[日本語] English
万見
- EMDB-2186: Dual-axis cryo-electron tomogram of microtubules assembled in vitro -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2186
タイトルDual-axis cryo-electron tomogram of microtubules assembled in vitro
マップデータDual-axis cryo-electron tomogram of microtubules assembled in vitro
試料
  • 試料: Cryo-electron tomogram of microtubules
  • タンパク質・ペプチド: Microtubule
キーワードmicrotubules / single-axis / dual-axis / cryo-electron tomography / missing wedge
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.0 Å
データ登録者Guesdon A / Blestel S / Kervrann C / Chretien D
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2013
タイトル: Single versus dual-axis cryo-electron tomography of microtubules assembled in vitro: limits and perspectives.
著者: Audrey Guesdon / Sophie Blestel / Charles Kervrann / Denis Chrétien /
要旨: Single-axis cryo-electron tomography of vitrified specimens has become a method of choice to reconstruct in three dimensions macromolecular assemblies in their cellular context or prepared from ...Single-axis cryo-electron tomography of vitrified specimens has become a method of choice to reconstruct in three dimensions macromolecular assemblies in their cellular context or prepared from purified components. Here, we asked how a dual-axis acquisition scheme would improve three-dimensional reconstructions of microtubules assembled in vitro. We show that in single-axis tomograms, microtubules oriented close to the perpendicular of the tilt axis display diminished contrast, and ultimately transform into sets of parallel lines oriented in the direction of the electron beam when observed in cross-section. Analysis of their three-dimensional Fourier transform indicates that this imaging artifact is due to a decrease in the angular sampling of their equatorial components. Although the second orthogonal series does not fully complement the first one at the specimen level due to increased radiation damage, it still allows elongated features oriented in any directions to be correctly reconstructed, which might be essential for highly heterogeneous specimens such as cells.
履歴
登録2012年9月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年10月10日-
マップ公開2012年12月5日-
更新2013年2月13日-
現状2013年2月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
添付画像

EMD-2186.tif

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2186.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 293 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Dual-axis cryo-electron tomogram of microtubules assembled in vitro
ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.5 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)-12.751194 (±108.565261840000005)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0018
サイズ10241024300
Spacing10241024300
セルA: 8704.0 Å / B: 8704.0 Å / C: 2550.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z8.58.58.5
M x/y/z10241024300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z8704.0008704.0002550.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS0018
NC/NR/NS10241024300
D min/max/mean-128.000127.000-12.751

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Cryo-electron tomogram of microtubules

全体名称: Cryo-electron tomogram of microtubules
要素
  • 試料: Cryo-electron tomogram of microtubules
  • タンパク質・ペプチド: Microtubule

-
超分子 #1000: Cryo-electron tomogram of microtubules

超分子名称: Cryo-electron tomogram of microtubules / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Microtubules were polymerized from purified porcine brain tubulin
Number unique components: 1

-
分子 #1: Microtubule

分子名称: Microtubule / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Polymer of the tubulin molecule / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 別称: Pig / 組織: Brain / 細胞中の位置: Cytoplasm

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法

-
試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 6.9 / 詳細: 80mM PIPES, 1mM EGTA, 1mM MgCl2, 50mM KCl, 1mM GTP
グリッド詳細: 300 mesh homemade holey-carbon grids, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: The incubation was performed in saturated humidity and warm (35 degrees) atmosphere
Timed resolved state: Incubation 3 min on the grid before vitrification
手法: 4 microliters of specimen were incubated on the grid at 35 degrees, and then blotted for ~2 sec before plunging

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
温度平均: 92 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
詳細Defocus value is nominal. Electron dose is per image. Second axis tilt angles: -50.47 to 62.56 degrees.
日付2011年10月21日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
実像数: 75 / 平均電子線量: 0.3 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 32563 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 25000
試料ステージ試料ホルダー: Model CT3500TR from Gatan, nominal tilt angle +/- 60 degrees, in-plane rotation 120 degrees. Cooled by liquid nitrogen.
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -57.74 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 55.94 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 3.7 °

-
画像解析

詳細Dual-axis acquisition: first axis 37 projections, second axis 38 projections The in-plane rotation angle between the two series is 93.5 degrees The overlap between the two series is 78 percent We used a Saxton acquisition scheme for tilt increment Gold beads used as fiducial markers were erased
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Imod
詳細: Logarithm of densities offset: 32768 Tomogram thickness in z: 300 X-axis tilt, first axis: 2.8, second axis: 1.28 Radial filter cutoff: 0.1 Radial filter falloff: 0.1 Use Z factors
使用した粒子像数: 75

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る