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万見
- EMDB-2204: APC15 mediates CDC20 auto-ubiquitylation by APC/CMCC and MCC disa... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2204
タイトルAPC15 mediates CDC20 auto-ubiquitylation by APC/CMCC and MCC disassembly
マップデータreconstruction of a recombinant human APC/C
試料
  • 試料: anaphase promoting complex (APC/C)
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase promoting Complex
キーワードMCC disassembly / APC/C / recombinant / apc15 / cdc20
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Uzunova K / Dye BT / Schutz H / Ladurner R / Petzold G / Toyoda Y / Jarvis MA / Brown MG / Poser I / Novatchkova M ...Uzunova K / Dye BT / Schutz H / Ladurner R / Petzold G / Toyoda Y / Jarvis MA / Brown MG / Poser I / Novatchkova M / Mechtler K / Hyman AA / Stark H / Schulman BA / Peters JM
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2012
タイトル: APC15 mediates CDC20 autoubiquitylation by APC/C(MCC) and disassembly of the mitotic checkpoint complex.
著者: Kristina Uzunova / Billy T Dye / Hannelore Schutz / Rene Ladurner / Georg Petzold / Yusuke Toyoda / Marc A Jarvis / Nicholas G Brown / Ina Poser / Maria Novatchkova / Karl Mechtler / Anthony ...著者: Kristina Uzunova / Billy T Dye / Hannelore Schutz / Rene Ladurner / Georg Petzold / Yusuke Toyoda / Marc A Jarvis / Nicholas G Brown / Ina Poser / Maria Novatchkova / Karl Mechtler / Anthony A Hyman / Holger Stark / Brenda A Schulman / Jan-Michael Peters /
要旨: The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) bound to CDC20 (APC/C(CDC20)) initiates anaphase by ubiquitylating B-type cyclins and securin. During chromosome bi-orientation, CDC20 assembles with ...The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) bound to CDC20 (APC/C(CDC20)) initiates anaphase by ubiquitylating B-type cyclins and securin. During chromosome bi-orientation, CDC20 assembles with MAD2, BUBR1 and BUB3 into a mitotic checkpoint complex (MCC) that inhibits substrate recruitment to the APC/C. APC/C activation depends on MCC disassembly, which was proposed to require CDC20 autoubiquitylation. Here we characterize APC15, a human APC/C subunit related to yeast Mnd2. APC15 is located near APC/C's MCC binding site; it is required for APC/C-bound MCC (APC/C(MCC))-dependent CDC20 autoubiquitylation and degradation and for timely anaphase initiation but is dispensable for substrate ubiquitylation by APC/C(CDC20) and APC/C(CDH1). Our results support the model wherein MCC is continuously assembled and disassembled to enable rapid activation of APC/C(CDC20) and CDC20 autoubiquitylation promotes MCC disassembly. We propose that APC15 and Mnd2 negatively regulate APC/C coactivators and report generation of recombinant human APC/C.
履歴
登録2012年9月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年9月19日-
マップ公開2012年9月19日-
更新2014年3月26日-
現状2014年3月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2204.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2204.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈reconstruction of a recombinant human APC/C
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.36213174 - 0.8927781
平均 (標準偏差)0.00519492 (±0.07254813)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 400.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z555
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z400.000400.000400.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.3620.8930.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : anaphase promoting complex (APC/C)

全体名称: anaphase promoting complex (APC/C)
要素
  • 試料: anaphase promoting complex (APC/C)
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase promoting Complex

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超分子 #1000: anaphase promoting complex (APC/C)

超分子名称: anaphase promoting complex (APC/C) / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 1.5 MDa

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分子 #1: Anaphase promoting Complex

分子名称: Anaphase promoting Complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: APC/C / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 1.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 20 mM Tris, pH 7.6, 150 mM NaCl, 1 mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Uranyl Formate
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
日付2011年1月12日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 160 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 倍率（公称値）: 88000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic / 使用した粒子像数: 8438

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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