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万見
- EMDB-2222: Structure of the PilF DNA transformation ATPase (AMPPNP bound form) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2222
タイトルStructure of the PilF DNA transformation ATPase (AMPPNP bound form)
マップデータPilF DNA Transformation ATPase (apoprotein form)
試料
  • 試料: PilF ATPase from Thermus thermophilus
  • タンパク質・ペプチド: ATPase
キーワードATPase / DNA transformation
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Collins RF / Hassan D / Karuppiah V / Thistlethwaite A / Derrick JP
引用ジャーナル: Biochem J / 年: 2013
タイトル: Structure and mechanism of the PilF DNA transformation ATPase from Thermus thermophilus.
著者: Richard F Collins / Darin Hassan / Vijaykumar Karuppiah / Angela Thistlethwaite / Jeremy P Derrick /
要旨: Many Gram-negative bacteria contain specific systems for uptake of foreign DNA, which play a critical role in the acquisition of antibiotic resistance. The TtPilF (PilF ATPase from Thermus ...Many Gram-negative bacteria contain specific systems for uptake of foreign DNA, which play a critical role in the acquisition of antibiotic resistance. The TtPilF (PilF ATPase from Thermus thermophilus) is required for high transformation efficiency, but its mechanism of action is unknown. In the present study, we show that TtPilF is able to bind to both DNA and RNA. The structure of TtPilF was determined by cryoelectron microscopy in the presence and absence of the ATP analogue p[NH]ppA (adenosine 5'-[β,γ-imido]triphosphate), at 10 and 12 Å (1 Å=0.1 nm) resolutions respectively. It consists of two distinct N- and C-terminal regions, separated by a short stem-like structure. Binding of p[NH]ppA induces structural changes in the C-terminal domains, which are transmitted via the stem to the N-terminal domains. Molecular models were generated for the apoenzyme and p[NH]ppA-bound states in the C-terminal regions by docking of a model based on a crystal structure from a closely related enzyme. Analysis of DNA binding by electron microscopy, using gold labelling, localized the binding site to the N-terminal domains. The results suggest a model in which DNA uptake by TtPilF is powered by ATP hydrolysis, causing conformational changes in the C-terminal domains, which are transmitted via the stem to take up DNA into the cell.
履歴
登録2012年10月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年11月21日-
マップ公開2013年1月9日-
更新2013年2月27日-
現状2013年2月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.83
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.83
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2222.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2222.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PilF DNA Transformation ATPase (apoprotein form)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3 Å/pix.
x 128 pix.
= 384. Å		3 Å/pix.
x 128 pix.
= 384. Å		3 Å/pix.
x 128 pix.
= 384. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.83 / ムービー #1: 0.83
最小 - 最大-0.36359513 - 1.84904575
平均 (標準偏差)0.03646536 (±0.18055071)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 384.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z333
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z384.000384.000384.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-30-80
NX/NY/NZ7361161
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.3641.8490.036

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PilF ATPase from Thermus thermophilus

全体名称: PilF ATPase from Thermus thermophilus
要素
  • 試料: PilF ATPase from Thermus thermophilus
  • タンパク質・ペプチド: ATPase

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超分子 #1000: PilF ATPase from Thermus thermophilus

超分子名称: PilF ATPase from Thermus thermophilus / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Monodisperse sample / 集合状態: homohexamer / Number unique components: 1
分子量理論値: 586 KDa

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分子 #1: ATPase

分子名称: ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)
分子量理論値: 586 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 6.5 / 詳細: 50mM Mes pH 6.5, 200mM NaCl and 10mM MgCl2
グリッド詳細: Freshly glow discharged 2-2 Quantifoil grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: continuously blotted for 4-5 seconds in a 90% humidity chamber before plunge freezing into liquid ethane at 22 degrees.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度平均: 85 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
日付2011年11月1日
撮影デジタル化 - サンプリング間隔: 3.5 µm / 実像数: 97 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: Data were recorded on a Gatan 4Kx4K CCD / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 39000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダー: Gatan MSC / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Semi-automated picking as implemented within EMAN2
CTF補正詳細: EMAN2 - each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 37000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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