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- EMDB-21707: PRC2-AEBP2-JARID2 bound to H2AK119ub1 nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21707
タイトルPRC2-AEBP2-JARID2 bound to H2AK119ub1 nucleosome
マップデータhalf map-1 for 2:1
試料
  • 複合体: PRC2-AEBP2-JARID2 bound to H2AK119ub1 nucleosome
    • 複合体: PRC2-AEBP2-JARID2
      • タンパク質・ペプチド: x 7種
    • 複合体: H2AK119ub1 nucleosome
      • DNA: x 1種
      • タンパク質・ペプチド: x 4種
  • リガンド: x 3種
キーワードchromatin / nucleosome / transcription / cryo-EM / ubiquitination / gene regulation-DNA complex / heterochromatin / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to pericentric heterochromatin / hepatocyte homeostasis / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / negative regulation of striated muscle cell differentiation / regulation of kidney development / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / response to tetrachloromethane / CAF-1 complex / negative regulation of keratinocyte differentiation ...protein localization to pericentric heterochromatin / hepatocyte homeostasis / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / negative regulation of striated muscle cell differentiation / regulation of kidney development / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / response to tetrachloromethane / CAF-1 complex / negative regulation of keratinocyte differentiation / histone H3K27 trimethyltransferase activity / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / cerebellar cortex development / primary miRNA binding / random inactivation of X chromosome / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / histone H3K27 methyltransferase activity / sex chromatin / ubiquitin-modified histone reader activity / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / NuRD complex / NURF complex / facultative heterochromatin formation / regulation of cell fate specification / negative regulation of stem cell population maintenance / genomic imprinting / DNA replication-dependent chromatin assembly / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / ESC/E(Z) complex / regulation of stem cell differentiation / RSC-type complex / negative regulation of stem cell differentiation / protein-lysine N-methyltransferase activity / Polo-like kinase mediated events / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / chromatin silencing complex / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / pronucleus / G1 to G0 transition / positive regulation of dendrite development / histone H3 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / ATPase complex / spinal cord development / lncRNA binding / negative regulation of gene expression, epigenetic / synaptic transmission, GABAergic / Sin3-type complex / G1/S-Specific Transcription / positive regulation of stem cell population maintenance / histone methyltransferase complex / Transcriptional Regulation by E2F6 / pericentric heterochromatin / oligodendrocyte differentiation / RNA Polymerase I Transcription Initiation / histone deacetylase complex / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / G0 and Early G1 / negative regulation of cell differentiation / Maturation of protein E / Maturation of protein E / : / ER Quality Control Compartment (ERQC) / cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / positive regulation of MAP kinase activity / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / subtelomeric heterochromatin formation / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / ribonucleoprotein complex binding / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / p75NTR recruits signalling complexes / Cyclin E associated events during G1/S transition / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A
類似検索 - 分子機能
: / Polycomb protein SUZ12-like, Zn domain / EZH2, SET domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 ...: / Polycomb protein SUZ12-like, Zn domain / EZH2, SET domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain / CXC domain / Ezh2, MCSS domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / CXC domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/2-like / CXC domain profile. / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / : / Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / JmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / jmjN domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / JmjC domain, hydroxylase / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / : / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / WD domain, G-beta repeat / Ubiquitin-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polycomb protein EED / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / Polyubiquitin-C / Histone H4 / Histone H3.2 / Histone-binding protein RBBP4 / Polycomb protein SUZ12 / Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 / Zinc finger protein AEBP2 / Protein Jumonji
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kasinath V / Nogales E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM127018 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: JARID2 and AEBP2 regulate PRC2 in the presence of H2AK119ub1 and other histone modifications.
著者: Vignesh Kasinath / Curtis Beck / Paul Sauer / Simon Poepsel / Jennifer Kosmatka / Marco Faini / Daniel Toso / Ruedi Aebersold / Eva Nogales /
要旨: Polycomb repressive complexes 1 and 2 (PRC1 and PRC2) cooperate to determine cell identity by epigenetic gene expression regulation. However, the mechanism of PRC2 recruitment by means of recognition ...Polycomb repressive complexes 1 and 2 (PRC1 and PRC2) cooperate to determine cell identity by epigenetic gene expression regulation. However, the mechanism of PRC2 recruitment by means of recognition of PRC1-mediated H2AK119ub1 remains poorly understood. Our PRC2 cryo-electron microscopy structure with cofactors JARID2 and AEBP2 bound to a H2AK119ub1-containing nucleosome reveals a bridge helix in EZH2 that connects the SET domain, H3 tail, and nucleosomal DNA. JARID2 and AEBP2 each interact with one ubiquitin and the H2A-H2B surface. JARID2 stimulates PRC2 through interactions with both the polycomb protein EED and the H2AK119-ubiquitin, whereas AEBP2 has an additional scaffolding role. The presence of these cofactors partially overcomes the inhibitory effect that H3K4me3 and H3K36me3 exert on core PRC2 (in the absence of cofactors). Our results support a key role for JARID2 and AEBP2 in the cross-talk between histone modifications and PRC2 activity.
履歴
登録2020年4月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月3日-
マップ公開2021年2月3日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21707.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21707.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈half map-1 for 2:1
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最小 - 最大-0.032407027 - 0.087633245
平均 (標準偏差)-0.0001285863 (±0.0023874112)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 441.2928 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.14920052083331.14920052083331.1492005208333
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z441.293441.293441.293
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NX/NY/NZ7795112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PRC2-AEBP2-JARID2 bound to H2AK119ub1 nucleosome

