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- EMDB-2229: The architecture of human general transcription factor TFIID core... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2229
タイトルThe architecture of human general transcription factor TFIID core complex
マップデータCryo-EM structure of the recombinant human 3TAF complex
試料
  • 試料: Recombinant human 3TAF complex containing TAF5, TAF6 and TAF9.
  • タンパク質・ペプチド: TATA box binding protein (TBP)-associated factor 5
  • タンパク質・ペプチド: TATA box binding protein (TBP)-associated factor 6
  • タンパク質・ペプチド: TATA box binding protein (TBP)-associated factor 9
キーワードhuman TFIID / general transcription factor / transcription / multibac / recombinant protein
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding => GO:0000976 / : / modulation by virus of host process / transcription factor TFTC complex / transcription factor TFIID complex / viral process / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / actin cytoskeleton / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Transcription initiation factor TAFII31 / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain / : / LIS1 homology motif / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone-fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / WD40 repeat / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.8 Å
データ登録者Bieniossek C / Papai G / Schaffitzel C / Garzoni F / Chaillet M / Scheer E / Papadopoulos P / Tora L / Schultz P / Berger I
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: The architecture of human general transcription factor TFIID core complex.
著者: Christoph Bieniossek / Gabor Papai / Christiane Schaffitzel / Frederic Garzoni / Maxime Chaillet / Elisabeth Scheer / Petros Papadopoulos / Laszlo Tora / Patrick Schultz / Imre Berger /
要旨: The initiation of gene transcription by RNA polymerase II is regulated by a plethora of proteins in human cells. The first general transcription factor to bind gene promoters is transcription factor ...The initiation of gene transcription by RNA polymerase II is regulated by a plethora of proteins in human cells. The first general transcription factor to bind gene promoters is transcription factor IID (TFIID). TFIID triggers pre-initiation complex formation, functions as a coactivator by interacting with transcriptional activators and reads epigenetic marks. TFIID is a megadalton-sized multiprotein complex composed of TATA-box-binding protein (TBP) and 13 TBP-associated factors (TAFs). Despite its crucial role, the detailed architecture and assembly mechanism of TFIID remain elusive. Histone fold domains are prevalent in TAFs, and histone-like tetramer and octamer structures have been proposed in TFIID. A functional core-TFIID subcomplex was revealed in Drosophila nuclei, consisting of a subset of TAFs (TAF4, TAF5, TAF6, TAF9 and TAF12). These core subunits are thought to be present in two copies in holo-TFIID, in contrast to TBP and other TAFs that are present in a single copy, conveying a transition from symmetry to asymmetry in the TFIID assembly pathway. Here we present the structure of human core-TFIID determined by cryo-electron microscopy at 11.6 Å resolution. Our structure reveals a two-fold symmetric, interlaced architecture, with pronounced protrusions, that accommodates all conserved structural features of the TAFs including the histone folds. We further demonstrate that binding of one TAF8-TAF10 complex breaks the original symmetry of core-TFIID. We propose that the resulting asymmetric structure serves as a functional scaffold to nucleate holo-TFIID assembly, by accreting one copy each of the remaining TAFs and TBP.
履歴
登録2012年10月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年11月7日-
マップ公開2013年1月9日-
更新2013年2月13日-
現状2013年2月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2229-3TA...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2229.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of the recombinant human 3TAF complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.032 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-8.633073810000001 - 27.51564789
平均 (標準偏差)0.00000002 (±2.00000024)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 260.096 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.0322.0322.032
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z260.096260.096260.096
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-30-80
NX/NY/NZ7361161
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-8.63327.5160.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Recombinant human 3TAF complex containing TAF5, TAF6 and TAF9.

全体名称: Recombinant human 3TAF complex containing TAF5, TAF6 and TAF9.
要素
  • 試料: Recombinant human 3TAF complex containing TAF5, TAF6 and TAF9.
  • タンパク質・ペプチド: TATA box binding protein (TBP)-associated factor 5
  • タンパク質・ペプチド: TATA box binding protein (TBP)-associated factor 6
  • タンパク質・ペプチド: TATA box binding protein (TBP)-associated factor 9

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超分子 #1000: Recombinant human 3TAF complex containing TAF5, TAF6 and TAF9.

超分子名称: Recombinant human 3TAF complex containing TAF5, TAF6 and TAF9.
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was fixed by GraFix. / 集合状態: Dimer / Number unique components: 3
分子量理論値: 400 KDa

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分子 #1: TATA box binding protein (TBP)-associated factor 5

分子名称: TATA box binding protein (TBP)-associated factor 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TAF5 / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Nucleus
分子量理論値: 100 KDa
組換発現生物種: Baculovirus EMBacY / 組換プラスミド: pTF
配列GO: actin cytoskeleton, transcription factor TFIID complex, transcription factor TFTC complex, DNA-binding transcription factor activity, transcription cis-regulatory region binding => GO:0000976, GO: ...GO: actin cytoskeleton, transcription factor TFIID complex, transcription factor TFTC complex, DNA-binding transcription factor activity, transcription cis-regulatory region binding => GO:0000976, GO: 0016573, transcription elongation by RNA polymerase II, transcription initiation at RNA polymerase II promoter, viral process, modulation by virus of host process
InterPro: WD40 repeat, LIS1 homology motif, TFIID subunit TAF5, NTD2 domain, WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily, INTERPRO: IPR017986, WD40 repeat, conserved site, G-protein beta WD-40 repeat

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分子 #2: TATA box binding protein (TBP)-associated factor 6

分子名称: TATA box binding protein (TBP)-associated factor 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: TAF6 / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Nucleus
分子量理論値: 70 KDa
組換発現生物種: Baculovirus EMBacY / 組換プラスミド: pTF
配列GO: actin cytoskeleton, transcription factor TFIID complex, transcription factor TFTC complex, DNA-binding transcription factor activity, transcription cis-regulatory region binding => GO:0000976, GO: ...GO: actin cytoskeleton, transcription factor TFIID complex, transcription factor TFTC complex, DNA-binding transcription factor activity, transcription cis-regulatory region binding => GO:0000976, GO: 0016573, transcription elongation by RNA polymerase II, transcription initiation at RNA polymerase II promoter, viral process, modulation by virus of host process
InterPro: TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain, Histone-fold, TAF6, C-terminal HEAT repeat domain

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分子 #3: TATA box binding protein (TBP)-associated factor 9

分子名称: TATA box binding protein (TBP)-associated factor 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: TAF9 / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Nucleus
分子量理論値: 32 KDa
組換発現生物種: Baculovirus EMBacY / 組換プラスミド: pTF
配列GO: actin cytoskeleton, transcription factor TFIID complex, transcription factor TFTC complex, DNA-binding transcription factor activity, transcription cis-regulatory region binding => GO:0000976, GO: ...GO: actin cytoskeleton, transcription factor TFIID complex, transcription factor TFTC complex, DNA-binding transcription factor activity, transcription cis-regulatory region binding => GO:0000976, GO: 0016573, transcription elongation by RNA polymerase II, transcription initiation at RNA polymerase II promoter, viral process, modulation by virus of host process
InterPro: Transcription initiation factor TAFII31, Histone-fold

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50mM HEPES pH 8.0, 150mM KCl
グリッド詳細: Quantifoil 300 mesh Cu/Rh holey carbon grid R2/2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: 4s, blot force 5

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
日付2010年9月15日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10.16 µm / 実像数: 16 / 平均電子線量: 16 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50012 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.45 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細Picking was done with e2boxer from EMAN2, first alignment cycles were done in Imagic and refinement in Spider.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic, Spider / 使用した粒子像数: 11987

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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