG9 Fab in complex with HIV-1 SOSIP gp140 trimer
マップデータReconstruction of SOSIP gp140 trimer in complex with PG9 Fab
試料
  • 試料: Fab fragment of broadly neutralizing antibody PG9 bound to BG505 SOSIP gp140 HIV-1 trimer
  • タンパク質・ペプチド: Broadly Neutralizing Antibody PG9
  • タンパク質・ペプチド: HIV-1 SOSIP.664
キーワードHuman Immunodeficiency Virus / HIV / Broadly neutralizing antibody / PG9 / Env
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.1 Å
データ登録者Lee JH / Julien JP / Cupo A / Moore JP / Wilson IA / Ward AB
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2013
タイトル: Asymmetric recognition of the HIV-1 trimer by broadly neutralizing antibody PG9.
著者: Jean-Philippe Julien / Jeong Hyun Lee / Albert Cupo / Charles D Murin / Ronald Derking / Simon Hoffenberg / Michael J Caulfield / C Richter King / Andre J Marozsan / Per Johan Klasse / Rogier ...著者: Jean-Philippe Julien / Jeong Hyun Lee / Albert Cupo / Charles D Murin / Ronald Derking / Simon Hoffenberg / Michael J Caulfield / C Richter King / Andre J Marozsan / Per Johan Klasse / Rogier W Sanders / John P Moore / Ian A Wilson / Andrew B Ward /
要旨: PG9 is the founder member of an expanding family of glycan-dependent human antibodies that preferentially bind the HIV (HIV-1) envelope (Env) glycoprotein (gp) trimer and broadly neutralize the virus. ...PG9 is the founder member of an expanding family of glycan-dependent human antibodies that preferentially bind the HIV (HIV-1) envelope (Env) glycoprotein (gp) trimer and broadly neutralize the virus. Here, we show that a soluble SOSIP.664 gp140 trimer constructed from the Clade A BG505 sequence binds PG9 with high affinity (∼11 nM), enabling structural and biophysical characterizations of the PG9:Env trimer complex. The BG505 SOSIP.664 gp140 trimer is remarkably stable as assessed by electron microscopy (EM) and differential scanning calorimetry. EM, small angle X-ray scattering, size exclusion chromatography with inline multiangle light scattering and isothermal titration calorimetry all indicate that only a single PG9 fragment antigen-binding (Fab) binds to the Env trimer. An ∼18 Å EM reconstruction demonstrates that PG9 recognizes the trimer asymmetrically at its apex via contact with two of the three gp120 protomers, possibly contributing to its reported preference for a quaternary epitope. Molecular modeling and isothermal titration calorimetry binding experiments with an engineered PG9 mutant suggest that, in addition to the N156 and N160 glycan interactions observed in crystal structures of PG9 with a scaffolded V1/V2 domain, PG9 makes secondary interactions with an N160 glycan from an adjacent gp120 protomer in the antibody-trimer complex. Together, these structural and biophysical findings should facilitate the design of HIV-1 immunogens that possess all elements of the quaternary PG9 epitope required to induce broadly neutralizing antibodies against this region.
履歴
登録2012年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年1月9日-
マップ公開2013年3月6日-
更新2013年3月20日-
現状2013年3月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2241.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2241.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of SOSIP gp140 trimer in complex with PG9 Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.18 Å/pix.
x 160 pix.
= 348.8 Å		2.18 Å/pix.
x 160 pix.
= 348.8 Å		2.18 Å/pix.
x 160 pix.
= 348.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.18 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.03 / ムービー #1: 1.03
最小 - 最大-1.92045236 - 10.45579624
平均 (標準偏差)0.0 (±0.53768271)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-37-37-37
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 348.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.182.182.18
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z348.800348.800348.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-30-80
NX/NY/NZ7361161
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-37-37-37
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-1.92010.4560.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Fab fragment of broadly neutralizing antibody PG9 bound to BG505 ...

全体名称: Fab fragment of broadly neutralizing antibody PG9 bound to BG505 SOSIP gp140 HIV-1 trimer
要素
  • 試料: Fab fragment of broadly neutralizing antibody PG9 bound to BG505 SOSIP gp140 HIV-1 trimer
  • タンパク質・ペプチド: Broadly Neutralizing Antibody PG9
  • タンパク質・ペプチド: HIV-1 SOSIP.664

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超分子 #1000: Fab fragment of broadly neutralizing antibody PG9 bound to BG505 ...

超分子名称: Fab fragment of broadly neutralizing antibody PG9 bound to BG505 SOSIP gp140 HIV-1 trimer
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One Fab binds one SOSIP trimer / Number unique components: 2
分子量実験値: 387 KDa / 理論値: 392 KDa
手法: Size exclusion chromatography with in-line multi-angle light scattering (SEC-MALS)

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分子 #1: Broadly Neutralizing Antibody PG9

分子名称: Broadly Neutralizing Antibody PG9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: bnAb PG9
詳細: Recombinantly expressed antibody Fab fragment. Co-transfected with gene encoding tyroslprotein sulfotransferase 1 (TPST1)
コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: B-Cell
分子量実験値: 50 KDa / 理論値: 50 KDa
組換発現生物種: HEK293T (ヒト)

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分子 #2: HIV-1 SOSIP.664

分子名称: HIV-1 SOSIP.664 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: gp140 / 詳細: Cotransfected with pcDNA3.1 Furin. / コピー数: 3 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BG505 / 別称: HIV-1
分子量実験値: 120 KDa / 理論値: 140 KDa
組換発現生物種: HEK293S GnTI -/- / 組換プラスミド: pP14

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 30 sec Nano-W
グリッド詳細: 400 Cu mesh grid with carbon support, glow discharged at 20 mA for 30 seconds
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 293 K / 最高: 293 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective astigmatism corrected at 100,000x
詳細Images taken from 0 to -55 degrees in 5 degree tilt increments.
日付2012年7月31日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 0.109 µm / 実像数: 1283 / 平均電子線量: 30 e/Å2 / 詳細: Images recorded on CCD / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 55
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were picked using DogPicker then processed with Xmipp and EMAN
CTF補正詳細: Not corrected
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Xmipp, EMAN / 使用した粒子像数: 33431

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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