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万見
- EMDB-22379: Herpes Simplex Virus Type 1 A-capsid with Portal Vertex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22379
タイトルHerpes Simplex Virus Type 1 A-capsid with Portal Vertex
マップデータHerpes sipmlex virus Type 1 A-capsid with the portal vertex
試料
  • ウイルス: Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
生物種Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 42.57 Å
データ登録者Buch MHC / Heymann JB / Newcomb WW / Winkler DC / Steven AC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2021
タイトル: Cryo-Electron Tomography of the Herpesvirus Procapsid Reveals Interactions of the Portal with the Scaffold and a Shift on Maturation.
著者: Michael H C Buch / William W Newcomb / Dennis C Winkler / Alasdair C Steven / J Bernard Heymann /
要旨: Herpes simplex virus 1 (HSV-1) requires seven proteins to package its genome through a vertex in its capsid, one of which is the portal protein, pUL6. The portal protein is also thought to facilitate ...Herpes simplex virus 1 (HSV-1) requires seven proteins to package its genome through a vertex in its capsid, one of which is the portal protein, pUL6. The portal protein is also thought to facilitate assembly of the procapsid. While the portal has been visualized in mature capsids, we aimed to elucidate its role in the assembly and maturation of procapsids using cryo-electron tomography (cryoET). We identified the portal vertex in individual procapsids, calculated a subtomogram average, and compared that with the portal vertex in empty mature capsids (A-capsids). The resulting maps show the portal on the interior surface with its narrower end facing outwards, while maintaining close contact with the capsid shell. In the procapsid, the portal is embedded in the underlying scaffold, suggesting that assembly involves a portal-scaffold complex. During maturation, the capsid shell angularizes with a corresponding outward movement of the vertices. We found that in A-capsids, the portal translocates outward further than the adjacent capsomers and strengthens its contacts with the capsid shell. Our methodology also allowed us to determine the number of portal vertices in each capsid, with most having one per capsid, but some none or two, and rarely three. The predominance of a single portal per capsid supports facilitation of the assembly of the procapsid. Herpes simplex virus 1 (HSV-1) infects a majority of humans, causing mostly mild disease but in some cases progressing toward life-threatening encephalitis. Understanding the life cycle of the virus is important to devise countermeasures. Production of the virion starts with the assembly of an icosahedral procapsid, which includes DNA packaging proteins at a vertex, one of which is the dodecameric portal protein. The procapsid then undergoes maturation and DNA packaging through the portal, driven by a terminase complex. We used cryo-electron tomography to visualize the portal in procapsids and compare them to mature empty capsids. We found the portal located inside one vertex interacting with the scaffold protein in the procapsid. On maturation, the scaffold is cleaved and dissociates, the capsid angularizes, and the portal moves outward, interacting closely with the capsid shell. These transformations may provide a basis for the development of drugs to prevent HSV-1 infections.
履歴
登録2020年7月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月10日-
マップ公開2021年3月10日-
更新2021年9月22日-
現状2021年9月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: -0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: -0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22379.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22379.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Herpes sipmlex virus Type 1 A-capsid with the portal vertex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.66 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0624 / ムービー #1: -0.06
最小 - 最大-0.48863298 - 0.27769145
平均 (標準偏差)6.443275e-06 (±0.09214036)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-225-225-225
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 1647.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.663.663.66
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1647.0001647.0001647.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-225-225-225
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-0.4890.2780.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22379_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Herpes Simplex Virus Type 1 A-capsid with Portal Vertex

ファイルemd_22379_half_map_1.map
注釈Herpes Simplex Virus Type 1 A-capsid with Portal Vertex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Herpes Simplex Virus Type 1 A-capsid with Portal Vertex

ファイルemd_22379_half_map_2.map
注釈Herpes Simplex Virus Type 1 A-capsid with Portal Vertex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human alphaherpesvirus 1

全体名称: Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
要素
  • ウイルス: Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)

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超分子 #1: Human alphaherpesvirus 1

超分子名称: Human alphaherpesvirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Capsids were obtained from infected Vero cells. Purification steps were carried out at 4 deg. Harvested cells were resuspended in TNE buffer and lysed by sonication. Nuclei were lysed with 1. ...詳細: Capsids were obtained from infected Vero cells. Purification steps were carried out at 4 deg. Harvested cells were resuspended in TNE buffer and lysed by sonication. Nuclei were lysed with 1.5% TX-100, and a mix of A-, B-, and C-capsids was pelleted through a 30% sucrose cushion. The resuspended capsid mix was applied to a 20-50% sucrose gradient, and the band containing A-capsids was isolated.
NCBI-ID: 10298 / 生物種: Human alphaherpesvirus 1 / Sci species strain: KOS / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
Host system生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: A-capsid / 直径: 1250.0 Å / T番号(三角分割数): 16

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTrisTris Buffer
500.0 mMNaClSodium Chloride
1.0 mMEDTAEthylene Diamine Tetraacetate
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
詳細: Grids were plasma-cleaned in a Model 1020 plasma cleaner (Fischione, Export, PA).
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: LEICA EM GP
詳細: Sample was mixed with Aurion Anionic 10 nm BSA gold tracer (EMS) at a 1:1 ratio, and 3 uL were applied to Quantifoil copper grids covered with 300-mesh holey carbon (EMS). Excess liquid was ...詳細: Sample was mixed with Aurion Anionic 10 nm BSA gold tracer (EMS) at a 1:1 ratio, and 3 uL were applied to Quantifoil copper grids covered with 300-mesh holey carbon (EMS). Excess liquid was blotted off for 2.5 s, and grids were flash-frozen in liquid ethane..

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 3.1 e/Å2
詳細: Tilts were imaged in movie mode with 3 movies at on average 0.5 seconds each.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 20000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 914 HIGH TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER TOMOGRAPHY HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 42.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Bsoft (ver. 2.07) / 使用したサブトモグラム数: 164
抽出トモグラム数: 21 / 使用した粒子像数: 164 / 手法: Particles were picked by hand / ソフトウェア - 名称: Bsoft (ver. 2.0.7)
CTF補正ソフトウェア - 名称: Bsoft (ver. 2.07)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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