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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22176 | |||||||||
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タイトル | Full-length human mitochondrial Hsp90 (TRAP1) with ADP-BeF3 | |||||||||
![]() | Hsp90 (TRAP1) NTD-Middle domain dimer with ADP-BeF3 | |||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.42 Å | |||||||||
![]() | Liu YX / Wang F / Agard DA | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: General and robust covalently linked graphene oxide affinity grids for high-resolution cryo-EM. 著者: Feng Wang / Yanxin Liu / Zanlin Yu / Sam Li / Shengjie Feng / Yifan Cheng / David A Agard / ![]() 要旨: Affinity grids have great potential to facilitate rapid preparation of even quite impure samples in single-particle cryo-electron microscopy (EM). Yet despite the promising advances of affinity grids ...Affinity grids have great potential to facilitate rapid preparation of even quite impure samples in single-particle cryo-electron microscopy (EM). Yet despite the promising advances of affinity grids over the past decades, no single strategy has demonstrated general utility. Here we chemically functionalize cryo-EM grids coated with mostly one or two layers of graphene oxide to facilitate affinity capture. The protein of interest is tagged using a system that rapidly forms a highly specific covalent bond to its cognate catcher linked to the grid via a polyethylene glycol (PEG) spacer. Importantly, the spacer keeps particles away from both the air-water interface and the graphene oxide surface, protecting them from potential denaturation and rendering them sufficiently flexible to avoid preferential sample orientation concerns. Furthermore, the PEG spacer successfully reduces nonspecific binding, enabling high-resolution reconstructions from a much cruder lysate sample. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 60 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 78.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 77.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Hsp90 (TRAP1) NTD-Middle domain dimer with ADP-BeF3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.14 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Trap1 dimer with ADP-BeF3
全体 | 名称: Trap1 dimer with ADP-BeF3 |
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要素 |
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-超分子 #1: Trap1 dimer with ADP-BeF3
超分子 | 名称: Trap1 dimer with ADP-BeF3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 147 KDa |
-分子 #1: Human mitochondrial Hsp90 (TRAP1)
分子 | 名称: Human mitochondrial Hsp90 (TRAP1) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GIDPFTSTQT AEDKEEPLHS IISSTESVQG STSKHEFQAE TKKLLDIVAR SLYSEKEVFI RELISNASDA LEKLRHKLVS DGQALPEMEI HLQTNAEKGT ITIQDTGIGM TQEELVSNLG TIARSGSKAF LDALQNQAEA SSKIIGQFGV GFYSAFMVAD RVEVYSRSAA ...文字列: GIDPFTSTQT AEDKEEPLHS IISSTESVQG STSKHEFQAE TKKLLDIVAR SLYSEKEVFI RELISNASDA LEKLRHKLVS DGQALPEMEI HLQTNAEKGT ITIQDTGIGM TQEELVSNLG TIARSGSKAF LDALQNQAEA SSKIIGQFGV GFYSAFMVAD RVEVYSRSAA PGSLGYQWLS DGSGVFEIAE ASGVRTGTKI IIHLKSDCKE FSSEARVRDV VTKYSNFVSF PLYLNGRRMN TLQAIWMMDP KDVGEWQHEE FYRYVAQAHD KPRYTLHYKT DAPLNIRSIF YVPDMKPSMF DVSRELGSSV ALYSRKVLIQ TKATDILPKW LRFIRGVVDS EDIPLNLSRE LLQESALIRK LRDVLQQRLI KFFIDQSKKD AEKYAKFFED YGLFMREGIV TATEQEVKED IAKLLRYESS ALPSGQLTSL SEYASRMRAG TRNIYYLCAP NRHLAEHSPY YEAMKKKDTE VLFCFEQFDE LTLLHLREFD KKKLISVETD IVVDHYKEEK FEDRSPAAEC LSEKETEELM AWMRNVLGSR VTNVKVTLRL DTHPAMVTVL EMGAARHFLR MQQLAKTQEE RAQLLQPTLE INPRHALIKK LNQLRASEPG LAQLLVDQIY ENAMIAAGLV DDPRAMVGRL NELLVKALER HGGSGSGSSA MVDTLSGLSS EQGQSGDMTI EEDSATHIKF SKRDEDGKEL AGATMELRDS SGKTISTWIS DGQVKDFYLY PGKYTFVETA APDGYEVATA ITFTVNEQGQ VTVNGKATKG DAHI |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 74.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 62517 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
FSC曲線 (解像度の算出) | ![]() |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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