[日本語] English
万見
- EMDB-2162: Structure of bacteriophage phi29 prohead particle with a double i... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2162
タイトルStructure of bacteriophage phi29 prohead particle with a double insertion mutation (U92,U93) in the pRNA
マップデータSingle particle CryoEM reconstruction of a phi29 prohead particle with a double U92U93 deletion in the pRNA
試料
  • 試料: Bacteriophage phi29 prohead particle with a double insertion mutation (U92,U93) in the pRNA
  • ウイルス: Bacillus phage phi29 (ファージ)
キーワードbacteriophage / bacteriophage phi29 / phi29 / pRNA / DNA packaging
生物種Bacillus phage phi29 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.3 Å
データ登録者Zhao W / Saha M / Ke A / Morais MC / Jardine PJ / Grimes S
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2012
タイトル: A three-helix junction is the interface between two functional domains of prohead RNA in 29 DNA packaging.
著者: Wei Zhao / Mitul Saha / Ailong Ke / Marc C Morais / Paul J Jardine / Shelley Grimes /
要旨: The double-stranded-DNA bacteriophages employ powerful molecular motors to translocate genomic DNA into preformed capsids during the packaging step in phage assembly. Bacillus subtilis bacteriophage ...The double-stranded-DNA bacteriophages employ powerful molecular motors to translocate genomic DNA into preformed capsids during the packaging step in phage assembly. Bacillus subtilis bacteriophage 29 has an oligomeric prohead RNA (pRNA) that is an essential component of its packaging motor. The crystal structure of the pRNA-prohead binding domain suggested that a three-helix junction constitutes both a flexible region and part of a rigid RNA superhelix. Here we define the functional role of the three-helix junction in motor assembly and DNA packaging. Deletion mutagenesis showed that a U-rich region comprising two sides of the junction plays a role in the stable assembly of pRNA to the prohead. The retention of at least two bulged residues in this region was essential for pRNA binding and thereby subsequent DNA packaging. Additional deletions resulted in the loss of the ability of pRNA to multimerize in solution, consistent with the hypothesis that this region provides the flexibility required for pRNA oligomerization and prohead binding. The third side of the junction is part of a large RNA superhelix that spans the motor. The insertion of bases into this feature resulted in a loss of DNA packaging and an impairment of initiation complex assembly. Additionally, cryo-electron microscopy (cryoEM) analysis of third-side insertion mutants showed an increased flexibility of the helix that binds the ATPase, suggesting that the rigidity of the RNA superhelix is necessary for efficient motor assembly and function. These results highlight the critical role of the three-way junction in bridging the prohead binding and ATPase assembly functions of pRNA.
履歴
登録2012年7月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年10月3日-
マップ公開2013年8月14日-
更新2013年8月21日-
現状2013年8月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2162.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2162.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Single particle CryoEM reconstruction of a phi29 prohead particle with a double U92U93 deletion in the pRNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2 Å/pix.
x 300 pix.
= 600. Å		2.33 Å/pix.
x 300 pix.
= 699. Å		2.33 Å/pix.
x 300 pix.
= 699. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ
XYZ
EMDB情報2.332.332
CCP4マップ ヘッダ情報2.332.332
EM Navigator ムービー #12.332.332.33
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-2.99882269 - 6.22740078
平均 (標準偏差)0.0 (±0.95659858)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA: 699.0 Å / B: 699.0 Å / C: 600.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.332.332
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z699.000699.000600.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-32-32-32
NX/NY/NZ646464
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-2.9996.2270.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Bacteriophage phi29 prohead particle with a double insertion muta...

全体名称: Bacteriophage phi29 prohead particle with a double insertion mutation (U92,U93) in the pRNA
要素
  • 試料: Bacteriophage phi29 prohead particle with a double insertion mutation (U92,U93) in the pRNA
  • ウイルス: Bacillus phage phi29 (ファージ)

-
超分子 #1000: Bacteriophage phi29 prohead particle with a double insertion muta...

超分子名称: Bacteriophage phi29 prohead particle with a double insertion mutation (U92,U93) in the pRNA
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: The prohead is derived from a prolate icosahedron with T = 3, Q = 5 quasi-symmetry wherein a pentameric capsomer at one end of the particle is replaced by a complex including a ...集合状態: The prohead is derived from a prolate icosahedron with T = 3, Q = 5 quasi-symmetry wherein a pentameric capsomer at one end of the particle is replaced by a complex including a dodecameric connector protein and a pentameric pRNA
Number unique components: 1
分子量理論値: 12.4 MDa
手法: Computed from 255 copies of the capsid protein, 12 copies of the connector protein, and 5 copies of the pRNA

-
超分子 #1: Bacillus phage phi29

超分子名称: Bacillus phage phi29 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: bacteriophage phi29
詳細: The phi29 prohead particle was treated with RNase to remove the WT pRNA, and then incubated with exogenously produced pRNA engineered to contain a double U92,U93 insertion mutation.
NCBI-ID: 10756 / 生物種: Bacillus phage phi29 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: bacteriophage phi29
宿主生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
分子量理論値: 12.4 MDa

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 25 mM Tris-HCl, 5 mM MgCl2, 50 mM NaCl
グリッド詳細: Quantifoil holey carbon on top of200 mesh copper grid, plasma cleaned
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
手法: Blot grid from behind the sample for ~4 seconds before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: JEOL
日付2011年3月9日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 109 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 60000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.64 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

-
画像解析

詳細The particles were selected using the model-based automatic particle selection implemented in EMAN, followed by manual deletion of bad particles and manual selection of missed particles
CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN
詳細: C5 symmetry was imposed in all stages of the reconstruction, with the 5-fold axis along Z. The final map was low-pass filtered at 14 angstrom units
使用した粒子像数: 2134

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る