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万見
- EMDB-21708: Cu(I)-bound Copper Storage Protein BsCsp3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21708
タイトルCu(I)-bound Copper Storage Protein BsCsp3
マップデータBsCSP3 Density Map
試料
  • 複合体: BsCsp3, Cu(I) ions
    • タンパク質・ペプチド: Csp3
キーワードsmall protein (47 kDa) / Z-contrast enhancement in cryo-EM / copper storage protein / metal binding protein
機能・相同性Uncharacterized cysteine-rich protein YhjQ-like / Protein of unknown function DUF326 / Copper storage protein / Uncharacterized cysteine-rich protein YhjQ
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Chen JZ / Oken A
資金援助 米国, 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Other privateOHSU Startup package 米国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)1668110 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cu(I)-bound Copper Storage Protein BsCsp3
著者: Chen JZ / Dennison C
履歴
登録2020年4月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月21日-
マップ公開2021年4月21日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wkt
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21708.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21708.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BsCSP3 Density Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 96 pix.
= 124.416 Å		1.3 Å/pix.
x 96 pix.
= 124.416 Å		1.3 Å/pix.
x 96 pix.
= 124.416 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.296 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-17.026288999999998 - 24.763655
平均 (標準偏差)0.000000000008222 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 124.416 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2961.2961.296
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z124.416124.416124.416
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-17.02624.7640.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21708_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: BsCSP3 half map - even

ファイルemd_21708_half_map_1.map
注釈BsCSP3 half map - even
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: BsCSP3 half map - odd

ファイルemd_21708_half_map_2.map
注釈BsCSP3 half map - odd
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BsCsp3, Cu(I) ions

全体名称: BsCsp3, Cu(I) ions
要素
  • 複合体: BsCsp3, Cu(I) ions
    • タンパク質・ペプチド: Csp3

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超分子 #1: BsCsp3, Cu(I) ions

超分子名称: BsCsp3, Cu(I) ions / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 47 KDa

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分子 #1: Csp3

分子名称: Csp3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 11.853758 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MEQYSEACIE ACIDCMKACN HCFTKCLEES VQHHLSGCIR LDRECADICA LAVKAMQTDS PFMKEICALC ADICEACGTE CGKHDHDHC QACAKACFTC AEQCRSMAA

UniProtKB: Uncharacterized cysteine-rich protein YhjQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.11 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHEPESHEPES
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 15 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.038 kPa / 詳細: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 5 micro-liters of sample loaded, waited 1 second,front + back blotted for 4.5 seconds at force 1 before plunging.
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 90.0 K / 最高: 95.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2212 / 平均露光時間: 0.985 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
詳細: Images were collected at 40 frames per movie. Four movies were collected per stage shift. Frames were collected in super resolution mode at a calibrated pixel size of 0.324 A/pixel.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 倍率（補正後）: 136000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.15 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.85 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The selected images were dose-weight aligned in MotionCor2 within RELION's framework
粒子像選択選択した数: 3356122
詳細: Automatic particle selections were made in RELION using a previously generated 3D reference and a low picking threshold.
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5fig


詳細: A low resolution map was generated using the program PARTICLE from the PDB of 5FIG.
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2) / 使用した粒子像数: 121587
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 150000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5fig


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 4-108 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 46.04 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6wkt:
Cu(I)-bound Copper Storage Protein BsCsp3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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