全体名称: PRC2-AEBP2-JARID2 bound to H2AK119ub1 nucleosome
要素
  • 複合体: PRC2-AEBP2-JARID2 bound to H2AK119ub1 nucleosome
    • 複合体: PRC2-AEBP2-JARID2
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
      • タンパク質・ペプチド: Polycomb protein SUZ12
      • タンパク質・ペプチド: Polycomb protein EED
      • タンパク質・ペプチド: Histone-binding protein RBBP4
      • タンパク質・ペプチド: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
      • タンパク質・ペプチド: Protein Jumonji
      • タンパク質・ペプチド: Zinc finger protein AEBP2
    • 複合体: H2AK119ub1 nucleosome
      • DNA: DNA (314-MER)
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: PRC2-AEBP2-JARID2 bound to H2AK119ub1 nucleosome

超分子名称: PRC2-AEBP2-JARID2 bound to H2AK119ub1 nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
分子量理論値: 500 KDa

+
超分子 #2: PRC2-AEBP2-JARID2

超分子名称: PRC2-AEBP2-JARID2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: H2AK119ub1 nucleosome

超分子名称: H2AK119ub1 nucleosome / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #8-#12
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

+
分子 #1: Ubiquitin

分子名称: Ubiquitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.622922 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGC

UniProtKB: Polyubiquitin-C

+
分子 #2: Polycomb protein SUZ12

分子名称: Polycomb protein SUZ12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 83.181922 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAPQKHGGGG GGGSGPSAGS GGGGFGGSAA VAAATASGGK SGGGSCGGGG SYSASSSSSA AAAAGAAVLP VKKPKMEHVQ ADHELFLQA FEKPTQIYRF LRTRNLIAPI FLHRTLTYMS HRNSRTNIKR KTFKVDDMLS KVEKMKGEQE SHSLSAHLQL T FTGFFHKN ...文字列:
MAPQKHGGGG GGGSGPSAGS GGGGFGGSAA VAAATASGGK SGGGSCGGGG SYSASSSSSA AAAAGAAVLP VKKPKMEHVQ ADHELFLQA FEKPTQIYRF LRTRNLIAPI FLHRTLTYMS HRNSRTNIKR KTFKVDDMLS KVEKMKGEQE SHSLSAHLQL T FTGFFHKN DKPSPNSENE QNSVTLEVLL VKVCHKKRKD VSCPIRQVPT GKKQVPLNPD LNQTKPGNFP SLAVSSNEFE PS NSHMVKS YSLLFRVTRP GRREFNGMIN GETNENIDVN EELPARRKRN REDGEKTFVA QMTVFDKNRR LQLLDGEYEV AMQ EMEECP ISKKRATWET ILDGKRLPPF ETFSQGPTLQ FTLRWTGETN DKSTAPIAKP LATRNSESLH QENKPGSVKP TQTI AVKES LTTDLQTRKE KDTPNENRQK LRIFYQFLYN NNTRQQTEAR DDLHCPWCTL NCRKLYSLLK HLKLCHSRFI FNYVY HPKG ARIDVSINEC YDGSYAGNPQ DIHRQPGFAF SRNGPVKRTP ITHILVCRPK RTKASMSEFL ESEDGEVEQQ RTYSSG HNR LYFHSDTCLP LRPQEMEVDS EDEKDPEWLR EKTITQIEEF SDVNEGEKEV MKLWNLHVMK HGFIADNQMN HACMLFV EN YGQKIIKKNL CRNFMLHLVS MHDFNLISIM SIDKAVTKLR EMQQKLEKGE SASPANEEIT EEQNGTANGF SEINSKEK A LETDSVSGVS KQSKKQKL

UniProtKB: Polycomb protein SUZ12

+
分子 #3: Polycomb protein EED

分子名称: Polycomb protein EED / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.267691 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSEREVSTAP AGTDMPAAKK QKLSSDENSN PDLSGDENDD AVSIESGTNT ERPDTPTNTP NAPGRKSWGK GKWKSKKCKY SFKCVNSLK EDHNQPLFGV QFNWHSKEGD PLVFATVGSN RVTLYECHSQ GEIRLLQSYV DADADENFYT CAWTYDSNTS H PLLAVAGS ...文字列:
MSEREVSTAP AGTDMPAAKK QKLSSDENSN PDLSGDENDD AVSIESGTNT ERPDTPTNTP NAPGRKSWGK GKWKSKKCKY SFKCVNSLK EDHNQPLFGV QFNWHSKEGD PLVFATVGSN RVTLYECHSQ GEIRLLQSYV DADADENFYT CAWTYDSNTS H PLLAVAGS RGIIRIINPI TMQCIKHYVG HGNAINELKF HPRDPNLLLS VSKDHALRLW NIQTDTLVAI FGGVEGHRDE VL SADYDLL GEKIMSCGMD HSLKLWRINS KRMMNAIKES YDYNPNKTNR PFISQKIHFP DFSTRDIHRN YVDCVRWLGD LIL SKSCEN AIVCWKPGKM EDDIDKIKPS ESNVTILGRF DYSQCDIWYM RFSMDFWQKM LALGNQVGKL YVWDLEVEDP HKAK CTTLT HHKCGAAIRQ TSFSRDSSIL IAVCDDASIW RWDRLR

UniProtKB: Polycomb protein EED

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分子 #4: Histone-binding protein RBBP4

分子名称: Histone-binding protein RBBP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.709527 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MADKEAAFDD AVEERVINEE YKIWKKNTPF LYDLVMTHAL EWPSLTAQWL PDVTRPEGKD FSIHRLVLGT HTSDEQNHLV IASVQLPND DAQFDASHYD SEKGEFGGFG SVSGKIEIEI KINHEGEVNR ARYMPQNPCI IATKTPSSDV LVFDYTKHPS K PDPSGECN ...文字列:
MADKEAAFDD AVEERVINEE YKIWKKNTPF LYDLVMTHAL EWPSLTAQWL PDVTRPEGKD FSIHRLVLGT HTSDEQNHLV IASVQLPND DAQFDASHYD SEKGEFGGFG SVSGKIEIEI KINHEGEVNR ARYMPQNPCI IATKTPSSDV LVFDYTKHPS K PDPSGECN PDLRLRGHQK EGYGLSWNPN LSGHLLSASD DHTICLWDIS AVPKEGKVVD AKTIFTGHTA VVEDVSWHLL HE SLFGSVA DDQKLMIWDT RSNNTSKPSH SVDAHTAEVN CLSFNPYSEF ILATGSADKT VALWDLRNLK LKLHSFESHK DEI FQVQWS PHNETILASS GTDRRLNVWD LSKIGEEQSP EDAEDGPPEL LFIHGGHTAK ISDFSWNPNE PWVICSVSED NIMQ VWQMA ENIYNDEDPE GSVDPEGQGS

UniProtKB: Histone-binding protein RBBP4

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分子 #5: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2

分子名称: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 85.492297 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGQTGKKSEK GPVCWRKRVK SEYMRLRQLK RFRRADEVKS MFSSNRQKIL ERTEILNQEW KQRRIQPVHI LTSVSSLRGT RECSVTSDL DFPTQVIPLK TLNAVASVPI MYSWSPLQQN FMVEDETVLH NIPYMGDEVL DQDGTFIEEL IKNYDGKVHG D RECGFIND ...文字列:
MGQTGKKSEK GPVCWRKRVK SEYMRLRQLK RFRRADEVKS MFSSNRQKIL ERTEILNQEW KQRRIQPVHI LTSVSSLRGT RECSVTSDL DFPTQVIPLK TLNAVASVPI MYSWSPLQQN FMVEDETVLH NIPYMGDEVL DQDGTFIEEL IKNYDGKVHG D RECGFIND EIFVELVNAL GQYNDDDDDD DGDDPEEREE KQKDLEDHRD DKESRPPRKF PSDKIFEAIS SMFPDKGTAE EL KEKYKEL TEQQLPGALP PECTPNIDGP NAKSVQREQS LHSFHTLFCR RCFKYDCFLH PFHATPNTYK RKNTETALDN KPC GPQCYQ HLEGAKEFAA ALTAERIKTP PKRPGGRRRG RLPNNSSRPS TPTINVLESK DTDSDREAGT ETGGENNDKE EEEK KDETS SSSEANSRCQ TPIKMKPNIE PPENVEWSGA EASMFRVLIG TYYDNFCAIA RLIGTKTCRQ VYEFRVKESS IIAPA PAED VDTPPRKKKR KHRLWAAHCR KIQLKKDGSS NHVYNYQPCD HPRQPCDSSC PCVIAQNFCE KFCQCSSECQ NRFPGC RCK AQCNTKQCPC YLAVRECDPD LCLTCGAADH WDSKNVSCKN CSIQRGSKKH LLLAPSDVAG WGIFIKDPVQ KNEFISE YC GEIISQDEAD RRGKVYDKYM CSFLFNLNND FVVDATRKGN KIRFANHSVN PNCYAKVMMV NGDHRIGIFA KRAIQTGE E LFFDYRYSQA DALKYVGIER EMEIP

