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- EMDB-2233: Subnanometer structure of the bacterial pKM101 type IV secretion ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2233
タイトルSubnanometer structure of the bacterial pKM101 type IV secretion system core complex digested with elastase
マップデータSubnanometer reconstruction of the pKM101 type IV secretion system core complex digested with elastase
試料
  • 試料: traN/traO/traF complex encoded by pKM101 digested with 0.02 mg ml-1 of elastase for 40 min at room temperature
  • タンパク質・ペプチド: traF
  • タンパク質・ペプチド: traO
  • タンパク質・ペプチド: traN
キーワードbacterial secretion / type IV secretion / vir / tra
機能・相同性
機能・相同性情報


: / P-type Type IV secretion system, TraN / : / Conjugal transfer, TrbG/VirB9/CagX / Conjugal transfer, TrbG/VirB9/CagX / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal domain superfamily / Conjugal transfer protein / Type IV secretion system, VirB10/TrbI / Bacterial conjugation TrbI-like protein ...: / P-type Type IV secretion system, TraN / : / Conjugal transfer, TrbG/VirB9/CagX / Conjugal transfer, TrbG/VirB9/CagX / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal domain superfamily / Conjugal transfer protein / Type IV secretion system, VirB10/TrbI / Bacterial conjugation TrbI-like protein / Type IV secretion system, VirB10 / TraB / TrbI / Type IV secretion system, VirB10 / TraB / TrbI / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
TraN protein / TraO protein / TraF protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å
データ登録者Rivera-Calzada A / Fronzes R / Savva CG / Chandran V / Lian PW / Laeremans T / Pardon E / Steyaert J / Remaut H / Waksman G / Orlova EV
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2013
タイトル: Structure of a bacterial type IV secretion core complex at subnanometre resolution.
著者: Angel Rivera-Calzada / Rémi Fronzes / Christos G Savva / Vidya Chandran / Pei W Lian / Toon Laeremans / Els Pardon / Jan Steyaert / Han Remaut / Gabriel Waksman / Elena V Orlova /
要旨: Type IV secretion (T4S) systems are able to transport DNAs and/or proteins through the membranes of bacteria. They form large multiprotein complexes consisting of 12 proteins termed VirB1-11 and ...Type IV secretion (T4S) systems are able to transport DNAs and/or proteins through the membranes of bacteria. They form large multiprotein complexes consisting of 12 proteins termed VirB1-11 and VirD4. VirB7, 9 and 10 assemble into a 1.07 MegaDalton membrane-spanning core complex (CC), around which all other components assemble. This complex is made of two parts, the O-layer inserted in the outer membrane and the I-layer inserted in the inner membrane. While the structure of the O-layer has been solved by X-ray crystallography, there is no detailed structural information on the I-layer. Using high-resolution cryo-electron microscopy and molecular modelling combined with biochemical approaches, we determined the I-layer structure and located its various components in the electron density. Our results provide new structural insights on the CC, from which the essential features of T4S system mechanisms can be derived.
履歴
登録2012年11月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年11月14日-
マップ公開2013年4月3日-
更新2013年4月24日-
現状2013年4月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.23
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.23
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3zbi, PDB-3zbj
  • 表面レベル: 0.23
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3zbi, PDB-3zbj
  • 表面レベル: 0.23
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3zbi
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3zbj
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2233_500...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2233.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subnanometer reconstruction of the pKM101 type IV secretion system core complex digested with elastase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.08 Å/pix.
x 160 pix.
= 332.8 Å		2.08 Å/pix.
x 160 pix.
= 332.8 Å		2.08 Å/pix.
x 160 pix.
= 332.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.23 / ムービー #1: 0.23
最小 - 最大-3.08228016 - 5.1629281
平均 (標準偏差)0.01930921 (±0.22263518)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-79-80-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.082.082.08
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z332.800332.800332.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-30-80
NX/NY/NZ7361161
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-79-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-3.0825.1630.019

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : traN/traO/traF complex encoded by pKM101 digested with 0.02 mg ml...

全体名称: traN/traO/traF complex encoded by pKM101 digested with 0.02 mg ml-1 of elastase for 40 min at room temperature
要素
  • 試料: traN/traO/traF complex encoded by pKM101 digested with 0.02 mg ml-1 of elastase for 40 min at room temperature
  • タンパク質・ペプチド: traF
  • タンパク質・ペプチド: traO
  • タンパク質・ペプチド: traN

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超分子 #1000: traN/traO/traF complex encoded by pKM101 digested with 0.02 mg ml...

超分子名称: traN/traO/traF complex encoded by pKM101 digested with 0.02 mg ml-1 of elastase for 40 min at room temperature
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: monodisperse / 集合状態: 14-mer / Number unique components: 3
分子量実験値: 880 KDa / 理論値: 830 KDa / 手法: gel filtration

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分子 #1: traF

分子名称: traF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: traF-virB10 / コピー数: 14 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / 細胞中の位置: inner membrane
分子量理論値: 40 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pASK-IBA3c
配列InterPro: Type IV secretion system, VirB10 / TraB / TrbI

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分子 #2: traO

分子名称: traO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: traO-virB9 / コピー数: 14 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / 細胞中の位置: outer membrane
分子量理論値: 30 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pASK-IBA3c
配列InterPro: Conjugal transfer, TrbG/VirB9/CagX

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分子 #3: traN

分子名称: traN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: traN-virB7 / コピー数: 14 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / 細胞中の位置: outer membrane
分子量理論値: 5 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pASK-IBA3c

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-HCL, 200 mM NaCl, 10 mM LDAO
グリッド詳細: continuous carbon-coated grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 92 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: blot 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
温度平均: 95 K
詳細4000x4000 CCD
日付2012年1月11日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 262 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 68100 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 66000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細Particles picked with BOXER (EMAN)
CTF補正詳細: phase flipping, each CCD image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C14 (14回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: imagic / 詳細: final map was calculated from 5430 particles / 使用した粒子像数: 5430
最終 2次元分類クラス数: 1810

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3jqo

ソフトウェア名称: Chimera, Situs, Sculptor, Flex-EM
詳細Protocol: Rigid body followed by flexible fitting
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation
得られたモデル

PDB-3zbi:
Fitting result in the O-layer of the subnanometer structure of the bacterial pKM101 type IV secretion system core complex digested with elastase

PDB-3zbj:
Fitting results in the I-layer of the subnanometer structure of the bacterial pKM101 type IV secretion system core complex digested with elastase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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