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- EMDB-21670: Large ribosomal subunit of Halococcus morrhuae, an archaeon with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21670
タイトルLarge ribosomal subunit of Halococcus morrhuae, an archaeon with an unusual 5S rRNA insertion
マップデータFinal map of Halococcus morrhuae large subunit
試料
  • 複合体: Large ribosomal subunit of Halococcus morrhuae
生物種Halococcus morrhuae (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å
データ登録者Tirumalai MR / Kaelber JT / Fox GE
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Aeronautic Space Administration (NASA, United States)NNX14AK36G 米国
National Aeronautic Space Administration (NASA, United States)80NSSC18K1139 米国
National Aeronautic Space Administration (NASA, United States)NNX14AK16G 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103832 米国
引用ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2020
タイトル: Cryo-electron microscopy visualization of a large insertion in the 5S ribosomal RNA of the extremely halophilic archaeon Halococcus morrhuae.
著者: Madhan R Tirumalai / Jason T Kaelber / Donghyun R Park / Quyen Tran / George E Fox /
要旨: The extreme halophile Halococcus morrhuae (ATCC 17082) contains a 108-nucleotide insertion in its 5S rRNA. Large rRNA expansions in Archaea are rare. This one almost doubles the length of the 5S rRNA. ...The extreme halophile Halococcus morrhuae (ATCC 17082) contains a 108-nucleotide insertion in its 5S rRNA. Large rRNA expansions in Archaea are rare. This one almost doubles the length of the 5S rRNA. In order to understand how such an insertion is accommodated in the ribosome, we obtained a cryo-electron microscopy reconstruction of the native large subunit at subnanometer resolution. The insertion site forms a four-way junction that fully preserves the canonical 5S rRNA structure. Moving away from the junction site, the inserted region is conformationally flexible and does not pack tightly against the large subunit. The high-salt requirement of the H. morrhuae ribosomes for their stability conflicted with the low-salt threshold for cryo-electron microscopy procedures. Despite this obstacle, this is the first cryo-electron microscopy map of Halococcus ribosomes.
履歴
登録2020年4月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月16日-
マップ公開2020年9月16日-
更新2020年10月14日-
現状2020年10月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.62
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.62
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21670.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21670.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final map of Halococcus morrhuae large subunit
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.74 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.62 / ムービー #1: 0.62
最小 - 最大-0.29695523 - 1.6128983
平均 (標準偏差)0.00093241315 (±0.10554897)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 417.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.741.741.74
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z417.600417.600417.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ161186271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.2971.6130.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21670_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unmasked unfiltered half-map A

ファイルemd_21670_half_map_1.map
注釈Unmasked unfiltered half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unmasked unfiltered half-map B

ファイルemd_21670_half_map_2.map
注釈Unmasked unfiltered half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Large ribosomal subunit of Halococcus morrhuae

全体名称: Large ribosomal subunit of Halococcus morrhuae
要素
  • 複合体: Large ribosomal subunit of Halococcus morrhuae

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超分子 #1: Large ribosomal subunit of Halococcus morrhuae

超分子名称: Large ribosomal subunit of Halococcus morrhuae / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Halococcus morrhuae (古細菌) / 株: ATCC 17082
分子量理論値: 1.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
3.4 molarKClpotassium chloride
60.0 millimolarMgC2H3O2magnesium acetate
30.0 millimolarNH2C(CH2OH)3HClTris HCl
7.0 millimolarHOCH2CH2SHmercaptoethanol

詳細: pure water was added to the sample on the grid
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 2 microliters of sample were applied to the grid, then 6 microliters of pure water was applied to the reverse face of the grid..

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 902 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 26.0 e/Å2 / 詳細: some images collected manually (no serialEM)
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 5.716 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.915 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 倍率（公称値）: 20000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 140367
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2)
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: cryoSPARC ab initio reconstruction
最終 再構成使用したクラス数: 22 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2) / 詳細: masked FSC calculated automatically in cryoSPARC / 使用した粒子像数: 99337
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4v9f

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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