UniProtKB: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2

+
分子 #6: Protein Jumonji

分子名称: Protein Jumonji / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.306074 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSKERPKRNI IQKKYDDSDG IPWSEERVVR KVLYLSLKEF KNSQKRQHAE GIAGSLKTVN GLLGNDQSKG LGPASEQSEN EKDDASQVS STSNDVSSSD FEEGPSRKRP RLQAQR(M3L)FAQ SQPNSPSTTP VKIVEPLLPP PATQISDLSK RKPKTED FL ...文字列:
MSKERPKRNI IQKKYDDSDG IPWSEERVVR KVLYLSLKEF KNSQKRQHAE GIAGSLKTVN GLLGNDQSKG LGPASEQSEN EKDDASQVS STSNDVSSSD FEEGPSRKRP RLQAQR(M3L)FAQ SQPNSPSTTP VKIVEPLLPP PATQISDLSK RKPKTED FL TFLCLRGSPA LPNSMVYFGS SQDEEEVEEE DDETEDVKTA TNNASSSCQS TPRKGKTHKH VHNGHVFNGS SRSTREKE P VQKHKSKEAT PAKEKHSDHR ADSRREQASA NHPAAAPSTG SSAKGLAATH HHPPLHRSAQ DLRKQVSKVN GVTRMSSLG AGVTSAKKMR EVRPSPSKTV KYTATVTKGA VTYTKAKREL VKDTKPNHHK PSSAVNHTIS GKTESSNAKT RKQVLSLGGA SKSTGPAVN GLKVSGRLNP KSCTKEVGGR QLREGLQLRE GLRNSKRRLE EAHQA

UniProtKB: Protein Jumonji

+
分子 #7: Zinc finger protein AEBP2

分子名称: Zinc finger protein AEBP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.012668 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSSDGEPLSR MDSEDSISST IMDVDSTISS GRSTPAMMNG QGSTTSSSKN IAYNCCWDQC QACFNSSPDL ADHIRSIHVD GQRGGVFVC LWKGCKVYNT PSTSQSWLQR HMLTHSGDKP FKCVVGGCNA SFASQGGLAR HVPTHFSQQN SSKVSSQPKA K EESPSKAG ...文字列:
MSSDGEPLSR MDSEDSISST IMDVDSTISS GRSTPAMMNG QGSTTSSSKN IAYNCCWDQC QACFNSSPDL ADHIRSIHVD GQRGGVFVC LWKGCKVYNT PSTSQSWLQR HMLTHSGDKP FKCVVGGCNA SFASQGGLAR HVPTHFSQQN SSKVSSQPKA K EESPSKAG MNKRRKLKNK RRRSLPRPHD FFDAQTLDAI RHRAICFNLS AHIESLGKGH SVVFHSTVIA KRKEDSGKIK LL LHWMPED ILPDVWVNES ERHQLKTKVV HLSKLPKDTA LLLDPNIYRT MPQKRLKR

UniProtKB: Zinc finger protein AEBP2

+
分子 #9: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.421101 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEASEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.2

+
分子 #10: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #11: Histone H2A type 1

分子名称: Histone H2A type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 14.067398 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK TRAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY AERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAVR NDEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQSVLLPK CTESAKSAKS K

UniProtKB: Histone H2A type 1

+
分子 #12: Histone H2B 1.1

分子名称: Histone H2B 1.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.979291 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KTQKKDGKKR RKTRKESYAI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM SIMNSFVNDV FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSAK

UniProtKB: Histone H2B 1.1

+
分子 #8: DNA (314-MER)

分子名称: DNA (314-MER) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 98.186094 KDa
配列文字列: (DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC) ...文字列:
(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DC) (DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DG)(DC)(N)(N)(N)(N) (N) (N)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC) (DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DC) (DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG) (DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC) (DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA) (DT)(DT)(DA)(DC) (DT)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DA) (DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DC)(DT)(DG)

+
分子 #13: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #14: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE

分子名称: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: SAH
分子量理論値: 384.411 Da
Chemical component information

ChemComp-SAH:
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン

+
分子 #15: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 168601
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る