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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2176 | |||||||||
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タイトル | Negative stain electron microscopy of a CSN complex | |||||||||
![]() | CSN | |||||||||
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![]() | Cop9 Signalosome | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
![]() | Enchev RI / Scott DC / da Fonseca P / Schreiber A / Monda JK / Schulman BA / Peter M / Morris EP | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for a reciprocal regulation between SCF and CSN. 著者: Radoslav I Enchev / Daniel C Scott / Paula C A da Fonseca / Anne Schreiber / Julie K Monda / Brenda A Schulman / Matthias Peter / Edward P Morris / ![]() 要旨: Skp1-Cul1-Fbox (SCF) E3 ligases are activated by ligation to the ubiquitin-like protein Nedd8, which is reversed by the deneddylating Cop9 signalosome (CSN). However, CSN also promotes SCF substrate ...Skp1-Cul1-Fbox (SCF) E3 ligases are activated by ligation to the ubiquitin-like protein Nedd8, which is reversed by the deneddylating Cop9 signalosome (CSN). However, CSN also promotes SCF substrate turnover through unknown mechanisms. Through biochemical and electron microscopy analyses, we determined molecular models of CSN complexes with SCF(Skp2/Cks1) and SCF(Fbw7) and found that CSN occludes both SCF functional sites-the catalytic Rbx1-Cul1 C-terminal domain and the substrate receptor. Indeed, CSN binding prevents SCF interactions with E2 enzymes and a ubiquitination substrate, and it inhibits SCF-catalyzed ubiquitin chain formation independent of deneddylation. Importantly, CSN prevents neddylation of the bound cullin, unless binding of a ubiquitination substrate triggers SCF dissociation and neddylation. Taken together, the results provide a model for how reciprocal regulation sensitizes CSN to the SCF assembly state and inhibits a catalytically competent SCF until a ubiquitination substrate drives its own degradation by displacing CSN, thereby promoting cullin neddylation and substrate ubiquitination. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 3.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.8 KB 14.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 19.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 191.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 190.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CSN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.47 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : CSN
全体 | 名称: CSN |
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要素 |
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-超分子 #1000: CSN
超分子 | 名称: CSN / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The sample was purified over affinity pull-down and Superose6 size exclusion chromatography 集合状態: one CSN monomer / Number unique components: 8 |
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分子量 | 理論値: 320 KDa |
-分子 #1: Csn1
分子 | 名称: Csn1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 53 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #2: Csn2
分子 | 名称: Csn2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 52 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #3: Csn3
分子 | 名称: Csn3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: N-terminal StrepII2x tag / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 48 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #4: Csn4
分子 | 名称: Csn4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 46 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #5: Csn5
分子 | 名称: Csn5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: N-terminal His6 tag / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 40 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #6: Csn6
分子 | 名称: Csn6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 36 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #7: Csn7b
分子 | 名称: Csn7b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 30 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #8: Csn8
分子 | 名称: Csn8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 詳細: 15 mM HEPES pH 7.8, 150 mM NaCl, 1% glycerol and 1 mM DTT |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Quantifoil grids (R2/2 Cu 400 mesh) coated with thin carbon floated from mica were glow-discharged for 30 seconds at 50 mA and 0.2 mbar vacuum. 3 ul purified samples were applied for 1 min to ...詳細: Quantifoil grids (R2/2 Cu 400 mesh) coated with thin carbon floated from mica were glow-discharged for 30 seconds at 50 mA and 0.2 mbar vacuum. 3 ul purified samples were applied for 1 min to the grids. Following two brief buffer washes, the grids were stained with 2% uranyl acetate, gently blotted using filter paper and air-dried. |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2011年1月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k) 平均電子線量: 100 e/Å2 / 詳細: data was collected on a CCD camera |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | see publication |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, Spider, EMAN, in-house / 使用した粒子像数: 5165 |