+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22041 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Asterix/Gtsf1 from mouse (residues 1-45; zinc finger 1) bound to co-purifying tRNA | |||||||||
![]() | Asterix/Gtsf1 from mouse (residues 1-45; zinc finger 1) bound to co-purifying tRNA | |||||||||
![]() |
| |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.9 Å | |||||||||
![]() | Ipsaro JJ / Joshua-Tor L | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Asterix/Gtsf1 links tRNAs and piRNA silencing of retrotransposons. 著者: Jonathan J Ipsaro / Paul A O'Brien / Shibani Bhattacharya / Arthur G Palmer / Leemor Joshua-Tor / ![]() 要旨: The Piwi-interacting RNA (piRNA) pathway safeguards genomic integrity by silencing transposable elements (transposons) in the germline. While Piwi is the central piRNA factor, others including ...The Piwi-interacting RNA (piRNA) pathway safeguards genomic integrity by silencing transposable elements (transposons) in the germline. While Piwi is the central piRNA factor, others including Asterix/Gtsf1 have also been demonstrated to be critical for effective silencing. Here, using enhanced crosslinking and immunoprecipitation (eCLIP) with a custom informatic pipeline, we show that Asterix/Gtsf1 specifically binds tRNAs in cellular contexts. We determined the structure of mouse Gtsf1 by NMR spectroscopy and identified the RNA-binding interface on the protein's first zinc finger, which was corroborated by biochemical analysis as well as cryo-EM structures of Gtsf1 in complex with co-purifying tRNA. Consistent with the known dependence of long terminal repeat (LTR) retrotransposons on tRNA primers, we demonstrate that LTR retrotransposons are, in fact, preferentially de-repressed in Asterix mutants. Together, these findings link Asterix/Gtsf1, tRNAs, and LTR retrotransposon silencing and suggest that Asterix exploits tRNA dependence to identify transposon transcripts and promote piRNA silencing. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 68.5 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 58.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 309.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 309 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Asterix/Gtsf1 from mouse (residues 1-45; zinc finger 1) bound to co-purifying tRNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.6262 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Complex of Asterix/Gtsf1 from mouse (residues 1-45; zinc finger 1...
全体 | 名称: Complex of Asterix/Gtsf1 from mouse (residues 1-45; zinc finger 1) bound to co-purifying tRNA |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Complex of Asterix/Gtsf1 from mouse (residues 1-45; zinc finger 1...
超分子 | 名称: Complex of Asterix/Gtsf1 from mouse (residues 1-45; zinc finger 1) bound to co-purifying tRNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Co-purifying RNA in this sample was derived from the expression host (Sf9) and represents a heterogenous population. For more details on the identities of these nucleic acids, please see the original publication. |
---|---|
分子量 | 理論値: 30 KDa |
-超分子 #2: Gametocyte-specific factor 1 (residues 1-45; zinc finger 1)
超分子 | 名称: Gametocyte-specific factor 1 (residues 1-45; zinc finger 1) タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: Co-purifying tRNA (heterogeneous population)
超分子 | 名称: Co-purifying tRNA (heterogeneous population) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Gametocyte-specific factor 1
分子 | 名称: Gametocyte-specific factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Truncation construct Asterix/Gtsf1 from mouse (residues 1-45; zinc finger 1), with C-terminal TEV-Strep tag 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MEDTYIDSLD PEKLLQCPYD KNHQIRACRF PYHLIKCRKN HPDVAENLYF QGASAWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSAWSHPQ FEK |
-分子 #2: tRNA
分子 | 名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 2 詳細: The sequence above represents the most abundant RNA as assessed by next-generation sequencing bound to the full-length protein (see related entry). This sequence made up approximately 15% of ...詳細: The sequence above represents the most abundant RNA as assessed by next-generation sequencing bound to the full-length protein (see related entry). This sequence made up approximately 15% of the sequencing library, with additional sequences only 1 nucleotide different making up approximately 10% more of the library. |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 組織: ovary |
配列 | 文字列: TCTTCGGTAG TATAGTGGTC AGTATCCCCG CCTGTCACGC GGGAGACCGG GGTTCGATTC CCCGCCGGAG AGCCA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 0.25 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| ||||||||||||
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 4.0 kPa 詳細: Grids were purchased from Electron Microscopy Sciences. Lacey carbon film, 300 mesh. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Blotted for 2.5 seconds before plunging. |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2461 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 76.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 215000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |