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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22044 | |||||||||
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タイトル | Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex - IV state | |||||||||
マップデータ | main cryo-EM map, sharpened | |||||||||
試料 |
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キーワード | Transcription-coupled DNA repair / DNA translocase / elongation complex / RNA polymerase / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-RNA-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / RNA polymerase core enzyme binding / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / DNA translocase activity / DNA repair complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation ...transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / RNA polymerase core enzyme binding / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / DNA translocase activity / DNA repair complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription-coupled nucleotide-excision repair / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA helicase activity / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / damaged DNA binding / protein dimerization activity / hydrolase activity / response to antibiotic / DNA repair / DNA-templated transcription / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Llewellyn E / Chen J | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: Structural basis for transcription complex disruption by the Mfd translocase. 著者: Jin Young Kang / Eliza Llewellyn / James Chen / Paul Dominic B Olinares / Joshua Brewer / Brian T Chait / Elizabeth A Campbell / Seth A Darst / 要旨: Transcription-coupled repair (TCR) is a sub-pathway of nucleotide excision repair (NER) that preferentially removes lesions from the template-strand (t-strand) that stall RNA polymerase (RNAP) ...Transcription-coupled repair (TCR) is a sub-pathway of nucleotide excision repair (NER) that preferentially removes lesions from the template-strand (t-strand) that stall RNA polymerase (RNAP) elongation complexes (ECs). Mfd mediates TCR in bacteria by removing the stalled RNAP concealing the lesion and recruiting Uvr(A)BC. We used cryo-electron microscopy to visualize Mfd engaging with a stalled EC and attempting to dislodge the RNAP. We visualized seven distinct Mfd-EC complexes in both ATP and ADP-bound states. The structures explain how Mfd is remodeled from its repressed conformation, how the UvrA-interacting surface of Mfd is hidden during most of the remodeling process to prevent premature engagement with the NER pathway, how Mfd alters the RNAP conformation to facilitate disassembly, and how Mfd forms a processive translocation complex after dislodging the RNAP. Our results reveal an elaborate mechanism for how Mfd kinetically discriminates paused from stalled ECs and disassembles stalled ECs to initiate TCR. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22044.map.gz | 96.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22044-v30.xml emd-22044.xml | 24.9 KB 24.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22044.png | 150.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22044.cif.gz | 9.2 KB | ||
その他 | emd_22044_additional_1.map.gz | 4.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22044 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22044 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22044_validation.pdf.gz | 574.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22044_full_validation.pdf.gz | 573.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22044_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22044_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22044 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22044 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22044.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | main cryo-EM map, sharpened | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: cryo-EM map, local resolution filtered
ファイル | emd_22044_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | cryo-EM map, local resolution filtered | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Escherichia coli Mfd-RNA polymerase elongation complex: state IV
+超分子 #1: Escherichia coli Mfd-RNA polymerase elongation complex: state IV
+分子 #1: Transcription-repair-coupling factor
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #6: RNA (20-mer)
+分子 #7: DNA (64-MER)
+分子 #8: DNA (64-MER)
+分子 #9: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #10: MAGNESIUM ION
+分子 #11: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 67000 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |