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万見
- EMDB-22129: Nodavirus RNA replication complex crown -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22129
タイトルNodavirus RNA replication complex crown
マップデータ
試料
  • 複合体: Nodavirus RNA replication crown complex
生物種Flock House virus (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.45 Å
データ登録者Unchwaniwala N / Zhan H / Pennington J / Horswill M / den Boon J / Ahlquist P
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Subdomain cryo-EM structure of nodaviral replication protein A crown complex provides mechanistic insights into RNA genome replication.
著者: Nuruddin Unchwaniwala / Hong Zhan / Janice Pennington / Mark Horswill / Johan A den Boon / Paul Ahlquist /
要旨: For positive-strand RNA [(+)RNA] viruses, the major target for antiviral therapies is genomic RNA replication, which occurs at poorly understood membrane-bound viral RNA replication complexes. Recent ...For positive-strand RNA [(+)RNA] viruses, the major target for antiviral therapies is genomic RNA replication, which occurs at poorly understood membrane-bound viral RNA replication complexes. Recent cryoelectron microscopy (cryo-EM) of nodavirus RNA replication complexes revealed that the viral double-stranded RNA replication template is coiled inside a 30- to 90-nm invagination of the outer mitochondrial membrane, whose necked aperture to the cytoplasm is gated by a 12-fold symmetric, 35-nm diameter "crown" complex that contains multifunctional viral RNA replication protein A. Here we report optimizing cryo-EM tomography and image processing to improve crown resolution from 33 to 8.5 Å. This resolves the crown into 12 distinct vertical segments, each with 3 major subdomains: A membrane-connected basal lobe and an apical lobe that together comprise the ∼19-nm-diameter central turret, and a leg emerging from the basal lobe that connects to the membrane at ∼35-nm diameter. Despite widely varying replication vesicle diameters, the resulting two rings of membrane interaction sites constrain the vesicle neck to a highly uniform shape. Labeling protein A with a His-tag that binds 5-nm Ni-nanogold allowed cryo-EM tomography mapping of the C terminus of protein A to the apical lobe, which correlates well with the predicted structure of the C-proximal polymerase domain of protein A. These and other results indicate that the crown contains 12 copies of protein A arranged basally to apically in an N-to-C orientation. Moreover, the apical polymerase localization has significant mechanistic implications for template RNA recruitment and (-) and (+)RNA synthesis.
履歴
登録2020年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月22日-
マップ公開2020年7月22日-
更新2020年8月19日-
現状2020年8月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22129.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22129.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 88.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.156 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.2 / ムービー #1: 4.2
最小 - 最大-2.7461774 - 9.614704
平均 (標準偏差)0.12877443 (±0.6963113)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ285285285
Spacing285285285
セルA=B=C: 614.46 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.1562.1562.156
M x/y/z285285285
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z614.460614.460614.460
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ510510510
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS285285285
D min/max/mean-2.7469.6150.129

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nodavirus RNA replication crown complex

全体名称: Nodavirus RNA replication crown complex
要素
  • 複合体: Nodavirus RNA replication crown complex

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超分子 #1: Nodavirus RNA replication crown complex

超分子名称: Nodavirus RNA replication crown complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Flock House virus (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K
詳細Mitochondrial fraction

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 0.67 sec. / 平均電子線量: 4.86 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: emClarity (ver. 1.4.3) / 使用したサブトモグラム数: 4640
抽出トモグラム数: 59 / 使用した粒子像数: 4640
ソフトウェア: (名称: PEET (ver. 4.9.12), emClarity (ver. 1.4.3))
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.9.12)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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